PDB-4zic: Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase with NA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zic

タイトル

Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase with NADP from Trichophyton rubrum

要素

Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase / tetramer / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate-semialdehyde dehydrogenase / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichophyton rubrum BMU01672 (紅色菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.553 Å

データ登録者

Li, Q. / Cui, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Tetrameric State of Aspartate-beta-semialdehyde Dehydrogenases from Fungal Species
著者: Li, Q. / Mu, Z. / Zhao, R. / Dahal, G. / Viola, R.E. / Liu, T. / Jin, Q. / Cui, S.

履歴

登録	2015年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zic.cif.gz	747.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zic.ent.gz	628.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zic.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zic_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zic_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4zic_validation.xml.gz	86.1 KB	表示
CIF形式データ	4zic_validation.cif.gz	116.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4zic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4zic	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zhsSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zhs-1 6c8w-1 4dpl-d 4zhs-2 4dpm-1 3uxi-d 1ys4-2 6iqd-1 4dpm-2 4hoc-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

C: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

A: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

B: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

E: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

F: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

ヘテロ分子

246 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

C: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

A: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

B: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

F: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

ヘテロ分子

E: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

F: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.427, 157.427, 187.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-561- HOH
2	1	F-555- HOH

#1: タンパク質	Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase 分子量: 40686.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichophyton rubrum BMU01672 (紅色菌) 株: BMU01672 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: A0A140UHG6*PLUS, aspartate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. N-TERMINAL RESIDUES MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHM ARE THE EXPRESSION TAGS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.15M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate, 15% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97876 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月29日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Type Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97876 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 169359 / Num. obs: 168846 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.84 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.84
反射シェル	解像度: 2.55→2.71 Å / 冗長度: 3.83 % / R_merge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 4.37 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.7.3_928 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZHS

4zhs

解像度: 2.553→46.133 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DURING DATA COLLECTION, F+ AND F- WERE CONSIDERED AS DIFFERENT REFLECTION BECAUSE THE FRIEDEL'S LAW WAS FALSE. AFTER MOLECULAR REPLACEMENT FOR STRUCTURE DETERMINATION, IN THE REFINEMENT F+ ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2725	4385	5.01 %
R_work	0.2267	-	-
obs	0.229	87486	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.802 Å² / k_sol: 0.315 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3413 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.3413 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.6827 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.553→46.133 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16043	0	126	543	16712

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	16604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.056	22558
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.081	6171
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	2580
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2953

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5527-2.5817	0.4106	124	0.3073	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5817-2.6121	0.3018	130	0.2943	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6121-2.6439	0.4132	133	0.2923	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6439-2.6774	0.338	137	0.2904	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6774-2.7126	0.4121	147	0.2947	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7126-2.7498	0.374	152	0.2897	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7498-2.7891	0.3539	136	0.2819	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7891-2.8307	0.3223	134	0.2653	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8307-2.8749	0.3503	142	0.277	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8749-2.922	0.3371	173	0.2792	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.922-2.9724	0.3086	143	0.2725	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9724-3.0264	0.3554	152	0.2923	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0264-3.0846	0.3189	143	0.2697	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0846-3.1476	0.3007	146	0.2629	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1476-3.216	0.3177	148	0.2607	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.216-3.2908	0.2824	154	0.2519	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2908-3.3731	0.2971	158	0.2464	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3731-3.4643	0.2886	127	0.236	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4643-3.5662	0.2844	157	0.2278	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5662-3.6812	0.2425	141	0.2259	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6812-3.8127	0.2462	156	0.2243	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8127-3.9653	0.2666	138	0.2082	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9653-4.1457	0.213	160	0.2009	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1457-4.3641	0.2171	148	0.1809	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3641-4.6373	0.2343	140	0.1784	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6373-4.9949	0.2234	143	0.1737	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9949-5.4968	0.2454	148	0.1916	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4968-6.2905	0.2892	153	0.2222	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2905-7.9189	0.2458	171	0.2032	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9189-46.1402	0.2125	151	0.1968	2887	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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