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- PDB-4zib: Crystal Structure of the C-terminal domain of PylRS mutant bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zib
タイトルCrystal Structure of the C-terminal domain of PylRS mutant bound with 3-benzothienyl-l-alanine and ATP
要素Pyrrolysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Aminoacyl-tRNA Synthetases / Archaeal Proteins / Evolution / Molecular / Genetic Code / Substrate Specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(1-benzothiophen-3-yl)-L-alanine / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Pyrrolysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.054 Å
データ登録者Nakamura, A. / Guo, L.T. / Wang, Y.S. / Soll, D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Probing the active site tryptophan of Staphylococcus aureus thioredoxin with an analog.
著者: Englert, M. / Nakamura, A. / Wang, Y.S. / Eiler, D. / Soll, D. / Guo, L.T.
履歴
登録2015年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年10月14日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,62013
ポリマ－33,3841
非ポリマー1,23612
水2,504139
1
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,24026
ポリマ－66,7682
非ポリマー2,47224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.140, 105.140, 70.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pyrrolysine--tRNA ligase / Pyrrolysine--tRNA(Pyl) ligase / Pyrrolysyl-tRNA synthetase / PylRS


分子量: 33384.164 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 185-454) / 変異: N346G, C348Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (strain ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88) (古細菌)
株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88
遺伝子: pylS, MM_1445 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Codon Plus RIL (DE3) / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase

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非ポリマー , 5種, 151分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-4OG / 3-(1-benzothiophen-3-yl)-L-alanine / 3-(ベンゾ[b]チオフェン-3-イル)アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 221.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11NO2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Hepes, MgCl2, PEG3350 / PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→42.23 Å / Num. obs: 27798 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 19.71 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZIM

2zim


解像度: 2.054→42.233 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 2803 10.08 %
Rwork0.1703 --
obs0.1732 27795 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.054→42.233 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2091 0 77 139 2307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7723019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.096893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0536-2.08910.2781450.2331199X-RAY DIFFRACTION98
2.0891-2.1270.24291490.20061265X-RAY DIFFRACTION100
2.127-2.16790.22841280.20171241X-RAY DIFFRACTION100
2.1679-2.21220.26351330.22561261X-RAY DIFFRACTION100
2.2122-2.26030.36871310.31751189X-RAY DIFFRACTION94
2.2603-2.31290.26491190.23561211X-RAY DIFFRACTION96
2.3129-2.37070.25641380.21631246X-RAY DIFFRACTION100
2.3707-2.43480.22911280.20811269X-RAY DIFFRACTION100
2.4348-2.50640.24371350.20571265X-RAY DIFFRACTION100
2.5064-2.58730.25821430.19641244X-RAY DIFFRACTION100
2.5873-2.67980.24471410.20131255X-RAY DIFFRACTION100
2.6798-2.78710.25611350.20231256X-RAY DIFFRACTION100
2.7871-2.91390.22091530.1921231X-RAY DIFFRACTION100
2.9139-3.06750.24231390.1861266X-RAY DIFFRACTION100
3.0675-3.25960.20431470.17061268X-RAY DIFFRACTION100
3.2596-3.51110.20441550.17291238X-RAY DIFFRACTION100
3.5111-3.86430.17271300.1531264X-RAY DIFFRACTION100
3.8643-4.42290.15431530.1321262X-RAY DIFFRACTION100
4.4229-5.57040.16361530.1311263X-RAY DIFFRACTION100
5.5704-42.24150.14671480.14971299X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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