PDB-4zhs: Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase from Tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zhs

タイトル

Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase from Trichophyton rubrum

要素

Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase / Trichophyton rubrum / tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate-semialdehyde dehydrogenase / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichophyton rubrum BMU01672 (紅色菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.603 Å

データ登録者

Li, Q. / Cui, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Tetrameric State of Aspartate-beta-semialdehyde Dehydrogenases from Fungal Species
著者: Li, Q. / Mu, Z. / Zhao, R. / Dahal, G. / Viola, R.E. / Liu, T. / Jin, Q. / Cui, S.

履歴

登録	2015年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zhs.cif.gz	748.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zhs.ent.gz	635.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zhs_validation.pdf.gz	499.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zhs_full_validation.pdf.gz	542.7 KB	表示
XML形式データ	4zhs_validation.xml.gz	79.4 KB	表示
CIF形式データ	4zhs_validation.cif.gz	108.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zicC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c8w-1 4zic-1 4dpl-d 4zic-2 4dpk-d 4dpm-1 1ys4-2 2ep5-d 4dpm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

C: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

B: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

E: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

A: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

F: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

ヘテロ分子

248 kDa, 6 ポリマー
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1

D: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

C: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

B: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

A: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

F: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

ヘテロ分子

E: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

F: Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	157.504, 157.504, 188.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase 分子量: 41202.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichophyton rubrum BMU01672 (紅色菌) 株: BMU01672 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: A0A140UHG6*PLUS, aspartate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. N-TERMINAL RESIDUES (MSE)GSSHHHHHHSSGLVPRGSH(MSE) ARE THE EXPRESSION TAGS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / Density meas: 8 Mg/m³ / 溶媒含有率: 54.93 % / 解説: oblong shape
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium citrate pH5.4, 15% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月19日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Type Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→27.621 Å / Num. all: 320452 / Num. obs: 311564 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.87 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 7.24
反射シェル	解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 1.86 % / R_merge(I) obs: 0.693 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.7.3_928 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.603→27.621 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DURING DATA COLLECTION, F+ AND F- WERE CONSIDERED AS DIFFERENT REFLECTION BECAUSE THE FRIEDEL'S LAW WAS FALSE. AFTER MOLECULAR REPLACEMENT FOR STRUCTURE DETERMINATION, IN THE REFINEMENT F+ ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2568	8002	5.02 %	Random
R_work	0.2136	-	-	-
obs	0.2158	159440	99.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.619 Å² / k_sol: 0.299 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5371 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.5371 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.0743 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.603→27.621 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15812	0	30	401	16243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	16139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	21883
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.779	5997
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2518
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2875

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6032-2.6327	0.3477	247	0.3007	4792	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6327-2.6637	0.3419	254	0.3106	5130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6637-2.6961	0.3585	244	0.3071	5097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6961-2.7302	0.3554	253	0.309	5068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7302-2.7661	0.3446	295	0.2951	5049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7661-2.804	0.3305	268	0.2767	5025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.804-2.844	0.3388	267	0.2667	5046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.844-2.8864	0.2999	256	0.2687	5101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8864-2.9314	0.3117	262	0.2771	5109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9314-2.9794	0.3165	258	0.2627	5072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9794-3.0308	0.3296	250	0.2834	5102	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0308-3.0858	0.3543	223	0.2731	5085	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0858-3.1451	0.2934	303	0.2566	5010	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1451-3.2092	0.3044	257	0.2571	5098	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2092-3.2789	0.2672	280	0.2437	5090	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2789-3.355	0.274	250	0.2375	5059	X-RAY DIFFRACTION	100
3.355-3.4387	0.2694	279	0.2268	5041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4387-3.5315	0.2771	254	0.2236	5056	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5315-3.6352	0.2841	250	0.2137	5069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6352-3.7523	0.2554	288	0.2131	5089	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7523-3.8861	0.2747	252	0.2015	5031	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8861-4.0412	0.2212	291	0.1866	5094	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0412-4.2245	0.1995	306	0.163	4964	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2245-4.4464	0.1945	292	0.1591	5048	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4464-4.7237	0.2107	279	0.1578	5085	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7237-5.0863	0.1988	283	0.1652	5020	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0863-5.5943	0.245	265	0.1816	5065	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5943-6.395	0.2538	252	0.2064	5033	X-RAY DIFFRACTION	100
6.395-8.0242	0.2325	285	0.187	5074	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0242-27.6229	0.2169	259	0.1914	4836	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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