PDB-4zhb: N-terminal structure of ankyrin repeat-containing protein legA11 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zhb

タイトル

N-terminal structure of ankyrin repeat-containing protein legA11 from Legionella pneumophila

要素

5-mer peptide
Ankyrin repeat-containing protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Chang, C. / Endres, M. / Mack, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: N-terminal structure of ankyrin repeat-containing protein legA11 from Legionella pneumophila
著者: Chang, C. / Endres, M. / Mack, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zhb.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zhb.ent.gz	55.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zhb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zhb_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zhb_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	4zhb_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	4zhb_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3kyz-d 1wou-d 2hz1-d 4zr7-1 4co7-1 5ju7-d 2zpn-2 4max-1 2b1l-2 7lk3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105549

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ankyrin repeat-containing protein

B: 5-mer peptide

ヘテロ分子

14.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.708, 42.708, 145.715
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-418- HOH

#1: タンパク質	Ankyrin repeat-containing protein 分子量: 13537.802 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: legA11, lpg0436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: Q5ZYD6
#2: タンパク質・ペプチド	5-mer peptide 分子量: 516.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: unknown poly peptide fragment taken with molecule 1 in the expression/purification step 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月10日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 34433 / Num. obs: 31841 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 2.685 / Net I/av σ(I): 53.105 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 405549

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.3-1.32	7.5	0.882	951	1.141	57.5
1.32-1.35	8.2	0.711	1093	1.176	64.6
1.35-1.37	8.8	0.679	1228	1.172	72.7
1.37-1.4	9.2	0.556	1438	1.223	87.3
1.4-1.43	10.5	0.481	1606	1.249	94.6
1.43-1.46	11.2	0.398	1627	1.29	96.7
1.46-1.5	12	0.336	1624	1.404	96.7
1.5-1.54	12.9	0.281	1661	1.416	97.1
1.54-1.59	14.4	0.249	1665	1.537	97.3
1.59-1.64	14.5	0.211	1637	1.611	97.3
1.64-1.7	14.4	0.187	1660	1.808	97.8
1.7-1.76	14.4	0.157	1670	1.922	97.9
1.76-1.84	14.4	0.139	1675	2.246	98.1
1.84-1.94	14.3	0.116	1700	2.642	98.2
1.94-2.06	14.3	0.089	1687	3.233	98.6
2.06-2.22	14.2	0.078	1726	3.697	98.7
2.22-2.45	14.1	0.069	1722	4.089	98.9
2.45-2.8	14	0.062	1758	4.822	99.2
2.8-3.53	13.7	0.049	1798	5.116	99.4
3.53-50	12.2	0.047	1915	6.003	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→42.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.174 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.043
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1588	1619	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1261	-	-	-
obs	0.1277	30199	92.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.94 Å² / B_iso mean: 16.797 Å² / B_iso min: 8.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→42.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	888	0	4	221	1113
B_iso mean	-	-	29.22	33.02	-
残基数	-	-	-	-	109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	990
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.976	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.95	3	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.479	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.211	26	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.915	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.972	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.925	1.238	472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.927	1.232	471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.208	1.842	594
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.988	3	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	34.579	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	8.94	5	2093

LS精密化シェル

解像度: 1.299→1.333 Å

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1682	-0.0139	-0.1317	0.2461	-0.1951	0.5263	0.0013	-0.0135	0.0172	0.0199	0.0022	-0.0044	-0.0153	0.0188	-0.0035	0.0099	-0.0002	-0.0012	0.0111	-0.002	0.0023	22.1447	2.3491	20.7868
2	0.1479	0.0293	-0.0655	0.2127	-0.1533	0.1819	0.0037	-0.0029	-0.0037	0.0039	-0.0093	-0.0086	0.0011	0.0171	0.0056	0.0064	-0.0012	-0.0001	0.0095	0.001	0.002	25.7583	-4.837	12.9899
3	0.3643	-0.1828	-0.0813	0.5412	-0.1292	0.0826	0.0015	-0.018	-0	0.0294	0.0001	0.0047	-0.0109	0.0084	-0.0016	0.0112	-0.0005	-0.0007	0.0104	-0	0.0002	13.3329	-2.2221	20.4925
4	0.0691	-0.0136	-0.0588	0.0395	0.0604	0.2138	0.0009	0.0035	0.0026	-0.0031	-0.0001	0.0017	-0.013	0.0036	-0.0009	0.009	-0.0004	-0.0001	0.0095	0.0005	0.0015	15.9263	3.8154	8.4852
5	0.7406	0.091	-0.0251	0.5422	0.2322	0.6837	-0.0017	0.0145	-0.0233	-0.0028	0.0118	-0.0007	0.012	0.0132	-0.0101	0.0072	0.0005	-0	0.0082	-0.0001	0.001	16.0151	-8.0859	9.7881
6	0.1306	0.0241	0.0511	0.2322	0.0148	0.0662	-0.0011	-0.0046	0.0014	0.0052	-0.0003	0.007	-0.0033	-0.0064	0.0014	0.0085	0.0005	0.0006	0.01	-0.0002	0.001	5.1831	4.6151	12.4588
7	0.1669	-0.1311	-0.05	0.3397	0.0411	0.018	-0.0016	0.009	0.0014	-0.0012	0.0013	0.0062	-0.0034	0.0022	0.0003	0.01	-0.0019	-0.0016	0.0122	0.0008	0.0006	5.8307	5.1116	0.2957
8	0.3927	-0.0046	0.0009	1.1474	0.3642	1.4662	0.0037	0.0083	-0.0157	0.006	0.0016	-0.0126	0.0222	-0.008	-0.0053	0.0067	-0.001	-0.0017	0.0079	0.0005	0.0012	5.4297	-4.8232	2.8188
9	1.2766	-0.6491	-0.6034	0.3301	0.3068	0.2852	-0.0139	-0.0124	-0.0178	0.0074	0.0057	0.0088	0.0068	0.0049	0.0082	0.0085	0.0001	-0.001	0.0124	0.0035	0.0017	-3.6221	-0.2161	8.3487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	39 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	49 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	71 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	77 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	93 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	105 - 110
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	111 - 114

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関連情報:EMDBヘッダ

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