PDB-4zgx: Structure of aldosterone synthase (CYP11B2) in complex with (+)-(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zgx

タイトル

Structure of aldosterone synthase (CYP11B2) in complex with (+)-(R)-N-(4-(4-chloro-3-fluorophenyl)-5,6,7,8-tetrahydroisoquinolin-8-yl)propionamide

要素

Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / CYP11B2 / ALDOSTERONE SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Kuglstatter, A. / Joseph, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of 4-Aryl-5,6,7,8-tetrahydroisoquinolines as Potent, Selective, and Orally Active Aldosterone Synthase (CYP11B2) Inhibitors: In Vivo Evaluation in Rodents and Cynomolgus Monkeys.
著者: Martin, R.E. / Aebi, J.D. / Hornsperger, B. / Krebs, H.J. / Kuhn, B. / Kuglstatter, A. / Alker, A.M. / Marki, H.P. / Muller, S. / Burger, D. / Ottaviani, G. / Riboulet, W. / Verry, P. / Tan, ...

履歴

登録	2015年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zgx.cif.gz	2.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zgx.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zgx_validation.pdf.gz	6.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zgx_full_validation.pdf.gz	6.3 MB	表示
XML形式データ	4zgx_validation.xml.gz	200.3 KB	表示
CIF形式データ	4zgx_validation.cif.gz	264.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgx	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5fiw-2 7lag-2 7lag-3 7lan-4 5v1t-d 5tz1-1 1r1k-d 6wy0-2 5qj3-1 6wy0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

B: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

C: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

D: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

E: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

F: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

G: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

H: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

I: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

J: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

K: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

L: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

686 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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11

K: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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12

L: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.700, 125.960, 155.230
Angle α, β, γ (deg.)	70.25, 85.87, 73.84
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cytochrome P450 11B2, mitochondrial / Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Cytochrome P-450Aldo / ...Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Cytochrome P-450Aldo / Cytochrome P-450C18 / Steroid 18-hydroxylase 分子量: 56242.199 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 24-503 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP11B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P19099, steroid 11beta-monooxygenase, corticosterone 18-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-QHC / N-[(8R)-4-(4-chloro-3-fluorophenyl)-5,6,7,8-tetrahydroisoquinolin-8-yl]propanamide 分子量: 332.800 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈ClFN₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium acetate, bis-tris, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→88.2 Å / Num. obs: 115062 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 83.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.4	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Unpublished structure

解像度: 3.2→88.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8732 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.501

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2553	5764	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2121	-	-	-
obs	0.2143	114945	97.18 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4742 Å²	-1.8169 Å²	0.7496 Å²
2-	-	-3.6684 Å²	3.1136 Å²
3-	-	-	3.1942 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.644 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.2→88.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	45112	0	1563	817	47492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	47151	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	64156	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		16095	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		1025	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		6896	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		47151	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.27
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.07
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		5742	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		51815	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2678	429	5.02 %
R_work	0.2212	8124	-
all	0.2236	8553	-
obs	-	-	97.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6774	-0.3587	-0.1827	1.193	0.413	2.0961	0.0394	0.0439	-0.0137	-0.0091	0.1195	0.0024	-0.0753	0.2044	-0.159	-0.0561	-0.1954	-0.0317	0.1506	-0.147	0.1223	58.0123	-58.4839	112.309
2	2.946	-0.1595	-0.8668	1.468	0.2413	3.2192	0.1871	0.2182	0.1971	-0.0923	0.116	-0.0801	-0.1746	-0.2889	-0.3031	-0.1016	-0.1311	-0.0087	0.2261	0.0038	0.0382	9.6821	-82.3047	174.4053
3	2.4713	-0.8663	0.5196	1.827	-0.057	2.648	-0.0296	-0.0677	-0.1817	0.2704	0.1658	0.2082	-0.0319	-0.2719	-0.1362	0.1518	-0.1732	0.023	0.1678	-0.0361	0.082	26.4458	-21.3695	182.8422
4	1.9452	0.2225	0.1638	0.9474	0.8	2.327	-0.0318	0.0974	-0.0527	0.0615	0.1841	-0.062	0.1771	0.333	-0.1524	0.1723	-0.164	-0.0391	0.2	-0.1851	0.1903	41.2999	-118.4554	100.7419
5	1.8532	-0.6615	0.1473	1.5375	0.5757	1.3611	-0.1482	-0.1221	0.028	0.1178	0.0446	-0.0119	-0.1347	-0.1235	0.1036	-0.0925	-0.2226	0.026	0.2813	-0.093	0.0619	12.9822	-40.1055	133.9094
6	2.4433	-0.2413	0.1537	0.7079	0.2847	1.843	0.154	0.4223	-0.0639	-0.1534	-0.1416	0.0278	-0.0895	-0.1508	-0.0124	0.0526	-0.0951	-0.0257	0.4275	-0.2162	0.0932	14.695	-49.457	81.3633
7	2.539	-0.6896	0.6242	1.1649	-0.1892	2.7024	0.0501	0.2046	-0.1825	0.1599	-0.0017	0.0173	0.0761	0.4686	-0.0484	0.1357	-0.207	-0.0678	0.6764	-0.2889	0.1933	54.4207	-91.3667	201.979
8	2.7269	0.0262	-0.428	1.1932	0.3038	4.1046	-0.0562	-0.2134	0.0627	-0.0376	0.3413	-0.1414	0.026	0.5418	-0.2851	0.3444	-0.0735	-0.0391	0.5639	-0.3802	0.251	69.8886	-39.3642	158.0409
9	3.1999	-0.5908	-0.2283	1.4906	0.7451	3.905	0.0291	-0.0748	-0.2156	-0.0268	0.1301	0.0071	0.4517	0.404	-0.1592	0.1761	-0.2465	0.0065	0.4391	-0.0815	0.0403	53.3526	-100.5988	149.913
10	3.6529	-0.067	0.8565	1.0727	0.9831	3.4798	0.2117	0.2086	0.1795	0.0729	0.0036	-0.1237	-0.2845	0.4805	-0.2152	0.5368	-0.0346	0.0018	0.3579	-0.0672	0.0346	71.879	-29.8472	209.7608
11	2.5662	0.078	0.6788	0.9401	0.8282	2.5913	-0.0581	0.1719	0.1508	0.0157	-0.0607	0.0492	-0.211	-0.2987	0.1188	0.0842	-0.035	-0.092	0.08	-0.0521	0.0234	5.7773	-58.4702	222.5638
12	3.3954	-0.5758	0.5376	0.8055	0.2223	2.0328	-0.0691	-0.7289	0.1234	0.0304	-0.0054	0.1267	-0.2548	-0.4431	0.0745	0.1747	-0.0555	-0.0361	0.666	-0.3764	0.2849	-1.2524	-103.3244	129.1405

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|34 - A\|503 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|34 - B\|503 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|34 - C\|503 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|34 - D\|503 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|34 - E\|502 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|34 - F\|503 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|34 - G\|503 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|34 - H\|503 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|34 - I\|503 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|34 - J\|503 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|34 - K\|503 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|34 - L\|502 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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