PDB-4zgj: Double Mutant H80A/H81A of Fe-Type Nitrile Hydratase from Comamon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zgj

タイトル

Double Mutant H80A/H81A of Fe-Type Nitrile Hydratase from Comamonas testosteroni Ni1

要素

Nitrile hydratase alpha subunit
Nitrile hydratase beta subunit

キーワード

LYASE / Nitrile Hydratase / Iron / Hydrolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrile hydratase / indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wu, R. / Martinez, S. / Holz, R. / Liu, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2015
タイトル: Analyzing the catalytic role of active site residues in the Fe-type nitrile hydratase from Comamonas testosteroni Ni1.
著者: Martinez, S. / Wu, R. / Krzywda, K. / Opalka, V. / Chan, H. / Liu, D. / Holz, R.C.

履歴

登録	2015年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4zgj.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zgj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zgj_validation.pdf.gz	510.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zgj_full_validation.pdf.gz	528 KB	表示
XML形式データ	4zgj_validation.xml.gz	178.3 KB	表示
CIF形式データ	4zgj_validation.cif.gz	259.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgj	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	4zge-5 4fm4-7 4zgd-1 4fm4-8 4fm4-5 4zge-7 4zgd-7 4zgd-8 4fm4-1 4zge-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitrile hydratase alpha subunit

B: Nitrile hydratase beta subunit

C: Nitrile hydratase alpha subunit

D: Nitrile hydratase beta subunit

E: Nitrile hydratase alpha subunit

F: Nitrile hydratase beta subunit

G: Nitrile hydratase alpha subunit

H: Nitrile hydratase beta subunit

I: Nitrile hydratase alpha subunit

J: Nitrile hydratase beta subunit

K: Nitrile hydratase alpha subunit

L: Nitrile hydratase beta subunit

M: Nitrile hydratase alpha subunit

N: Nitrile hydratase beta subunit

O: Nitrile hydratase alpha subunit

P: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

363 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Nitrile hydratase alpha subunit

B: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

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2

C: Nitrile hydratase alpha subunit

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3

E: Nitrile hydratase alpha subunit

F: Nitrile hydratase beta subunit

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4

G: Nitrile hydratase alpha subunit

H: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

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5

I: Nitrile hydratase alpha subunit

J: Nitrile hydratase beta subunit

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6

K: Nitrile hydratase alpha subunit

L: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

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7

M: Nitrile hydratase alpha subunit

N: Nitrile hydratase beta subunit

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8

O: Nitrile hydratase alpha subunit

P: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	112.049, 112.049, 476.037
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Nitrile hydratase alpha subunit 分子量: 22788.029 Da / 分子数: 8 / 変異: H80A and H81A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9PBS0, nitrile hydratase
#2: タンパク質	Nitrile hydratase beta subunit 分子量: 22580.586 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9PBS1, nitrile hydratase
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4994 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.1 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.08 M K2HPO4, 0.49 M NaH2PO4 with 25 or 30% (v/v) glycerol PH範囲: 7 / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→36.568 Å / Num. obs: 450084 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.73 Å² / R_pim(I) all: 0.19 / R_rim(I) all: 0.451 / R_sym value: 0.408 / Net I/av σ(I): 1.027 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 2508285

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.11	5.5	0.699	0.8	363074	65444	0.326	0.699	2.2	99.2
2.11-2.24	5.5	0.591	0.9	344330	62042	0.276	0.591	2.6	99.4
2.24-2.39	5.6	0.535	1	324618	58465	0.249	0.535	2.9	99.6
2.39-2.58	5.6	0.504	1	302383	54339	0.234	0.504	3.2	99.7
2.58-2.83	5.6	0.463	1.1	279640	50123	0.214	0.463	3.5	99.8
2.83-3.16	5.6	0.426	1.2	253657	45360	0.197	0.426	3.7	99.9
3.16-3.65	5.6	0.396	1.4	224925	40097	0.183	0.396	3.9	100
3.65-4.47	5.6	0.37	1.6	190013	33872	0.171	0.37	4	100
4.47-6.32	5.6	0.351	1.7	146784	26101	0.163	0.351	4	100
6.32-36.568	5.5	0.333	1.7	78861	14241	0.157	0.333	4	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2→36.568 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2529	22301	5.01 %
R_work	0.2198	427397	-
obs	0.2214	449955	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.91 Å² / B_iso mean: 31.5941 Å² / B_iso min: 12.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→36.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25504	0	8	4994	30506
B_iso mean	-	-	23.61	41.7	-
残基数	-	-	-	-	3296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	26193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.672	35645
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	3934
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4617
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.529	9471

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3197	771	0.2889	13969	14740	99
2.0227-2.0465	0.3226	753	0.2854	14220	14973	99
2.0465-2.0715	0.3049	763	0.2814	14241	15004	99
2.0715-2.0977	0.2902	781	0.2684	14029	14810	99
2.0977-2.1253	0.3238	755	0.2694	14219	14974	99
2.1253-2.1544	0.2921	746	0.2609	14342	15088	99
2.1544-2.1852	0.2907	742	0.2524	14132	14874	99
2.1852-2.2178	0.3132	718	0.2665	14166	14884	99
2.2178-2.2525	0.2908	778	0.2555	14265	15043	99
2.2525-2.2894	0.2998	728	0.2548	14298	15026	100
2.2894-2.3288	0.2981	700	0.2536	14298	14998	100
2.3288-2.3712	0.2856	737	0.2447	14272	15009	100
2.3712-2.4168	0.2787	748	0.2457	14150	14898	100
2.4168-2.4661	0.2875	731	0.2453	14304	15035	100
2.4661-2.5197	0.2909	759	0.2455	14224	14983	100
2.5197-2.5783	0.2803	779	0.2455	14232	15011	100
2.5783-2.6428	0.292	780	0.2465	14246	15026	100
2.6428-2.7142	0.2916	753	0.2375	14323	15076	100
2.7142-2.794	0.2792	735	0.2405	14346	15081	100
2.794-2.8842	0.2664	777	0.2312	14222	14999	100
2.8842-2.9872	0.2697	752	0.2277	14271	15023	100
2.9872-3.1068	0.257	748	0.2249	14328	15076	100
3.1068-3.2481	0.2549	748	0.2113	14221	14969	100
3.2481-3.4192	0.2226	740	0.2066	14338	15078	100
3.4192-3.6333	0.2264	759	0.1961	14312	15071	100
3.6333-3.9135	0.2057	768	0.1879	14256	15024	100
3.9135-4.3068	0.1982	736	0.1774	14391	15127	100
4.3068-4.9287	0.2027	754	0.173	14251	15005	100
4.9287-6.2047	0.2256	756	0.1846	14316	15072	100
6.2047-36.5744	0.2168	763	0.1973	14215	14978	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3348	-0.6038	0.0584	1.7482	1.4632	2.4789	0.0287	-0.0266	0.0057	0.1309	0.2598	-0.4734	0.0768	0.4935	-0.263	0.1467	-0.029	-0.0261	0.3427	-0.0023	0.2437	50.0907	40.306	85.7039
2	1.2482	-0.0797	1.3258	0.6491	0.0036	1.4593	-0.1375	-0.1786	0.0978	0.0359	0.038	0.0101	-0.1526	0.0133	0.0974	0.1337	0.0055	-0.0051	0.2788	-0.0556	0.1793	35.9192	44.4067	97.1409
3	3.035	-0.0557	-0.8627	2.2431	0.8587	0.4298	-0.1181	-0.5488	-0.1925	0.2256	0.1958	-0.0782	0.1687	0.1973	-0.0785	0.1836	0.0334	-0.0106	0.2997	0.0011	0.1473	31.0196	32.3417	86.3688
4	2.7495	4.3141	-2.8281	9.4712	-5.2785	8.2344	-0.3793	-0.1567	-0.0858	0.0448	0.0251	-0.5011	-0.1585	-0.0165	0.3779	0.1482	0.0347	-0.0271	0.38	-0.1328	0.2762	49.0421	32.6311	76.4233
5	1.0508	1.6012	0.4002	3.3816	0.3341	1.9832	0.0493	-0.0737	-0.0231	-0.1289	-0.1098	0.0368	-0.0315	0.1636	0.0311	0.1429	0.0455	0.0025	0.2959	0.0003	0.1977	35.4132	34.6366	71.7292
6	3.8901	-0.0821	-1.6967	2.1088	-0.5682	5.0773	0.0576	0.4977	-0.3074	-0.3098	0.0617	-0.21	0.2206	0.4358	-0.1095	0.154	0.0044	-0.0042	0.3711	-0.1135	0.2691	43.5301	29.2532	67.044
7	2.8715	-1.2612	1.4172	8.4852	-1.5477	2.5767	0.2984	0.1986	-0.2267	-1.3771	-0.0176	0.2842	0.1332	0.235	-0.2466	0.2413	0.045	0.0626	0.3032	0.0119	0.0684	33.9631	37.843	64.6005
8	6.989	-1.1755	1.4733	6.9534	-0.6641	6.5575	-0.4763	0.0154	1.2399	-1.2824	0.1685	0.3747	-0.7617	-0.3032	0.2191	0.4269	0.0004	-0.1265	0.2101	-0.0004	0.385	23.9031	63.329	78.2319
9	2.5578	-0.3589	-0.9989	2.6763	0.661	2.9148	-0.0474	0.095	0.279	-0.1674	0.0615	-0.045	-0.1692	0.1493	-0.027	0.1472	-0.0156	-0.0402	0.2006	0.0126	0.172	28.8689	50.4209	72.764
10	3.4123	2.2202	-1.9566	3.0438	-2.0325	5.3614	-0.0665	-0.2784	0.5741	0.0265	0.0778	0.4317	-0.5066	0.1123	0.0082	0.2117	0.0309	-0.066	0.1935	-0.0589	0.2481	22.7864	52.8503	82.6305
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精密化 TLSグループ

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49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resid 83 through 94 )	J
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 95 through 114 )	J
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 115 through 127 )	J
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 128 through 152 )	J
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 153 through 169 )	J
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 170 through 206 )	J
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resid 2 through 41 )	K
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resid 42 through 83 )	K
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'K' and (resid 84 through 207 )	K
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'L' and (resid 1 through 27 )	L
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'L' and (resid 28 through 42 )	L
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'L' and (resid 43 through 82 )	L
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'L' and (resid 83 through 93 )	L
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'L' and (resid 94 through 113 )	L
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'L' and (resid 114 through 127 )	L
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'L' and (resid 128 through 169 )	L
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'L' and (resid 170 through 206 )	L
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'M' and (resid 2 through 64 )	M
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'M' and (resid 65 through 83 )	M
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'M' and (resid 84 through 207 )	M
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'N' and (resid 1 through 27 )	N
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'N' and (resid 28 through 42 )	N
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'N' and (resid 43 through 83 )	N
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'N' and (resid 84 through 115 )	N
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'N' and (resid 116 through 127 )	N
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'N' and (resid 128 through 169 )	N
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'N' and (resid 170 through 206 )	N
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'O' and (resid 2 through 73 )	O
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'O' and (resid 74 through 207 )	O
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'P' and (resid 1 through 27 )	P
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'P' and (resid 28 through 42 )	P
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'P' and (resid 43 through 67 )	P
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'P' and (resid 68 through 95 )	P
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'P' and (resid 96 through 115 )	P
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'P' and (resid 116 through 127 )	P
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'P' and (resid 128 through 152 )	P
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'P' and (resid 153 through 169 )	P
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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