[日本語] English
万見
- PDB-4zge: Double Mutant H80W/H81W of Fe-Type Nitrile Hydratase from Comamon... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zge
タイトルDouble Mutant H80W/H81W of Fe-Type Nitrile Hydratase from Comamonas testosteroni Ni1
要素
  • Nitrile hydratase alpha subunit
  • Nitrile hydratase beta subunit
キーワードLYASE / Nitrile Hydratase / Iron / Hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit ...Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nitrile hydratase alpha subunit / Nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wu, R. / Martinez, S. / Holz, R. / Liu, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2015
タイトル: Analyzing the catalytic role of active site residues in the Fe-type nitrile hydratase from Comamonas testosteroni Ni1.
著者: Martinez, S. / Wu, R. / Krzywda, K. / Opalka, V. / Chan, H. / Liu, D. / Holz, R.C.
履歴
登録2015年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Data collection / Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitrile hydratase alpha subunit
B: Nitrile hydratase beta subunit
C: Nitrile hydratase alpha subunit
D: Nitrile hydratase beta subunit
E: Nitrile hydratase alpha subunit
F: Nitrile hydratase beta subunit
G: Nitrile hydratase alpha subunit
H: Nitrile hydratase beta subunit
I: Nitrile hydratase alpha subunit
J: Nitrile hydratase beta subunit
K: Nitrile hydratase alpha subunit
L: Nitrile hydratase beta subunit
M: Nitrile hydratase alpha subunit
N: Nitrile hydratase beta subunit
O: Nitrile hydratase alpha subunit
P: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,23824
ポリマ－364,79116
非ポリマー4478
水8,017445
1
A: Nitrile hydratase alpha subunit
B: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6553
ポリマ－45,5992
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
2
C: Nitrile hydratase alpha subunit
D: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6553
ポリマ－45,5992
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
3
E: Nitrile hydratase alpha subunit
F: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6553
ポリマ－45,5992
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
4
G: Nitrile hydratase alpha subunit
H: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6553
ポリマ－45,5992
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
5
I: Nitrile hydratase alpha subunit
J: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6553
ポリマ－45,5992
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
6
K: Nitrile hydratase alpha subunit
L: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6553
ポリマ－45,5992
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
7
M: Nitrile hydratase alpha subunit
N: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6553
ポリマ－45,5992
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
8
O: Nitrile hydratase alpha subunit
P: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6553
ポリマ－45,5992
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.680, 111.680, 475.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Nitrile hydratase alpha subunit


分子量: 23018.293 Da / 分子数: 8 / 変異: H80W and H81W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9PBS0, nitrile hydratase
#2: タンパク質
Nitrile hydratase beta subunit


分子量: 22580.586 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9PBS1, nitrile hydratase
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.79 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.08 M K2HPO4, 0.49 M NaH2PO4 with 25 or 30% (v/v) glycerol
Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.6 % / 数: 585059 / Rsym value: 0.145 / D res high: 2.8 Å / D res low: 158.645 Å / Num. obs: 163400 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
8.8567.8410.0460.0463.9
6.268.8510.0530.0533.6
5.116.2610.0750.0753.4
4.435.1110.0930.0933.4
3.964.4310.0950.0953.4
3.613.9610.1330.1333.5
3.353.6110.2050.2053.6
3.133.3510.3350.3353.6
2.953.1310.5230.5233.7
2.82.9510.7240.7243.7
反射解像度: 2.8→67.842 Å / Num. obs: 163400 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.171 / Rsym value: 0.145 / Net I/av σ(I): 4.733 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 585059
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.953.70.724189187238490.4340.7241.9100
2.95-3.133.70.5231.483123225540.3170.5232.6100
3.13-3.353.60.3352.277125212550.2060.3353.8100
3.35-3.613.60.2053.470549197940.1290.2055.7100
3.61-3.963.50.1335.463512181780.0840.1337.9100
3.96-4.433.40.095756255164140.060.09510.5100
4.43-5.113.40.0936.949345145300.0590.09311.999.9
5.11-6.263.40.0758.441890122320.0480.07512.499.9
6.26-8.853.60.05310.63394594350.0330.05315.6100
8.85-67.8423.90.04611.32012851590.0260.04621.199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→67.842 Å / FOM work R set: 0.7948 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 7707 5.02 %
Rwork0.1811 154832 -
obs0.1835 163011 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.35 Å2 / Biso mean: 48.44 Å2 / Biso min: 22.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→67.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25648 0 8 445 26101
Biso mean--50.56 39.08 -
残基数----3296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00826336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16335848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3339480
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.83180.42042470.347650785325100
2.8318-2.86510.38242750.33352535528100
2.8651-2.90010.36452560.305550965352100
2.9001-2.93680.33392460.310152545500100
2.9368-2.97540.35832650.286250975362100
2.9754-3.01620.33062610.280952605521100
3.0162-3.05930.3062540.273350845338100
3.0593-3.1050.34052800.269352625542100
3.105-3.15350.30842790.256450555334100
3.1535-3.20520.32672870.25351915478100
3.2052-3.26040.27282660.232651455411100
3.2604-3.31970.28892930.221651575450100
3.3197-3.38360.24832930.222252305523100
3.3836-3.45260.26452760.212750865362100
3.4526-3.52770.26272760.202352075483100
3.5277-3.60980.26032960.187251605456100
3.6098-3.70.23042560.172751835439100
3.7-3.80010.21972890.168651245413100
3.8001-3.91190.19922700.157351705440100
3.9119-4.03810.19162910.153651585449100
4.0381-4.18240.21182770.150151495426100
4.1824-4.34990.16942630.13851905453100
4.3499-4.54780.16552800.126751555435100
4.5478-4.78750.18192760.126151665442100
4.7875-5.08740.16382900.124852115501100
5.0874-5.480.17582420.131251425384100
5.48-6.03120.1912810.137551745455100
6.0312-6.90320.19342600.146951975457100
6.9032-8.69440.17152740.126951695443100
8.6944-67.8620.18342800.15945029530998

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る