PDB-4zgd: Mutant R157A of Fe-Type Nitrile Hydratase from Comamonas testoste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zgd

タイトル

Mutant R157A of Fe-Type Nitrile Hydratase from Comamonas testosteroni Ni1

要素

Nitrile hydratase alpha subunit
Nitrile hydratase beta subunit

キーワード

LYASE / Nitrile Hydratase / Iron / Hydrolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Wu, R. / Martinez, S. / Holz, R. / Liu, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2015
タイトル: Analyzing the catalytic role of active site residues in the Fe-type nitrile hydratase from Comamonas testosteroni Ni1.
著者: Martinez, S. / Wu, R. / Krzywda, K. / Opalka, V. / Chan, H. / Liu, D. / Holz, R.C.

履歴

登録	2015年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月8日	Group: Data collection / Database references
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zgd.cif.gz	694.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zgd.ent.gz	568 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zgeC 4zgjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zgj-8 4fm4-7 4zgj-7 4zgj-1 4zge-5 4fm4-5 4fm4-8 4zge-7 4zgj-5 4zgj-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitrile hydratase alpha subunit

B: Nitrile hydratase beta subunit

C: Nitrile hydratase alpha subunit

D: Nitrile hydratase beta subunit

E: Nitrile hydratase alpha subunit

F: Nitrile hydratase beta subunit

G: Nitrile hydratase alpha subunit

H: Nitrile hydratase beta subunit

I: Nitrile hydratase alpha subunit

J: Nitrile hydratase beta subunit

K: Nitrile hydratase alpha subunit

L: Nitrile hydratase beta subunit

M: Nitrile hydratase alpha subunit

N: Nitrile hydratase beta subunit

O: Nitrile hydratase alpha subunit

P: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

364 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Nitrile hydratase alpha subunit

B: Nitrile hydratase beta subunit

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2

C: Nitrile hydratase alpha subunit

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3

E: Nitrile hydratase alpha subunit

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4

G: Nitrile hydratase alpha subunit

H: Nitrile hydratase beta subunit

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5

I: Nitrile hydratase alpha subunit

J: Nitrile hydratase beta subunit

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6

K: Nitrile hydratase alpha subunit

L: Nitrile hydratase beta subunit

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7

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8

O: Nitrile hydratase alpha subunit

P: Nitrile hydratase beta subunit

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.590, 111.590, 474.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Nitrile hydratase alpha subunit 分子量: 22836.053 Da / 分子数: 8 / 変異: R157A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9PBS0, nitrile hydratase
#2: タンパク質	Nitrile hydratase beta subunit 分子量: 22580.586 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9PBS1, nitrile hydratase
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.78 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Hanging Drop with reservoir solution as the following: 1.08 M K2HPO4, 0.49 M NaH2PO4 with 25 or 30% (v/v) glycerol PH範囲: 7 / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50.491 Å / Num. obs: 313740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.182 / R_sym value: 0.156 / Net I/av σ(I): 4.347 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 1185275

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.25-2.37	3.7	0.724	1	171800	45888	0.432	0.724	2.1	100
2.37-2.52	3.8	0.579	1.3	162598	43342	0.345	0.579	2.6	100
2.52-2.69	3.8	0.432	1.7	153136	40672	0.257	0.432	3.3	100
2.69-2.9	3.8	0.298	2.5	143053	37946	0.178	0.298	4.4	100
2.9-3.18	3.8	0.2	3.6	132172	34963	0.119	0.2	6.2	100
3.18-3.56	3.8	0.126	5.4	119854	31567	0.075	0.126	9.4	100
3.56-4.11	3.8	0.086	7.6	105713	27788	0.051	0.086	13	100
4.11-5.03	3.8	0.07	9.1	89586	23499	0.042	0.07	15.3	100
5.03-7.12	3.8	0.064	9.7	69330	18128	0.038	0.064	14.1	100
7.12-50.559	3.8	0.052	10	38033	9947	0.031	0.052	17.2	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.25→50.491 Å / FOM work R set: 0.8585 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2032	15125	5.05 %
R_work	0.1725	297626	-
obs	0.174	313458	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.98 Å² / B_iso mean: 31.78 Å² / B_iso min: 12.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→50.491 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25536	0	8	2995	28539
B_iso mean	-	-	32.74	37.7	-
残基数	-	-	-	-	3296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	26222
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	35686
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	3930
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.096	9450

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.2756	0.2981	532	0.2723	10027	10559	100
2.2756-2.3024	0.2848	523	0.2583	9817	10340	100
2.3024-2.3304	0.2837	559	0.2613	9970	10529	100
2.3304-2.3599	0.2956	523	0.2537	9902	10425	100
2.3599-2.391	0.2768	529	0.2464	9819	10348	100
2.391-2.4238	0.2607	511	0.2408	10057	10568	100
2.4238-2.4584	0.2607	556	0.2353	9821	10377	100
2.4584-2.4951	0.2803	520	0.2339	9897	10417	100
2.4951-2.5341	0.28	522	0.2252	10043	10565	100
2.5341-2.5756	0.274	539	0.222	9802	10341	100
2.5756-2.62	0.2626	522	0.2182	9910	10432	100
2.62-2.6677	0.255	536	0.2075	9949	10485	100
2.6677-2.719	0.2406	544	0.2031	9967	10511	100
2.719-2.7745	0.234	515	0.1994	9868	10383	100
2.7745-2.8348	0.2385	505	0.1972	9948	10453	100
2.8348-2.9007	0.2276	499	0.1912	9901	10400	100
2.9007-2.9732	0.2269	558	0.1842	9949	10507	100
2.9732-3.0536	0.2476	522	0.191	9893	10415	100
3.0536-3.1435	0.2215	513	0.1803	9962	10475	100
3.1435-3.2449	0.1927	531	0.1676	9940	10471	100
3.2449-3.3609	0.2078	530	0.1642	9937	10467	100
3.3609-3.4954	0.1915	548	0.1615	9916	10464	100
3.4954-3.6544	0.1751	506	0.1471	9928	10434	100
3.6544-3.847	0.1699	504	0.1418	9988	10492	100
3.847-4.088	0.1559	511	0.1274	9894	10405	100
4.088-4.4034	0.1514	512	0.1229	9952	10464	100
4.4034-4.8463	0.1333	545	0.117	9962	10507	100
4.8463-5.5468	0.1523	560	0.13	9864	10424	100
5.5468-6.9854	0.1699	534	0.1478	9925	10459	100
6.9854-50.5037	0.1588	523	0.144	9818	10341	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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