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- PDB-4zfz: Crystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zfz
タイトルCrystal structure of rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*098 complexed with myristoylated 5-mer lipopeptide derived from SIV Nef protein
要素
  • 5-mer lipopeptide from Protein Nef
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / lipopeptide / Antigen presentation / AIDS
機能・相同性
機能・相同性情報


: / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex ...: / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / GTP binding / host cell plasma membrane / structural molecule activity / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / B protein / Protein Nef / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.763 Å
データ登録者Morita, D. / Sugita, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the N-myristoylated lipopeptide-bound MHC class I complex
著者: Morita, D. / Yamamoto, Y. / Mizutani, T. / Ishikawa, T. / Suzuki, J. / Igarashi, T. / Mori, N. / Shiina, T. / Inoko, H. / Fujita, H. / Iwai, K. / Tanaka, Y. / Mikami, B. / Sugita, M.
履歴
登録2015年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I
B: Beta-2-microglobulin
C: 5-mer lipopeptide from Protein Nef
D: Major histocompatibility complex class I
E: Beta-2-microglobulin
F: 5-mer lipopeptide from Protein Nef
G: Major histocompatibility complex class I
H: Beta-2-microglobulin
I: 5-mer lipopeptide from Protein Nef
J: Major histocompatibility complex class I
K: Beta-2-microglobulin
L: 5-mer lipopeptide from Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,765104
ポリマ－175,28912
非ポリマー6,47692
水14,592810
1
A: Major histocompatibility complex class I
B: Beta-2-microglobulin
C: 5-mer lipopeptide from Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,59428
ポリマ－43,8223
非ポリマー1,77225
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Major histocompatibility complex class I
E: Beta-2-microglobulin
F: 5-mer lipopeptide from Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,43125
ポリマ－43,8223
非ポリマー1,60922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Major histocompatibility complex class I
H: Beta-2-microglobulin
I: 5-mer lipopeptide from Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,27524
ポリマ－43,8223
非ポリマー1,45321
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Major histocompatibility complex class I
K: Beta-2-microglobulin
L: 5-mer lipopeptide from Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,46527
ポリマ－43,8223
非ポリマー1,64324
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.402, 85.179, 127.990
Angle α, β, γ (deg.)89.20, 79.57, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質
Major histocompatibility complex class I


分子量: 31687.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4MU32*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11731.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6V7J5

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質・ペプチド
5-mer lipopeptide from Protein Nef


分子量: 403.432 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P12482

-
非ポリマー , 6種, 902分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: Zinc chloride, Tris-HCl, PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 182504 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.61 % / Net I/σ(I): 30.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RWJ

3rwj


解像度: 1.763→31.18 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 9073 4.97 %
Rwork0.1945 --
obs0.1961 182444 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.763→31.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12356 0 357 810 13523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1117904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6654966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7627-1.78270.32122020.30384149X-RAY DIFFRACTION68
1.7827-1.80370.31952470.2855127X-RAY DIFFRACTION85
1.8037-1.82560.30242970.27415755X-RAY DIFFRACTION96
1.8256-1.84880.29722840.2745867X-RAY DIFFRACTION96
1.8488-1.87310.30223170.26355671X-RAY DIFFRACTION96
1.8731-1.89870.28253850.25675751X-RAY DIFFRACTION96
1.8987-1.92590.3043300.24875818X-RAY DIFFRACTION96
1.9259-1.95460.26873020.2235763X-RAY DIFFRACTION96
1.9546-1.98510.28983060.23225840X-RAY DIFFRACTION96
1.9851-2.01770.25913140.22155863X-RAY DIFFRACTION97
2.0177-2.05250.25562590.22745779X-RAY DIFFRACTION97
2.0525-2.08980.27153270.22665873X-RAY DIFFRACTION97
2.0898-2.130.25572870.2245879X-RAY DIFFRACTION97
2.13-2.17340.26873270.21715806X-RAY DIFFRACTION97
2.1734-2.22070.24353200.20925843X-RAY DIFFRACTION97
2.2207-2.27230.26133700.21395758X-RAY DIFFRACTION97
2.2723-2.32910.26133770.21065856X-RAY DIFFRACTION97
2.3291-2.39210.24642750.2075832X-RAY DIFFRACTION97
2.3921-2.46240.26183230.21275958X-RAY DIFFRACTION98
2.4624-2.54190.24943050.20575831X-RAY DIFFRACTION98
2.5419-2.63270.27022640.20975984X-RAY DIFFRACTION98
2.6327-2.7380.26592660.215985X-RAY DIFFRACTION98
2.738-2.86260.27822850.20765936X-RAY DIFFRACTION98
2.8626-3.01340.23053800.19775786X-RAY DIFFRACTION98
3.0134-3.2020.21872520.19176007X-RAY DIFFRACTION98
3.202-3.44890.21872800.19165917X-RAY DIFFRACTION98
3.4489-3.79550.20753120.18585963X-RAY DIFFRACTION99
3.7955-4.34340.17783100.15545945X-RAY DIFFRACTION99
4.3434-5.46750.17682390.1466030X-RAY DIFFRACTION99
5.4675-31.18540.16953310.16325799X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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