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- PDB-4zfy: Structural studies on a non-toxic homologue of type II RIPs from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zfy
タイトルStructural studies on a non-toxic homologue of type II RIPs from Momordica charantia (bitter gourd) in complex with ALPHA-METHYL-D-GALACTOSIDE
要素(rRNA N-glycosidase) x 2
キーワードHYDROLASE / beta-trefoil / Type II RIPs / Galactose binding lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-galactopyranoside / Ribosome-inactivating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Momordica charantia (ゴーヤ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Chandran, T. / Sharma, A. / Vijayan, M.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
SERB, DST インド
引用
ジャーナル: J.Biosci. / 年: 2015
タイトル: Structural studies on a non-toxic homologue of type II RIPs from bitter gourd: Molecular basis of non-toxicity, conformational selection and glycan structure.
著者: Chandran, T. / Sharma, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. F Biol. Crystallogr. / 年: 2010
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray studies of a galactose-specific lectin from the seeds of bitter gourd (Momordica charantia).
著者: Sharma, A. / Pohlentz, G. / Bobbili, K.B. / Jeyaprakash, A.A. / Chandran, T. / Mormann, M. / Swamy, M.J. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: The sequence and structure of snake gourd (Trichosanthes anguina) seed lectin, a three-chain nontoxic homologue of type II RIPs.
著者: Sharma, A. / Pohlentz, G. / Bobbili, K.B. / Jeyaprakash, A.A. / Chandran, T. / Mormann, M. / Swamy, M.J. / Vijayan, M.
履歴
登録2015年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA N-glycosidase
B: rRNA N-glycosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6625
ポリマ－56,6602
非ポリマー1,0023
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.300, 136.990, 44.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-46-

CYS

詳細The author states that the symmetry related halves are covalently linked through a disulphide bridge. Therefore, the whole molecule is formally a monomer.

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 rRNA N-glycosidase


分子量: 27642.234 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 24-270 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: B7X8M2, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質 rRNA N-glycosidase


分子量: 29017.416 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 287-547 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: B7X8M2, rRNA N-glycosylase

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糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-AMG / methyl alpha-D-galactopyranoside / ALPHA-METHYL-D-GALACTOSIDE / methyl alpha-D-galactoside / methyl D-galactoside / methyl galactoside / メチルα-D-ガラクトピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DGalp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-methyl-galactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 1種, 114分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 % / 解説: Orthorhombic crystals, no cryo-protectant
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.1M HEPES, 20% w/v PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月18日
放射モノクロメーター: Mirrors POLAR 0.000 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→68.5 Å / Num. obs: 25685 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.42→2.55 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
MOSFLMデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z8S

4z8s


解像度: 2.42→58.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 7.028 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1289 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.224 24257 96.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.53 Å20 Å20 Å2
2---28.37 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→58.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3974 0 66 114 4154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.024128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.9555615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11638742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0695506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.52724.974191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3315670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4341519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02968
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1563.742030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1573.742029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3225.6082534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3215.6082535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2493.9812096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2483.9822097
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5075.8963081
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.3730.2644648
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.34430.2584634
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.503 70 -
Rwork0.34 1725 -
obs--91.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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