PDB-4zf7: Crystal structure of ferret interleukin-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zf7

タイトル

Crystal structure of ferret interleukin-2

要素

Interleukin 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ferret / interleukin-2

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mustela putorius furo (ヨーロッパケナガイタチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.893 Å

データ登録者

Ren, B. / Newman, J. / McKinstry, W.J. / Adams, T.E.

引用

ジャーナル: Dev.Comp.Immunol. / 年: 2015
タイトル: Structural and functional characterisation of ferret interleukin-2.
著者: Ren, B. / McKinstry, W.J. / Pham, T. / Newman, J. / Layton, D.S. / Bean, A.G. / Chen, Z. / Laurie, K.L. / Borg, K. / Barr, I.G. / Adams, T.E.

履歴

登録	2015年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zf7.cif.gz	127 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zf7.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zf7_validation.pdf.gz	480.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zf7_full_validation.pdf.gz	486.8 KB	表示
XML形式データ	4zf7_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	4zf7_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pru-1 3llr-3 1py2-3 1py2-5 3qkj-2 1nbp-d 5wzs-d 4kz1-d 6j4d-d 1py2-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin 2

B: Interleukin 2

ヘテロ分子

33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Interleukin 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Interleukin 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.938, 92.938, 89.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-394- HOH
2	1	B-416- HOH

詳細

Monomer confirmed by chromatography

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Interleukin 2 / Uncharacterized protein 分子量: 16077.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mustela putorius furo (ヨーロッパケナガイタチ) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A3FBE6

-
非ポリマー , 5種, 258分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate - citric acid buffer at pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→32.206 Å / Num. obs: 35935 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 14.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Blu-Ice		データ収集
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.893→32.206 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1973	1910	5.61 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.1668	34017	94.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.893→32.206 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2051	0	56	252	2359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	2148
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.649	2883
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.031	824
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	344
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8931-1.9405	0.3064	129	0.256	2103	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9405-1.9929	0.256	123	0.2136	2031	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9929-2.0516	0.22	133	0.1859	2257	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0516-2.1178	0.2277	136	0.1706	2285	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1178-2.1935	0.2158	127	0.1635	2238	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1935-2.2813	0.213	134	0.1789	2216	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2813-2.385	0.205	133	0.1664	2250	X-RAY DIFFRACTION	93
2.385-2.5107	0.1968	134	0.1561	2293	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5107-2.668	0.1877	141	0.1583	2310	X-RAY DIFFRACTION	96
2.668-2.8739	0.1992	134	0.1648	2339	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8739-3.1628	0.2146	145	0.1665	2376	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1628-3.62	0.1775	141	0.1546	2399	X-RAY DIFFRACTION	99
3.62-4.5587	0.1576	149	0.1386	2450	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5587-32.2106	0.1971	151	0.1713	2560	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4371	2.1224	-1.6869	5.6768	-1.5566	4.6687	-0.018	-0.1309	0.2122	0.1155	-0.0215	-0.0042	-0.0688	0.0047	0.0156	0.1956	-0.0769	-0.0613	0.1444	-0.062	0.1848	30.578	-26.5518	-2.6265
2	5.6182	-0.3077	-1.4879	3.1653	0.0479	2.9485	-0.0067	-0.0498	-0.1712	0.173	-0.0289	0.0347	0.0539	-0.0514	0.0367	0.1978	-0.0687	-0.0284	0.1155	-0.0097	0.1459	27.5203	-35.1742	-4.9406
3	3.2117	-0.2864	1.8172	0.296	0.4239	2.2945	-0.6658	-0.4359	0.5173	0.0005	-0.2441	0.369	0.1429	-0.3166	-0.3444	0.5162	0.53	0.4569	0.5953	0.254	1.2576	12.5906	-23.7437	-1.7399
4	7.9508	-0.227	-2.4476	5.4459	0.7788	6.2114	-0.0094	0.1867	0.2072	-0.2458	-0.0321	0.5189	-0.303	-0.3896	0.0098	0.2364	-0.0524	-0.0548	0.1493	-0.0025	0.1879	24.1252	-27.481	-11.8197
5	2.4071	-0.948	-1.3071	5.1781	1.2163	3.3529	-0.105	-0.4224	-0.222	0.4764	-0.0322	-0.2368	0.2548	0.581	0.0677	0.1736	-0.0742	-0.0788	0.2483	0.0013	0.2138	35.5743	-39.611	-1.5853
6	3.4094	0.6985	-0.5247	5.3006	0.2153	2.3865	0.1621	-0.2364	0.1216	0.1463	-0.0442	-0.3806	0.0026	0.1874	-0.0799	0.234	-0.0735	-0.0638	0.1503	-0.0365	0.2329	37.5613	-27.0878	-1.1839
7	5.6758	-0.0998	2.5485	3.7715	0.6685	3.8236	-0.1255	0.3284	0.075	-0.3036	-0.003	0.3757	0.007	-0.0858	0.0306	0.2087	-0.0619	-0.0134	0.1403	-0.016	0.1852	35.3902	-12.3215	-3.6574
8	5.1242	0.8103	-0.4168	3.0058	2.0882	5.4237	0.0116	0.1268	0.1578	-0.4542	-0.2357	0.6968	-0.3862	-0.4752	0.2181	0.2372	-0.0113	-0.0708	0.1428	-0.0092	0.2459	36.0985	0.9146	4.8171
9	2.7552	-3.7898	1.0784	6.3515	-0.8174	1.9163	-0.0501	0.1692	-0.1052	-0.5184	0.079	0.0978	-0.2603	0.0932	-0.0141	0.3183	-0.0734	0.0017	0.1688	-0.0265	0.195	43.6583	-2.1301	-4.336
10	6.875	-0.6838	1.9942	6.501	0.238	2.99	-0.2261	0.5557	-0.0602	-0.3681	0.1337	-0.8402	-0.003	0.3065	-0.0462	0.2941	-0.1002	0.039	0.2091	-0.0662	0.2724	44.5358	-12.7668	-8.027
11	0.68	0.3572	-0.7328	2.7947	-0.4829	1.194	0.1936	0.2823	0.2278	0.0934	0.4855	0.5619	-0.754	-0.592	0.3162	0.958	-0.0645	-0.2423	0.6558	0.2224	0.4706	34.7704	6.6814	-14.5047
12	3.1759	-0.6352	-0.7297	5.5234	-2.1689	8.8812	0.0548	0.0774	0.0926	-0.1491	0.3185	0.2636	-0.5096	-0.6164	-0.2908	0.1519	-0.0223	-0.03	0.1163	0.0016	0.1997	36.8851	4.7003	4.782
13	6.7076	-0.8763	3.3447	5.2823	0.0585	3.8173	-0.069	-0.1919	0.274	-0.2233	-0.2564	1.0568	0.0306	-0.8081	0.2155	0.2142	-0.0091	-0.0506	0.2521	-0.0674	0.355	29.1391	-5.8158	0.5908

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 77 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 112 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 113 through 132 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 39 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 40 through 50 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 51 through 71 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 72 through 95 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 96 through 100 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 101 through 112 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 113 through 132 )

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