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- PDB-4zdq: Crystal Structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zdq
タイトルCrystal Structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase (IspD) from Burkholderia thailandensis complexed with CTP
要素2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / isoprenoid biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / : / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLIC ACID / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024
タイトル: Crystal structure and biophysical characterization of IspD from Burkholderia thailandensis and Mycobacterium paratuberculosis.
著者: Pierce, P.G. / Hartnett, B.E. / Laughlin, T.M. / Blain, J.M. / Mayclin, S.J. / Bolejack, M.J. / Myers, J.B. / Higgins, T.W. / Dranow, D.M. / Sullivan, A. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / ...著者: Pierce, P.G. / Hartnett, B.E. / Laughlin, T.M. / Blain, J.M. / Mayclin, S.J. / Bolejack, M.J. / Myers, J.B. / Higgins, T.W. / Dranow, D.M. / Sullivan, A. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Hagen, T.J. / Horn, J.R. / Myler, P.J.
履歴
登録2015年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Derived calculations
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / reflns_shell
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,12120
ポリマ－103,2864
非ポリマー1,83516
水3,369187
1
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6248
ポリマ－25,8211
非ポリマー8037
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8211
ポリマ－25,8211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1375
ポリマ－25,8211
非ポリマー3154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5396
ポリマ－25,8211
非ポリマー7185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4459
ポリマ－51,6432
非ポリマー8037
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
6
C: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,67611
ポリマ－51,6432
非ポリマー1,0339
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.900, 138.950, 76.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase / MCT


分子量: 25821.379 Da / 分子数: 4 / 断片: ButhA.00168.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: ispD, BTH_I2089 / プラスミド: ButhA.00168.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2SWT6, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 203分子

#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE / ジメチルアルシン酸


分子量: 137.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7AsO2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.05
詳細: ButhA.00168.a.A1.PW33338 at 30.46 mg/ml mixed 1:1 with JCSG+(e11): 10.73% PEG-8000, 80mM Sodium Cacodylate/ HCl, pH=6.04, 160mM Calcium acetate, 20% glycerol. Apo crystals were soaked with ...詳細: ButhA.00168.a.A1.PW33338 at 30.46 mg/ml mixed 1:1 with JCSG+(e11): 10.73% PEG-8000, 80mM Sodium Cacodylate/ HCl, pH=6.04, 160mM Calcium acetate, 20% glycerol. Apo crystals were soaked with 1mM MgCl2, CTP, and D-erythritol-4-phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月8日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 41718 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31.72 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.951 / Net I/σ(I): 13.44 / Num. measured all: 159992
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.3-2.360.8220.5392.8411811306930580.62699.6
2.36-2.420.8380.4893.0911664303330180.56799.5
2.42-2.490.9120.3873.8411163288828900.449100
2.49-2.570.930.3274.4211044287528590.3899.4
2.57-2.660.9370.2894.8810634274427480.335100
2.66-2.750.9530.2495.6510146264426300.28999.5
2.75-2.850.9670.26.799964257825820.233100
2.85-2.970.9790.1578.589532248224720.18399.6
2.97-3.10.9890.119119138238823770.13899.5
3.1-3.250.9910.09313.668737226622710.108100
3.25-3.430.9950.06917.678208214321360.0899.7
3.43-3.640.9960.05820.557755204920440.06899.8
3.64-3.890.9970.04824.067359193819360.05699.9
3.89-4.20.9970.04227.296848180618000.04899.7
4.2-4.60.9980.03531.116327165616560.04100
4.6-5.140.9980.03332.295680149114880.03999.8
5.14-5.940.9980.03828.244999131113100.04499.9
5.94-7.270.9980.03330.344231111311120.03999.9
7.27-10.290.9980.02737.5232038688660.03299.8
10.290.9980.03135.6515494924650.03794.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4YS8

4ys8


解像度: 2.3→26.932 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 1948 4.67 %
Rwork0.205 39739 -
obs0.2074 41687 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.49 Å2 / Biso mean: 41.7333 Å2 / Biso min: 15.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→26.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6652 0 111 187 6950
Biso mean--63.4 37.2 -
残基数----898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5639376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0672431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35750.3241420.27292794293699
2.3575-2.42120.28611390.258628572996100
2.4212-2.49240.31441100.243828162926100
2.4924-2.57280.29211450.240928633008100
2.5728-2.66470.27971410.241328092950100
2.6647-2.77120.30961440.2428352979100
2.7712-2.89720.30131490.236128132962100
2.8972-3.04980.29641430.23928593002100
3.0498-3.24060.30351290.22128572986100
3.2406-3.49030.26631280.208728422970100
3.4903-3.84060.22491470.189128512998100
3.8406-4.39430.21511370.172328062943100
4.3943-5.52850.20541370.162828753012100
5.5285-26.93350.24061570.1832862301999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5476-0.7945-0.06134.21770.22782.3539-0.09980.0255-0.2748-0.1377-0.0022-0.310.15190.16560.12240.1477-0.01180.04870.2385-0.00990.265146.592589.729543.5234
20.67210.1795-0.18214.20850.0560.7020.1243-0.07680.08340.2773-0.08160.7878-0.03990.0564-0.02280.1934-0.0340.06180.2551-0.06580.297530.662482.594847.245
32.1093-0.7632-0.65015.56071.98443.47570.0546-0.0321-0.28890.21450.00940.16290.15350.1995-0.10180.1927-0.05520.0180.2771-0.01740.281435.694579.175646.118
41.83180.9959-0.17323.47220.45342.3593-0.1150.1056-0.0046-0.08020.07520.1307-0.1851-0.0670.03290.32130.0248-0.04920.2359-0.01260.196331.444748.098836.1317
50.8390.8679-0.45586.74710.37540.62680.0374-0.02870.0970.3021-0.07940.46610.1659-0.06670.00580.3223-0.0039-0.00470.2788-0.02720.264628.298560.794846.6621
65.00830.2466-0.75223.04621.82333.8215-0.0249-0.53930.180.34680.1588-0.4115-0.62260.3447-0.21680.46980.0401-0.05290.2423-0.00010.211228.1215116.75490.1197
72.14220.89070.39655.48361.07845.96910.10050.3419-0.3062-0.25890.12380.5220.59230.2228-0.28890.33130.0267-0.1420.3576-0.03520.291720.7855102.4349-11.815
85.19050.21381.38964.2171-1.82261.2736-0.11170.31240.2677-0.13880.1755-0.07020.1560.05740.00210.23590.035-0.0610.1866-0.00940.147724.5301112.448-10.9135
92.92961.21391.20933.3021-0.58054.1719-0.24710.2353-0.1468-0.39170.1523-0.17880.24130.07630.09920.26850.037-0.05020.28720.00720.200123.9021112.9246-14.1606
100.526-0.8898-1.40671.54832.41783.79580.27820.6716-0.5856-0.4626-0.2561-0.1801-0.71610.375-0.03680.3668-0.012-0.07060.36150.01890.57435.0914116.2704-8.3764
113.58690.09460.54363.1108-1.75913.27890.0595-0.44180.32570.7838-0.0474-0.4063-0.1166-0.00460.00640.3330.0451-0.06940.2765-0.01120.260928.5088108.3844.2667
125.57820.80881.55468.8141.54930.6349-0.40.08710.454-0.54060.0671-0.9089-0.9119-0.18580.12120.39910.0903-0.07390.29210.08930.459841.284481.3560.7951
134.6474-4.179-1.41993.75811.28280.4763-0.3999-0.5558-0.20430.47020.3187-0.1773-0.22950.24150.01110.43550.0107-0.17930.26970.01890.427338.735589.51136.6101
143.65060.05941.54818.1207-0.46486.3978-0.13170.33090.21180.14740.0788-1.0037-0.49120.50550.09360.283-0.027-0.13090.22760.04740.427740.4194113.822-0.3517
153.2570.81453.63849.2002-1.02576.08950.19160.43790.004-0.0975-0.0325-1.6710.22220.906-0.17280.36280.0769-0.16750.42260.02850.71444.3659106.97321.2236
166.21461.65323.25297.71232.42438.0717-0.1145-0.4513-0.3013-0.2818-0.05840.1153-0.5755-0.35020.14860.31060.0626-0.11150.19150.04240.328927.845896.87851.852
177.58121.4423-2.50179.3959-0.19713.76030.6910.5659-0.8931-0.76070.24751.02330.2104-0.6495-0.74230.71540.0272-0.2740.38120.10030.591219.210390.6738-7.599
184.7572-1.2587-0.93986.18140.0174.23020.2709-0.1440.4740.00620.0370.68960.0597-0.4337-0.19430.2177-0.06370.02890.3175-0.00580.343118.499869.18347.1175
195.8762-0.456-0.72164.3446-0.01742.6874-0.2248-0.56820.06690.69730.0980.64210.2116-0.22050.0260.34920.00010.02850.28530.01530.300221.605464.108712.32
201.48951.13550.42336.3723-0.31161.0563-0.25070.01630.0405-0.35620.2315-0.4589-0.06280.09080.02770.28030.0198-0.04720.28840.02790.235334.452579.31351.4788
215.118-1.33070.75644.878-0.40832.1611-0.0941-0.3184-0.05670.17880.0413-0.1521-0.04910.01030.02350.2487-0.0215-0.05070.27610.06920.371432.500874.87796.7112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 96 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 97 through 185 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 231 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 138 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 139 through 232 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 0 through 11 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 12 through 43 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 44 through 63 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 64 through 81 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 82 through 96 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 97 through 138 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 139 through 152 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 153 through 168 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 169 through 185 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 186 through 204 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 205 through 218 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 219 through 232 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 2 through 63 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 64 through 96 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 97 through 168 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 169 through 230 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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