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- PDB-4zdh: Crystal structure of JKA6 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zdh
タイトルCrystal structure of JKA6 TCR
要素
  • Alpha chain of A6 T-cell receptor,T-cell receptor alpha chain C region
  • Beta chain of JKF6 T-cell receptor,Protein TRBV28
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / peptide antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / peptide antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 12-2 / : / T cell receptor beta variable 28 / T cell receptor alpha chain constant
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.0984 Å
データ登録者Singh, N.K. / Hossain, M. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of JKA6 TCR
著者: Singh, N.K. / Hossain, M. / Baker, B.M.
履歴
登録2015年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha chain of A6 T-cell receptor,T-cell receptor alpha chain C region
B: Beta chain of JKF6 T-cell receptor,Protein TRBV28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6582
ポリマ－49,6582
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.695, 60.087, 82.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha chain of A6 T-cell receptor,T-cell receptor alpha chain C region


分子量: 22171.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGMT7 / 遺伝子: TRAC, TCRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01848, UniProt: A0A075B6T6*PLUS
#2: タンパク質 Beta chain of JKF6 T-cell receptor,Protein TRBV28


分子量: 27486.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGMT7 / 遺伝子: TRBV28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A087WZV8, UniProt: A0A5B6*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月13日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.0984→19.49 Å / Num. obs: 25704 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.0984→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 18.5 / % possible all: 84.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.0984→19.49 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 1263 5.16 %Random Selection
Rwork0.1903 ---
obs0.1921 24455 95.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0984→19.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3491 0 0 150 3641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.194852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0061303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0984-2.18230.3081300.23932163X-RAY DIFFRACTION81
2.1823-2.28150.291300.22482415X-RAY DIFFRACTION90
2.2815-2.40160.28391310.23282501X-RAY DIFFRACTION92
2.4016-2.55180.29291200.22532583X-RAY DIFFRACTION95
2.5518-2.74830.27771420.22852682X-RAY DIFFRACTION99
2.7483-3.0240.23491510.20172685X-RAY DIFFRACTION100
3.024-3.45940.20971460.18382691X-RAY DIFFRACTION99
3.4594-4.35050.19841430.16132716X-RAY DIFFRACTION100
4.3505-19.49240.1811700.1682756X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8705-2.6076-2.32845.45693.32792.3811-0.3325-0.3061-0.02370.29520.5692-0.20560.33970.2505-0.25260.34050.0128-0.06750.337-0.0590.277816.46315.09916.4704
24.5681-0.9628-1.23113.45081.09183.94430.03660.3605-0.3772-0.22780.0439-0.05270.226-0.0584-0.03630.3011-0.0157-0.02760.2638-0.03380.253415.9965-1.44965.6271
36.5879-4.7027-2.51095.56051.39362.46110.15220.26990.1668-0.3374-0.0376-0.0931-0.15590.1076-0.13230.2189-0.0532-0.03640.2791-0.02980.221720.90855.70194.1436
44.6423-2.9206-3.3653.34083.20264.3560.0180.3326-0.04720.1982-0.1050.0292-0.0388-0.25470.08970.2188-0.0312-0.07030.2663-0.01750.254111.11145.879710.1343
51.5006-0.5184-0.81742.93551.10432.2336-0.001-0.0903-0.3929-0.07390.2990.20740.1890.2963-0.30370.3253-0.0109-0.01930.2769-0.04630.490916.7849-12.83864.8682
65.3149-3.2093-3.6884.24633.79154.54870.1957-0.16290.4443-0.18970.0189-0.3292-0.33920.0235-0.22080.2212-0.009-0.0570.2748-0.00530.25986.199317.661621.6251
78.8063-1.3894-0.54026.38290.65316.60370.1478-1.042-0.59080.8676-0.46710.68450.168-0.9620.29420.368-0.08690.03680.4735-0.06410.3237-13.376414.608334.2245
83.66321.1404-2.59087.4843-4.03466.1197-0.2843-1.2746-0.89970.4519-0.2815-0.55030.3020.67840.56880.37410.08290.00610.62550.11860.47263.086411.355534.06
94.3056-0.3357-1.29753.283-0.74446.4098-0.0493-0.0369-0.03470.157-0.1948-0.31520.18270.09880.16430.1786-0.025-0.01770.132-0.02460.2352-3.48614.163824.7513
105.8562.5912-1.22419.39680.23736.5553-0.3215-2.2307-0.32061.4814-0.5777-0.36180.35380.42070.90441.0756-0.0932-0.15130.83670.03750.5184-4.563511.618942.1204
114.3298-4.2052-0.41794.08550.36632.06780.0388-2.28560.55891.05760.09160.1901-0.0568-0.1712-0.0250.5406-0.12370.05760.6951-0.06950.4818-3.945524.002738.0684
122.2316-0.5475-1.92452.42210.17595.246-0.0147-0.1168-0.06780.079-0.02350.08950.13220.31290.02230.2317-0.0208-0.02850.25030.00410.23743.4488-17.50468.7409
136.5241-4.0743-2.97184.98764.03963.3508-0.1869-0.5474-0.5890.54780.09720.45150.22580.11220.09580.4058-0.07430.04940.344-0.02710.3188-8.7887-13.925126.738
140.9335-0.4183-0.27763.8775-0.5811.6245-0.0599-0.07330.08510.2878-0.0522-0.24890.0910.01960.11170.1617-0.0048-0.03920.2169-0.01930.1546-10.63488.323424.8046
151.8-1.3423-0.07274.21220.24151.8143-0.0845-0.1301-0.3731-0.27360.07340.77840.4708-0.29580.0030.2772-0.09950.02110.3253-0.03210.3446-19.539-3.654122.3942
164.2196-2.71150.33363.3094-1.8561.8242-0.1524-0.29790.16040.31890.32240.8627-0.121-0.2249-0.17820.1773-0.05440.06090.3227-0.08540.2396-22.584610.729723.5619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 77 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 78 through 93 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 94 through 105 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 106 through 119 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 120 through 138 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 139 through 153 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 154 through 178 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 179 through 193 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 194 through 204 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 3 through 107 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 108 through 122 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 123 through 200 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 201 through 231 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 232 through 243 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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