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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zdf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast enoyl-CoA isomerase helix-10 deletion (ScECI2-H10) mutant | ||||||
要素 | 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Crotonase / enoyl-CoA isomerase / beta-oxidation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Onwukwe, G.U. / Koski, M.K. / Wierenga, R.K. | ||||||
資金援助 | フィンランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Structures of yeast peroxisomal Delta (3), Delta (2)-enoyl-CoA isomerase complexed with acyl-CoA substrate analogues: the importance of hydrogen-bond networks for the reactivity of the ...タイトル: Structures of yeast peroxisomal Delta (3), Delta (2)-enoyl-CoA isomerase complexed with acyl-CoA substrate analogues: the importance of hydrogen-bond networks for the reactivity of the catalytic base and the oxyanion hole. 著者: Onwukwe, G.U. / Koski, M.K. / Pihko, P. / Schmitz, W. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zdf.cif.gz | 124 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zdf.ent.gz | 95.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zdf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 267 / Label seq-ID: 24 - 287
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32471.053 Da / 分子数: 2 / 変異: Deleted R269-L280 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CYS212 was oxidized to CME due to the presence of BME in the purification buffers 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ECI1, YLR284C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05871, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM imidazole pH 6.5, 1 M NaAcetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→48.94 Å / Num. obs: 64106 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.064 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1K39 解像度: 1.81→48.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.428 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.875 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.81→48.94 Å
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拘束条件 |
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