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- PDB-4zde: Crystal structure of yeast D3,D2-enoyl-CoA isomerase F268A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zde
タイトルCrystal structure of yeast D3,D2-enoyl-CoA isomerase F268A mutant
要素3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
キーワードISOMERASE / Crotonase / beta-oxidation / enoyl-CoA isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Onwukwe, G.U. / Koski, M.K. / Wierenga, R.K.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structures of yeast peroxisomal Delta (3), Delta (2)-enoyl-CoA isomerase complexed with acyl-CoA substrate analogues: the importance of hydrogen-bond networks for the reactivity of the ...タイトル: Structures of yeast peroxisomal Delta (3), Delta (2)-enoyl-CoA isomerase complexed with acyl-CoA substrate analogues: the importance of hydrogen-bond networks for the reactivity of the catalytic base and the oxyanion hole.
著者: Onwukwe, G.U. / Koski, M.K. / Pihko, P. / Schmitz, W. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2015年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
B: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
C: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,06220
ポリマ－101,4413
非ポリマー1,62117
水7,800433
1
A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
B: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
C: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
ヘテロ分子

A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
B: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
C: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,12440
ポリマ－202,8826
非ポリマー3,24234
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_777-y+2,-x+2,-z+5/21
Buried area28640 Å2
ΔGint-552 kcal/mol
Surface area51990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.703, 116.703, 219.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA4 - 26924 - 289
21ARGARGBB4 - 26924 - 289
12ALAALAAA4 - 26824 - 288
22ALAALACC4 - 26824 - 288
13ALAALABB4 - 26824 - 288
23ALAALACC4 - 26824 - 288

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase / Delta(3) / Delta(2)-enoyl-CoA isomerase / D3 / D2-enoyl-CoA isomerase / Dodecenoyl-CoA isomerase


分子量: 33813.633 Da / 分子数: 3 / 変異: F268A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ECI1, YLR284C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05871, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES pH 6.5, 1.6 M (NH4)2SO4, 10% dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→116.7 Å / Num. obs: 89154 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 2.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K39

1k39


解像度: 2.1→80.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.895 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19695 4455 5 %RANDOM
Rwork0.17468 ---
obs0.17579 84599 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0 Å20 Å2
2---0.21 Å2-0 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→80.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6146 0 88 433 6667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196399
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.9798657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07314013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2175780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30724.539293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.896151117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7081529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7943.863101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7883.8593100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1455.7653871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1475.7673872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2454.3633298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8914.3073242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8156.2794698
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.55931.8267701
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.43631.5277528
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A161220.07
12B161220.07
21A159070.08
22C159070.08
31B158290.08
32C158290.08
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 325 -
Rwork0.311 6176 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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