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万見
- PDB-4zce: Crystal Structure of the dust mite allergen Der p 23 from Dermato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zce
タイトルCrystal Structure of the dust mite allergen Der p 23 from Dermatophagoides pteronyssinus
要素Dust mite allergen
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / Dust / Mite / Der p 23
機能・相同性Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / IgE binding / cytoplasmic vesicle / 小胞体 / extracellular region / Major mite allergen Der p 23
機能・相同性情報
生物種Dermatophagoides pteronyssinus (ヒョウヒダニ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Mueller, G.A. / Randall, T.A. / Glesner, J. / Perera, L. / Edwards, L.L. / Chapman, M.D. / London, R.E. / Pomes, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Z01-ES102885, ZIA-ES102645,R01AI077653 米国
引用ジャーナル: Clin Exp Allergy / 年: 2016
タイトル: Serological, genomic and structural analyses of the major mite allergen Der p 23.
著者: Mueller, G.A. / Randall, T.A. / Glesner, J. / Pedersen, L.C. / Perera, L. / Edwards, L.L. / DeRose, E.F. / Chapman, M.D. / London, R.E. / Pomes, A.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dust mite allergen
B: Dust mite allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9493
ポリマ－11,8872
非ポリマー621
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area6550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.283, 53.519, 40.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Dust mite allergen


分子量: 5943.508 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 44-90 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ヒョウヒダニ)
プラスミド: pDEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: L7N6F8
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: small tubes / pH: 7.5 / 詳細: 50% PBS buffer for two months in

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.514 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日 / 詳細: SAD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 15162 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Rsym value: 0.225

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→26.759 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1903 714 4.72 %Random selection
Rwork0.1636 ---
obs0.1649 15142 96.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→26.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数789 0 4 200 993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2191169
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.069304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.67010.24811310.18132657X-RAY DIFFRACTION90
1.6701-1.83810.21861240.18272840X-RAY DIFFRACTION95
1.8381-2.1040.18631420.15712964X-RAY DIFFRACTION100
2.104-2.65050.17881550.16412953X-RAY DIFFRACTION100
2.6505-26.76350.18311620.15813014X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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