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- PDB-4zcd: Renalase in complex with NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zcd
タイトルRenalase in complex with NAD+
要素Renalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Renalase / oxidase / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


renalase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / FAD binding / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial renalase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Bacterial renalase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Renalase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6605 Å
データ登録者Silvaggi, N.R. / Moran, G.R. / Roman, J.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1402475 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1157392 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Bacterial Renalase: Structure and Kinetics of an Enzyme with 2- and 6-Dihydro-beta-NAD(P) Oxidase Activity from Pseudomonas phaseolicola.
著者: Hoag, M.R. / Roman, J. / Beaupre, B.A. / Silvaggi, N.R. / Moran, G.R.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renalase
B: Renalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0818
ポリマ－73,7092
非ポリマー2,3736
水13,475748
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area27470 Å2
2
A: Renalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3955
ポリマ－36,8541
非ポリマー1,5414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Renalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6863
ポリマ－36,8541
非ポリマー8322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.700, 37.600, 138.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-840-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Renalase


分子量: 36854.434 Da / 分子数: 2 / 変異: G145S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (strain 1448A / Race 6) (バクテリア)
株: 1448A / Race 6 / 遺伝子: PSPPH_1014 / Variant: Race 6 / プラスミド: pET21-NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48MT7, renalase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.0 M Sodium formate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→33.2 Å / Num. obs: 76829 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1965精密化
HKL-20002.3.10データ削減
HKL-20002.3.10データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KKJ

3kkj


解像度: 1.6605→33.195 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 15.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1761 2971 3.91 %Random selection
Rwork0.1508 73035 --
obs0.1518 76006 98.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6605→33.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5000 0 159 748 5907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4947369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6211910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009944
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6605-1.71980.24912730.19566854X-RAY DIFFRACTION94
1.7198-1.78860.20392970.17337217X-RAY DIFFRACTION98
1.7886-1.870.20393010.16097219X-RAY DIFFRACTION99
1.87-1.96860.16752870.14657274X-RAY DIFFRACTION99
1.9686-2.09190.18682980.1477330X-RAY DIFFRACTION100
2.0919-2.25340.17532980.14197294X-RAY DIFFRACTION99
2.2534-2.48010.1733060.13947376X-RAY DIFFRACTION100
2.4801-2.83890.17712950.14787371X-RAY DIFFRACTION100
2.8389-3.5760.15853040.15327463X-RAY DIFFRACTION100
3.576-33.20190.16543120.1477637X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0912-0.30440.09160.66820.14591.01280.0824-0.3182-0.0318-0.020.00290.0519-0.0120.0088-0.05660.0907-0.0171-0.00040.06870.01920.05178.6951-4.164845.298
22.0478-0.85890.14911.0416-0.28510.74180.0488-0.0023-0.0750.0216-0.03440.06240.04-0.0786-0.01540.0671-0.0244-0.0160.0445-0.00250.0787168.505-1.833837.6043
32.3824-0.2968-0.25241.5649-0.1681.846-0.04420.04460.20910.15110.0275-0.1335-0.30120.16980.03790.1018-0.0156-0.00890.03730.01780.0726198.065.831913.09
41.2398-0.15250.14110.4811-0.32770.8227-0.00630.0025-0.00230.02270.0149-0.0118-0.05980.0181-0.01060.07640.00730.00230.0233-0.02080.0482203.7848-1.121416.1201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 170 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 171 through 328 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 62 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 63 through 330 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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