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- PDB-4zc0: Structure of a dodecameric bacterial helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zc0
タイトルStructure of a dodecameric bacterial helicase
要素Replicative DNA helicase
キーワードHYDROLASE / Helicase ATPase DNA replication / dodecamer
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA 5'-3' helicase / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / isomerase activity / 5'-3' DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding ...DNA 5'-3' helicase / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / isomerase activity / 5'-3' DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXATANTALUM DODECABROMIDE / Replicative DNA helicase DnaB
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Bazin, A. / Cherrier, M.V. / Gutsche, I. / Timmins, J. / Terradot, L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structure and primase-mediated activation of a bacterial dodecameric replicative helicase.
著者: Bazin, A. / Cherrier, M.V. / Gutsche, I. / Timmins, J. / Terradot, L.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase
D: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,4075
ポリマ－238,3624
非ポリマー2,0451
水00
1
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase
D: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子

A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase
D: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子

A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase
D: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)721,22115
ポリマ－715,08712
非ポリマー6,1343
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)283.467, 283.467, 283.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質
Replicative DNA helicase


分子量: 59590.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: dnaB, HP_1362 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25916, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.11 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Polyethylene glycol 3350 26%, 100 mM Tris pH 8.6 and 200 mM Lithium Sulphate
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.2546 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.7→48.61 Å / Num. obs: 6960 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 44.3 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 6.7→7.06 Å / 冗長度: 45.6 % / Rmerge(I) obs: 4.725 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 6.7→47.245 Å / SU ML: 1.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 34.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2988 685 5.19 %Random selection
Rwork0.2577 ---
obs0.2597 13211 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.7→47.245 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9131 0 18 0 9149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83812650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7383842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031631
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.7-7.21570.34941520.31452526X-RAY DIFFRACTION100
7.2157-7.93870.35171230.27342479X-RAY DIFFRACTION100
7.9387-9.08040.32451330.20872513X-RAY DIFFRACTION100
9.0804-11.41360.26921490.20092482X-RAY DIFFRACTION100
11.4136-47.24570.29831280.3022526X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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