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- PDB-4zbw: Crystal structure of death effector domain of Caspase8 in Homo Sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zbw
タイトルCrystal structure of death effector domain of Caspase8 in Homo Sapiens
要素Caspase-8
キーワードHYDROLASE / Death effector domain / caspase
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-8 / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Apoptotic execution phase ...caspase-8 / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Apoptotic execution phase / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / TRIF-mediated programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / self proteolysis / response to cobalt ion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / CLEC7A/inflammasome pathway / negative regulation of necroptotic process / response to anesthetic / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / natural killer cell activation / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / execution phase of apoptosis / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / : / B cell activation / positive regulation of proteolysis / macrophage differentiation / response to tumor necrosis factor / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / extrinsic apoptotic signaling pathway / cysteine-type peptidase activity / regulation of cytokine production / protein maturation / proteolysis involved in protein catabolic process / T cell activation / positive regulation of interleukin-1 beta production / Regulation of NF-kappa B signaling / apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / protein processing / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / lamellipodium / peptidase activity / heart development / cell body / scaffold protein binding / angiogenesis / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cytoskeleton / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shen, C. / Wang, T. / Quan, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
MOST2012CB722602 中国
MOST2013CB911501 中国
SZSTIGGJS20130329180714793 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the death effector domains of caspase-8
著者: Shen, C. / Yue, H. / Pei, J. / Guo, X. / Wang, T. / Quan, J.M.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-8
B: Caspase-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9782
ポリマ－44,9782
非ポリマー00
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area20260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.360, 52.106, 56.596
Angle α, β, γ (deg.)113.34, 116.89, 90.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Caspase-8 / CASP-8 / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / FADD-homologous ICE/ced-3- ...CASP-8 / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / FADD-homologous ICE/ced-3-like protease / FADD-like ICE / FLICE / ICE-like apoptotic protease 5 / MORT1-associated ced-3 homolog / MACH


分子量: 22488.879 Da / 分子数: 2 / 変異: F122A, I128D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8, MCH5 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 plysS / 参照: UniProt: Q14790, caspase-8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 % / 解説: rod like crystal, 0.1X0.1X0.4
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M sodium chloride, 25% PEG3350 / PH範囲: 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002+ / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射モノクロメーター: Confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.22 Å / Num. obs: 22971 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 1.83 % / Biso Wilson estimate: 30.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.59 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
CrystalClear1.4データ削減
d*TREK9.7データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BBR

2bbr


解像度: 2.2→29.22 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2010 8.76 %Random
Rwork0.2041 ---
obs0.2082 22952 96.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3050 0 0 248 3298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6831248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.34821440.28141417X-RAY DIFFRACTION92
2.255-2.3160.33521270.25561518X-RAY DIFFRACTION97
2.316-2.38410.28261610.24211500X-RAY DIFFRACTION98
2.3841-2.4610.30591400.23471544X-RAY DIFFRACTION98
2.461-2.54890.27161390.23361510X-RAY DIFFRACTION99
2.5489-2.65090.27461380.23211517X-RAY DIFFRACTION98
2.6509-2.77150.28891510.231545X-RAY DIFFRACTION98
2.7715-2.91740.30991380.24181528X-RAY DIFFRACTION98
2.9174-3.10.33521440.23441515X-RAY DIFFRACTION98
3.1-3.33910.26241440.2251550X-RAY DIFFRACTION97
3.3391-3.67450.24271580.20211461X-RAY DIFFRACTION97
3.6745-4.20490.23841520.16981469X-RAY DIFFRACTION96
4.2049-5.29260.17331480.14911459X-RAY DIFFRACTION94
5.2926-29.22470.18511260.17381409X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71570.84731.43791.98371.20352.7121-0.057-0.00050.1561-0.0878-0.02490.0928-0.08560.02950.05920.24540.00970.04370.24190.01450.2876-19.535422.4626-38.9367
21.7739-0.6627-1.30491.76731.02672.0844-0.04340.0371-0.18290.1065-0.0390.120.1169-0.01980.07380.1959-0.0001-0.03820.18740.01760.2216.1586-3.2216-42.4737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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