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万見
- PDB-4zb3: Crystal structure of the apo AtNUDT7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zb3
タイトルCrystal structure of the apo AtNUDT7
要素Nudix hydrolase 7
キーワードHYDROLASE / Nudix / apo / open conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nudix hydrolase 6-like / Pre-nudix hydrolase domain / Nudix hydrolase domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tang, Q. / Liu, C. / Zhong, C. / Ding, J.
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of Arabidopsis thaliana Nudix Hydrolase NUDT7 Reveal a Previously Unobserved Conformation.
著者: Tang, Q. / Liu, C. / Zhong, C. / Ding, J.
履歴
登録2015年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nudix hydrolase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2882
ポリマ－35,1921
非ポリマー961
水1,838102
1
A: Nudix hydrolase 7
ヘテロ分子

A: Nudix hydrolase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5764
ポリマ－70,3842
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/31
Buried area8720 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.788, 116.788, 115.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Nudix hydrolase 7 / AtNUDT7 / ADP-ribose pyrophosphatase / NADH pyrophosphatase / Protein GROWTH FACTOR GENE 1


分子量: 35191.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NUDT7, GFG1, NUDX7, At4g12720, T20K18.70 / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus
参照: UniProt: Q9SU14, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, ADP-ribose diphosphatase, NAD+ diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 21343 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.989 / Net I/av σ(I): 24.788 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 220678
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.3810.50.49120820.706100
2.38-2.4810.60.35220950.739100
2.48-2.5910.70.27921010.766100
2.59-2.7310.70.20721150.806100
2.73-2.910.60.14721140.879100
2.9-3.1210.60.11221250.959100
3.12-3.4410.50.09121401.083100
3.44-3.9310.30.09321471.53299.9
3.93-4.959.70.08821411.88597.7
4.95-509.30.03722830.57997

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 9.783 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22593 1095 5.2 %RANDOM
Rwork0.19895 ---
obs0.20029 20119 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.88 Å2 / Biso mean: 43.043 Å2 / Biso min: 23.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 5 102 2197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022143
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9492905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9175261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.38225.30698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.98715379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.801157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211605
LS精密化 シェル解像度: 2.291→2.351 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 78 -
Rwork0.26 1243 -
obs--95.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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