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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zb3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the apo AtNUDT7 | ||||||
![]() | Nudix hydrolase 7 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Nudix / apo / open conformation | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / NAD binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, Q. / Liu, C. / Zhong, C. / Ding, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Arabidopsis thaliana Nudix Hydrolase NUDT7 Reveal a Previously Unobserved Conformation. 著者: Tang, Q. / Liu, C. / Zhong, C. / Ding, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35191.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NUDT7, GFG1, NUDX7, At4g12720, T20K18.70 / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9SU14, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, ADP-ribose diphosphatase, NAD+ diphosphatase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, 1.6 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 21343 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.989 / Net I/av σ(I): 24.788 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 220678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.88 Å2 / Biso mean: 43.043 Å2 / Biso min: 23.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.291→2.351 Å
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