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万見
- PDB-4zae: Development of a novel class of potent and selective FIXa inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zae
タイトルDevelopment of a novel class of potent and selective FIXa inhibitors
要素(Coagulation factor ...凝固・線溶系) x 2
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / SERINE PROTEINASE (セリンプロテアーゼ) / BLOOD COAGULATION (凝固・線溶系) / COAGULATION FACTOR (凝固・線溶系) / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / 第IX因子 / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / ヒドロキシル化 ...Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / 第IX因子 / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / ヒドロキシル化 / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Golgi lumen / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / 小胞体 / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / ラミニン / ラミニン / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF様ドメイン / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / ラミニン / ラミニン / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF様ドメイン / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / リボン / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4M1 / 第IX因子
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Hruza, A. / Reichert, P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Development of a novel class of potent and selective FIXa inhibitors.
著者: Zhang, T. / Andre, P. / Bateman, T.J. / Chen, Y.H. / Desai, K. / Ellsworth, K. / Geissler, W.M. / Guo, L. / Hruza, A. / Jian, T. / Meng, D. / Parker, D.L. / Qian, X. / Reichert, P. / Sherer, ...著者: Zhang, T. / Andre, P. / Bateman, T.J. / Chen, Y.H. / Desai, K. / Ellsworth, K. / Geissler, W.M. / Guo, L. / Hruza, A. / Jian, T. / Meng, D. / Parker, D.L. / Qian, X. / Reichert, P. / Sherer, E.C. / Shu, M. / Smith, C.J. / Sonatore, L.M. / Tschirret-Guth, R. / Nolting, A.F. / Orr, R. / Campeau, L.C. / Araki, K. / Nishimura, T. / Sakurada, I. / Wood, H.B.
履歴
登録2015年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor IX
B: Coagulation factor IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6825
ポリマ－32,9472
非ポリマー7363
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.452, 99.452, 94.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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Coagulation factor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Coagulation factor IX / 第IX因子 / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC


分子量: 26104.703 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptidase S1 domain (UNP residues 227-461) / 変異: R150A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, 第IX因子
#2: タンパク質 Coagulation factor IX / 第IX因子 / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC


分子量: 6841.809 Da / 分子数: 1 / 断片: EG-like 2 domain (UNP residues 131-191) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, 第IX因子

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非ポリマー , 4種, 263分子

#3: 化合物 ChemComp-4M1 / 2,6-dichloro-N-[(2R)-2-(5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-phenylethyl]-4-(4H-1,2,4-triazol-4-yl)benzamide


分子量: 505.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H22Cl2N6O
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 50 mM CHES, pH 9.0, 1.3 M tri-sodium citrate and 3 mM compound (cross seeded with crystals grown from 50 mM Tris, pH 7.2, 1.45 M ammonium sulfate, 2.0 M sodium chloride and 3 mM compound)

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.857→63.728 Å / Num. obs: 29508 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 24.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.857→1.863 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 0.575 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS(VERSION December 29データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.4精密化
Cootモデル構築
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RFN

1rfn


解像度: 1.86→63.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9646 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9546 / SU R Cruickshank DPI: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Blow DPI: 0.094 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.095
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1741 1475 5.02 %RANDOM
Rwork0.1477 ---
obs0.149 29369 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0361 Å20 Å20 Å2
2---1.0361 Å20 Å2
3---2.0722 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.193 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→63.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4453 0 49 260 4762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014602HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.088304HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d991SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes738HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4602HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion299SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5054SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 155 5.37 %
Rwork0.1865 2729 -
all0.1869 2884 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32720.515-0.37431.5309-0.51582.1672-0.1630.1004-0.1161-0.22530.07640.01070.4164-0.00060.08670.0193-0.00140.0285-0.1265-0.0058-0.1313-3.4237-33.678-3.2478
21.0688-0.0410.47181.5175-0.69831.7873-0.0313-0.11360.07830.1096-0.1052-0.03-0.16260.21360.13650.00570.0041-0.01540.02460.0083-0.06515.8375-28.472419.8828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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