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- PDB-4z9m: Crystal structure of human sarcomeric mitochondrial creatine kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9m
タイトルCrystal structure of human sarcomeric mitochondrial creatine kinase
要素Creatine kinase S-type, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


creatine kinase / Creatine metabolism / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / muscle contraction / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1 / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain ...Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1 / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Creatine kinase S-type, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rabeh, W.M. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human sarcomeric mitochondrial creatine kinase
著者: Rabeh, W.M. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2015年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年4月22日ID: 2GL6
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Creatine kinase S-type, mitochondrial
B: Creatine kinase S-type, mitochondrial
C: Creatine kinase S-type, mitochondrial
D: Creatine kinase S-type, mitochondrial
E: Creatine kinase S-type, mitochondrial
F: Creatine kinase S-type, mitochondrial
G: Creatine kinase S-type, mitochondrial
H: Creatine kinase S-type, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,91387
ポリマ－357,4968
非ポリマー3,41879
水15,295849
1
A: Creatine kinase S-type, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1149
ポリマ－44,6871
非ポリマー4278
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Creatine kinase S-type, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1148
ポリマ－44,6871
非ポリマー4277
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Creatine kinase S-type, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1148
ポリマ－44,6871
非ポリマー4277
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Creatine kinase S-type, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,11410
ポリマ－44,6871
非ポリマー4279
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Creatine kinase S-type, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,11417
ポリマ－44,6871
非ポリマー42716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Creatine kinase S-type, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,11413
ポリマ－44,6871
非ポリマー42712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Creatine kinase S-type, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1147
ポリマ－44,6871
非ポリマー4276
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Creatine kinase S-type, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,11415
ポリマ－44,6871
非ポリマー42714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.057, 106.058, 114.932
Angle α, β, γ (deg.)70.120, 84.570, 68.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Authors have indicated that the extent of the biological unit was not examined in this experiment.

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要素

#1: タンパク質
Creatine kinase S-type, mitochondrial / Basic-type mitochondrial creatine kinase / Mib-CK / Sarcomeric mitochondrial creatine kinase / S-MtCK


分子量: 44686.938 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 27-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKMT2 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE-3)-RIL / 参照: UniProt: P17540, creatine kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 71 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 17% PEG-3350, 10mM DTT, 0.2M diammonium citrate, 0.1M Bis-TRIS, protein buffer also contained magnesium chloride, creatine, ADP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.09 Å / Num. obs: 247985 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 494536
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2-2.0320.897124658123460.3180.89495.5
10.95-49.091.90.01936273514350.9980.01990.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化開始モデル: 2GL6

2gl6
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.184 / FOM work R set: 0.8007 / SU B: 5.59 / SU ML: 0.142 / SU R Cruickshank DPI: 0.1937 / SU Rfree: 0.1689 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: MOLREP had previously been used for molecular replacement with coordinates from PDB entry 1CRK, and ARP/WARP for solvent picking. Whereas PDB entry 2GL6 was refined against merged data ...詳細: MOLREP had previously been used for molecular replacement with coordinates from PDB entry 1CRK, and ARP/WARP for solvent picking. Whereas PDB entry 2GL6 was refined against merged data collected on two crystals, the current model was refined against data from only one of these crystals.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 4357 2 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.2023 209937 --
obs0.203 214294 95.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.2 Å2 / Biso mean: 38.291 Å2 / Biso min: 7.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20.37 Å2-0.84 Å2
2---0.14 Å2-0.49 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21843 0 306 849 22998
Biso mean--41.36 35.17 -
残基数----2818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01922843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0221173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.97131068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.903348535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.74952850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67323.0951076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.095153723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.36915229
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.23399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02125982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.493.84211309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.493.84211308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8295.74314119
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 347 -
Rwork0.292 15560 -
all-15907 -
obs--95.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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