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- PDB-4z9a: Crystal structure of Low Molecular Weight Protein Tyrosine Phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9a
タイトルCrystal structure of Low Molecular Weight Protein Tyrosine Phosphatase isoform A complexed with phenylmethanesulfonic acid
要素Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
キーワードHYDROLASE / Protein Tyrosine Phosphatase / protein-ligand complex / phenylmethanesulfonic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / sarcolemma / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight, mammalian / Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
phenylmethanesulfonic acid / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Trivella, D.B.B. / Fonseca, E.M.B. / Scorsato, V. / Dias, M.P. / Aparicio, R.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2009/51602-5 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2010/17544-5 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/15792-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/03054-9 ブラジル
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of the apo form and a complex of human LMW-PTP with a phosphonic acid provide new evidence of a secondary site potentially related to the anchorage of natural substrates.
著者: Fonseca, E.M. / Trivella, D.B. / Scorsato, V. / Dias, M.P. / Bazzo, N.L. / Mandapati, K.R. / de Oliveira, F.L. / Ferreira-Halder, C.V. / Pilli, R.A. / Miranda, P.C. / Aparicio, R.
履歴
登録2015年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2125
ポリマ－18,7551
非ポリマー4564
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.750, 55.230, 97.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / LMW-PTPase / Adipocyte acid phosphatase / Low molecular weight cytosolic acid phosphatase / Red ...LMW-PTPase / Adipocyte acid phosphatase / Low molecular weight cytosolic acid phosphatase / Red cell acid phosphatase 1


分子量: 18755.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: P24666, protein-tyrosine-phosphatase, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% (w/v) PEG 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.2 M MES buffer pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.6 Å / Num. obs: 10699 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAVersion 3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5PNT

5pnt


解像度: 2.1→28.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.831 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23511 796 7.5 %RANDOM
Rwork0.17909 ---
obs0.1832 9846 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.696 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å2-0 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→28.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 0 27 88 1345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.9741748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87332782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4485157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.88823.69265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88115229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3171512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3043.11619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2583.103618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2884.642773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2944.65774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8133.505675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8123.507676
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2045.151974
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.41325.7681516
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.41125.7831517
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 69 -
Rwork0.267 682 -
obs--97.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.0116 Å / Origin y: 4.9277 Å / Origin z: 11.3402 Å
111213212223313233
T0.0982 Å20.046 Å2-0.0408 Å2-0.0775 Å2-0.0409 Å2--0.0378 Å2
L0.8448 °20.4947 °2-0.0151 °2-0.2997 °2-0.0172 °2--1.6205 °2
S0.1052 Å °0.0565 Å °0.0006 Å °0.0632 Å °0.0619 Å °-0.0127 Å °0.3014 Å °0.0488 Å °-0.1671 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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