PDB-4z84: PKAB3 in complex with pyrrolidine inhibitor 34a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z84

タイトル

PKAB3 in complex with pyrrolidine inhibitor 34a

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / protein kinase / structure-guided

機能・相同性

機能・相同性情報

CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus / cellular response to cold / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / Mitochondrial protein degradation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / plasma membrane raft / axoneme / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / peptidyl-serine phosphorylation / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.554 Å

データ登録者

Lund, B.A. / Alam, K.A. / Engh, R.A.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2016
タイトル: Addressing the Glycine-Rich Loop of Protein Kinases by a Multi-Facetted Interaction Network: Inhibition of PKA and a PKB Mimic.
著者: Lauber, B.S. / Hardegger, L.A. / Asraful, A.K. / Lund, B.A. / Dumele, O. / Harder, M. / Kuhn, B. / Engh, R.A. / Diederich, F.

履歴

登録	2015年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z84.cif.gz	276.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z84.ent.gz	185.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z84	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4uj1C 4uj2C 4uj9C 4ujaC 4ujbC 4z83C 1q61S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c1a-d 1xh6-d 4c38-d 3p0m-d 4c36-d 3ovv-d 4iad-d 3zo4-d 4o21-d 3owp-d 4ib1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (8)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (7)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

I: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

ヘテロ分子

43.5 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.852, 78.431, 79.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 40828.645 Da / 分子数: 1 / 変異: V123A, L173M, Q181K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00517, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925
#3: 化合物	ChemComp-NVX / 7-[(3S,4R)-4-(3-chlorophenyl)carbonylpyrrolidin-3-yl]-3H-quinazolin-4-one 分子量: 353.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₆ClN₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル分子量: 32.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: The droplets, containing 16 mg/ml protein 25 mM Bis-Tris-HCl, pH 7.0, 150 mM KCl, 1.5mM octanoyl-N-methylglucamide, 0.8 mM PKI peptide and 1mM of the pyrrolidine inhibitor 34a, were ...詳細: The droplets, containing 16 mg/ml protein 25 mM Bis-Tris-HCl, pH 7.0, 150 mM KCl, 1.5mM octanoyl-N-methylglucamide, 0.8 mM PKI peptide and 1mM of the pyrrolidine inhibitor 34a, were equilibrated against 12-26 % (v/v) methanol.

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The droplets, containing 16 mg/ml protein 25 mM Bis-Tris-HCl, pH 7.0, 150 mM KCl, 1.5mM octanoyl-N-methylglucamide, 0.8 mM PKI peptide and 1mM of the pyrrolidine inhibitor 34a, were ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.554→19.608 Å / Num. obs: 51501 / % possible obs: 91.46 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.7097396792 Å² / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 5.94
反射シェル	解像度: 1.5543→1.5931 Å / Num. unique all: 1855 / % possible all: 0.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
XDS	January 10, 2014	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q61

1q61

解像度: 1.554→19.60775 Å / SU ML: 0.230540808892 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33870116593 / 位相誤差: 29.1829155833

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23429993529	1985	3.85429409138 %
R_work	0.208221335319	49516	-
obs	0.209273093362	51501	91.4581520484 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.9211444025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.554→19.60775 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2863	0	29	457	3349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00996529345428	3000
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.10137785018	4068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0447435485971	433
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00591263473264	541
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.622858442	1101

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5543-1.5931	0.389421305699	71	0.385811616652	1855	X-RAY DIFFRACTION	48.5016368673
1.5931-1.6362	0.357809797233	97	0.361978558171	2618	X-RAY DIFFRACTION	68.4051398337
1.6362-1.6843	0.350382789652	120	0.32902803778	3027	X-RAY DIFFRACTION	79.7920892495
1.6843-1.7387	0.336244649954	139	0.312017899438	3410	X-RAY DIFFRACTION	89.0142964635
1.7387-1.8008	0.271907001145	151	0.28378831841	3751	X-RAY DIFFRACTION	98.212937327
1.8008-1.8728	0.309293530706	148	0.271136116831	3849	X-RAY DIFFRACTION	99.9000249938
1.8728-1.958	0.315748981989	159	0.270127400136	3776	X-RAY DIFFRACTION	98.4981226533
1.958-2.0611	0.234629848454	151	0.225488253052	3844	X-RAY DIFFRACTION	99.8500374906
2.0611-2.1901	0.249127317403	156	0.213775358154	3842	X-RAY DIFFRACTION	99.6510468594
2.1901-2.3589	0.276612625633	153	0.212455113601	3809	X-RAY DIFFRACTION	99.4228356336
2.3589-2.5958	0.240115902089	159	0.203118353511	3886	X-RAY DIFFRACTION	99.7533908755
2.5958-2.9703	0.233219418472	156	0.200697450844	3874	X-RAY DIFFRACTION	99.4325191216
2.9703-3.738	0.193021514363	159	0.179980107711	3910	X-RAY DIFFRACTION	99.2197025116
3.738-19.6093	0.187286418752	166	0.164158389181	4065	X-RAY DIFFRACTION	99.2959399202

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.82492185647	-0.101398841054	0.131552926043	0.590113939195	-0.0455249887335	0.344219936294	0.0236391508508	0.0671732332489	-0.0335043331367	-0.122028271662	0.0720184762766	-0.318634370039	0.342460520543	-0.0806483073064	0.0868296297494	0.278711098775	-0.0079082122489	-0.0543135681248	0.259481180724	-0.0847832561533	0.272241887986	-17.7054208921	-21.4025743625	1.81797999344
2	0.250304243638	-0.0905873217616	0.175495297424	0.305951570898	0.0958967127921	0.214110508438	-0.0395077475594	-0.12566384284	-0.0785303756946	0.0649107433307	-0.097201658481	0.124098867966	0.0937611328298	-0.219773958252	1.50443952934E-5	0.244371888577	-0.100156613179	0.00299054947799	0.377601770559	0.00383681870878	0.28138383225	-36.7426474706	-12.7502969033	16.9252186141
3	0.242740806244	-0.101700067828	0.150094556836	0.0405597103571	-0.0870745874591	0.422600341897	0.130723245025	-0.396755046499	-0.023003730257	0.143117434572	0.0494316866235	0.223373875219	0.22142295494	-0.324396842126	0.0205612391931	0.222066859956	-0.0709958004221	0.00891527806742	0.383827833561	0.00792109644794	0.262470754336	-35.7987275367	-10.8955563732	18.8695597334
4	0.47544638818	0.358141319252	0.0083809304868	0.37953238139	0.0102448163881	0.000882185790129	0.024707379975	0.0229180053306	0.086323536269	-0.0649533585272	0.0167022944213	0.0753803542335	0.105022465793	-0.139635241508	-7.47546936443E-5	0.188626243464	-0.00716272778073	-0.0142322662217	0.163177365844	-0.00873948502134	0.179221917721	-26.9800860185	-11.5243683875	9.24843421067
5	0.3915580651	-0.00649292237311	0.206452392222	0.445965288597	0.283943088596	0.305347942507	0.0493667458869	-0.0986989458578	-0.0817096282797	0.0773942099936	0.0224892703283	0.0327280896241	0.161300416753	-0.109940715341	0.00146457041588	0.188759511771	-0.00442737540576	-0.00406260902494	0.177593333567	0.0152566689385	0.138180294344	-16.9036288918	-12.1136233701	19.900760125
6	0.422604371716	-0.0401386971307	0.1908724115	0.102323204815	0.0744903381482	0.143121198743	-0.0328368830042	0.0959330031308	0.0763483322563	-0.0335743408569	0.0229854564796	-0.0251779471173	-0.0424261375883	0.0469865543561	-1.6583949711E-5	0.168963142921	-0.00412607703519	-0.000235306717475	0.143828506157	0.0081954155612	0.144604002768	-12.4823467957	-2.45379835867	11.4452360554
7	0.551925441583	0.216334458597	0.369895166673	0.352446942262	0.00620262426532	0.30747926038	-0.0433378348251	-0.047310789772	0.0749988007959	0.0887697653965	-0.0375662471668	-0.175910091405	-0.143427534615	0.182339243755	-0.000626879532557	0.191422791688	0.0104145532128	-0.0129582889222	0.179057345045	-0.00142486456689	0.1945800548	-1.65938753677	1.94091674643	21.9560528717
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11	0.0300893039954	-0.0344687818904	0.0522200676343	0.108601234986	-0.0416366419914	0.0906360760196	0.080894954749	0.183396452743	0.136383493944	0.0149185587193	-0.131399482692	0.154543034916	0.0645749247859	-0.156780335281	1.18419221814E-5	0.206716271393	0.00924770318198	0.00135724217938	0.250057549263	-0.022238605884	0.192661625567	-18.4702158694	3.90892964213	23.2268281225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 111 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 112 through 179 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 180 through 233 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 234 through 272 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 273 through 317 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 318 through 350 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'I' and (resid 65 through 73 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'I' and (resid 123 through 329 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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