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- PDB-4z80: Crystal structure of Toxoplasma gondii AMA4 DI-DII-EGF1 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z80
タイトルCrystal structure of Toxoplasma gondii AMA4 DI-DII-EGF1 in complex with a 33 aa TgRON2L1 peptide
要素
  • Cytoadherence-linked asexual protein
  • EGF family domain-containing protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Apicomplexa / invasion / moving junction / parasite / PAN domain
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion of symbiont to microvasculature / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytoadherence-linked asexual protein / Cytoadherence-linked asexual protein / : / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / EGF-like domain, extracellular ...Cytoadherence-linked asexual protein / Cytoadherence-linked asexual protein / : / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytoadherence-linked asexual protein / EGF family domain-containing protein / EGF family domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Parker, M.L. / Boulanger, M.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP82915 カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Dissecting the interface between apicomplexan parasite and host cell: Insights from a divergent AMA-RON2 pair.
著者: Parker, M.L. / Penarete-Vargas, D.M. / Hamilton, P.T. / Guerin, A. / Dubey, J.P. / Perlman, S.J. / Spano, F. / Lebrun, M. / Boulanger, M.J.
履歴
登録2015年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EGF family domain-containing protein
C: Cytoadherence-linked asexual protein
B: EGF family domain-containing protein
D: Cytoadherence-linked asexual protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,46212
ポリマ－118,5854
非ポリマー8788
水24,5181361
1
A: EGF family domain-containing protein
C: Cytoadherence-linked asexual protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8578
ポリマ－59,2922
非ポリマー5646
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
2
B: EGF family domain-containing protein
D: Cytoadherence-linked asexual protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6064
ポリマ－59,2922
非ポリマー3132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
3
A: EGF family domain-containing protein
C: Cytoadherence-linked asexual protein
ヘテロ分子

B: EGF family domain-containing protein
D: Cytoadherence-linked asexual protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,46212
ポリマ－118,5854
非ポリマー8788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_565y,-x+y+1,z+1/61
Buried area8910 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area36310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.560, 120.560, 141.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質 EGF family domain-containing protein


分子量: 55659.262 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 58-553 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGVEG_294330 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: V4YLU4, UniProt: S7UIL3*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Cytoadherence-linked asexual protein


分子量: 3633.070 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1292-1324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGVEG_294400 / プラスミド: pET32a / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6KQU6
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1368分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→37.18 Å / Num. all: 175481 / Num. obs: 175481 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.53→37.178 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1715 8827 5.03 %random selection
Rwork0.1527 ---
obs0.1537 175406 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→37.178 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7636 0 53 1361 9050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08310748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3042877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.54640.25343040.21795497X-RAY DIFFRACTION99
1.5464-1.56460.24283230.21235503X-RAY DIFFRACTION100
1.5646-1.58370.22752880.1995509X-RAY DIFFRACTION100
1.5837-1.60370.21663040.18945543X-RAY DIFFRACTION100
1.6037-1.62480.22692990.19325549X-RAY DIFFRACTION100
1.6248-1.64710.22862820.19125574X-RAY DIFFRACTION100
1.6471-1.67060.21373060.18365512X-RAY DIFFRACTION100
1.6706-1.69550.20272740.17955559X-RAY DIFFRACTION100
1.6955-1.7220.22212840.17635571X-RAY DIFFRACTION100
1.722-1.75030.20372820.17655558X-RAY DIFFRACTION100
1.7503-1.78040.20393000.17385524X-RAY DIFFRACTION100
1.7804-1.81280.19692850.1715541X-RAY DIFFRACTION100
1.8128-1.84770.20242900.17185582X-RAY DIFFRACTION100
1.8477-1.88540.19662900.16635565X-RAY DIFFRACTION100
1.8854-1.92640.17962740.15985547X-RAY DIFFRACTION100
1.9264-1.97120.18442600.16045629X-RAY DIFFRACTION100
1.9712-2.02050.18573350.15765473X-RAY DIFFRACTION100
2.0205-2.07510.17532800.15825566X-RAY DIFFRACTION100
2.0751-2.13620.17462750.15825578X-RAY DIFFRACTION100
2.1362-2.20510.18913020.15325525X-RAY DIFFRACTION100
2.2051-2.28390.17092980.14995576X-RAY DIFFRACTION100
2.2839-2.37530.15252940.14215551X-RAY DIFFRACTION100
2.3753-2.48340.17033150.14475547X-RAY DIFFRACTION100
2.4834-2.61430.15392860.14085589X-RAY DIFFRACTION100
2.6143-2.77810.172930.1445566X-RAY DIFFRACTION100
2.7781-2.99250.16522870.14655549X-RAY DIFFRACTION100
2.9925-3.29350.16213330.14495534X-RAY DIFFRACTION100
3.2935-3.76960.14452880.13675604X-RAY DIFFRACTION100
3.7696-4.74780.12552920.12085598X-RAY DIFFRACTION100
4.7478-37.18860.17123040.15995560X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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