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- PDB-4z7k: Crystal structure of CRISPR RNA processing endoribonuclease Cas6b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z7k
タイトルCrystal structure of CRISPR RNA processing endoribonuclease Cas6b
要素
  • Cas6b
  • RNA/DNA Hybrid (31-MER)
キーワードHydrolase/RNA/DNA / Cas6 / endoribonuclease / CRISPR RNA / Hydrolase-RNA-DNA complex
機能・相同性Cas6b, C-terminal domain / Cas6b N-terminal / Cas6b C-terminal domain / Cas6b N-terminal domain / identical protein binding / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / DNA repair protein
機能・相同性情報
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM099604 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: A Non-Stem-Loop CRISPR RNA Is Processed by Dual Binding Cas6.
著者: Shao, Y. / Richter, H. / Sun, S. / Sharma, K. / Urlaub, H. / Randau, L. / Li, H.
履歴
登録2015年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _entity.src_method
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cas6b
A: Cas6b
C: RNA/DNA Hybrid (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0613
ポリマ－61,0613
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.122, 92.122, 96.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Cas6b


分子量: 25555.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (strain C5 / ATCC BAA-1333) (古細菌)
株: C5 / ATCC BAA-1333 / 遺伝子: MmarC5_0767 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4FXZ3
#2: DNA/RNAハイブリッド RNA/DNA Hybrid (31-MER)


分子量: 9950.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Methanococcus maripaludis (古細菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.32 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM KCl, 10mM MgCl2, 50mM sodium cacodylate pH 6.5, 12% PEG4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 16169 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 36.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→41.592 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 3320 10.11 %
Rwork0.2239 --
obs0.2294 32843 89.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→41.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 531 0 0 3923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7175563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1851620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.04280.4129570.3535501X-RAY DIFFRACTION36
3.0428-3.08820.3518870.3405718X-RAY DIFFRACTION52
3.0882-3.13650.5011770.3437768X-RAY DIFFRACTION56
3.1365-3.18790.5047970.3427953X-RAY DIFFRACTION67
3.1879-3.24280.31661250.341011X-RAY DIFFRACTION73
3.2428-3.30180.37621190.31981120X-RAY DIFFRACTION82
3.3018-3.36530.34211180.33691215X-RAY DIFFRACTION88
3.3653-3.43390.3961520.31131321X-RAY DIFFRACTION95
3.4339-3.50860.35941470.2791307X-RAY DIFFRACTION96
3.5086-3.59010.35571370.26721399X-RAY DIFFRACTION98
3.5901-3.67990.31491600.29961352X-RAY DIFFRACTION100
3.6799-3.77930.29691560.2731345X-RAY DIFFRACTION100
3.7793-3.89040.39421600.27121376X-RAY DIFFRACTION100
3.8904-4.01590.35571720.26291382X-RAY DIFFRACTION100
4.0159-4.15930.29111520.23811390X-RAY DIFFRACTION100
4.1593-4.32570.26771680.2071376X-RAY DIFFRACTION100
4.3257-4.52230.30281600.19551318X-RAY DIFFRACTION100
4.5223-4.76040.23291680.18831386X-RAY DIFFRACTION100
4.7604-5.05820.22221520.17931386X-RAY DIFFRACTION100
5.0582-5.44790.24751560.19791390X-RAY DIFFRACTION100
5.4479-5.99470.25631340.21811374X-RAY DIFFRACTION100
5.9947-6.85880.30111640.22641359X-RAY DIFFRACTION100
6.8588-8.62870.20791440.20551395X-RAY DIFFRACTION100
8.6287-41.59560.23781580.18221381X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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