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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z6z | |||||||||
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タイトル | Structure of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B.fuscum in complex with 4-sulfonyl catechol at 1.52 Ang resolution | |||||||||
![]() | Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / 2-His-1-carboxylate facial triad / oxygen activation / acid-base catalysis | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Substrate and Oxygen Activation in Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase: Roles of Conserved Active Site Histidine 200. 著者: Kovaleva, E.G. / Rogers, M.S. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 651.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 535.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 98.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4z6lC ![]() 4z6mC ![]() 4z6nC ![]() 4z6oC ![]() 4z6pC ![]() 4z6qC ![]() 4z6rC ![]() 4z6sC ![]() 4z6tC ![]() 4z6uC ![]() 4z6vC ![]() 4z6wC ![]() 3ojtS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41755.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pYZW204 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 1394分子 ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MPO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/4SX.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MPO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/4SX.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-P6G / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CA / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 14% PEG6000, 0.1M calcium chloride, 0.1M MOPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.52→29.72 Å / Num. all: 239601 / Num. obs: 239601 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.068 / Net I/av σ(I): 8.667 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 1094337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3OJT 解像度: 1.52→29.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / WRfactor Rfree: 0.1484 / WRfactor Rwork: 0.1106 / FOM work R set: 0.8895 / SU B: 3.01 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.0666 / SU Rfree: 0.0609 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.43 Å2 / Biso mean: 20.167 Å2 / Biso min: 7.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.52→29.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.52→1.559 Å / Total num. of bins used: 20
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