PDB-4z6k: Alcohol dehydrogenase from the antarctic psychrophile Moraxella s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z6k

タイトル

Alcohol dehydrogenase from the antarctic psychrophile Moraxella sp. TAE 123

要素

Alcohol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cold-adapted enzyme / NAD-dependent alcohol dehydrogenase / Zinc-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

butanol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moraxella sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Papanikolau, Y. / Bouriotis, V. / Petratos, K.

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2020
タイトル: Structure and Dynamics of a Thermostable Alcohol Dehydrogenase from the Antarctic Psychrophile Moraxella sp. TAE123
著者: Petratos, K. / Gessmann, R. / Daskalakis, V. / Papadovasilaki, M. / Papanikolau, Y. / Tsigos, I. / Bouriotis, V.

履歴

登録	2015年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z6k.cif.gz	541.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z6k.ent.gz	450.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z6k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	198 3uko-2 7kcq-d 3m6i-2 6dkh-d 5zw0-1 4w6z-2 5env-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (10) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alcohol dehydrogenase

B: Alcohol dehydrogenase

C: Alcohol dehydrogenase

D: Alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.573, 136.573, 210.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	1 - 339	1 - 339
2	1	LEU	LEU	B	B	1 - 339	1 - 339
1	2	HIS	HIS	A	A	1 - 345	1 - 345
2	2	HIS	HIS	C	C	1 - 345	1 - 345
1	3	LEU	LEU	A	A	1 - 339	1 - 339
2	3	LEU	LEU	D	D	1 - 339	1 - 339
1	4	LEU	LEU	B	B	1 - 339	1 - 339
2	4	LEU	LEU	C	C	1 - 339	1 - 339
1	5	GLU	GLU	B	B	1 - 340	1 - 340
2	5	GLU	GLU	D	D	1 - 340	1 - 340
1	6	LEU	LEU	C	C	1 - 339	1 - 339
2	6	LEU	LEU	D	D	1 - 339	1 - 339

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Alcohol dehydrogenase 分子量: 36691.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moraxella sp. (strain TAE123) (バクテリア) 遺伝子: adh / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GIX7, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: Truncated hexagonal bipyramids
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: reservoir solution: 100 mM Bis-Tris, 2 M ammonium sulphate, 100 mM NaCl, 100 mM imidazole. hanging drop volume 8 microL of protein and reservoir solutions (3:1).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→118.34 Å / Num. obs: 171943 / % possible obs: 96.63 % / 冗長度: 10 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / % possible all: 72.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→118.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 9.198 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23294	8613	5 %	RANDOM
R_work	0.21045	-	-	-
obs	0.21158	163330	96.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.121 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.24 Å²	0.62 Å²	-0 Å²
2-	-	1.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→118.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10148	0	10	995	11153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	10396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.942	1.954	14133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.048	5	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.758	25.245	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.747	15	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.021	11916
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.663	2.725	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.636	2.724	5489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.561	4.576	6860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.565	4.577	6861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.556	3.124	4905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.553	3.122	4903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.895	5.101	7273
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.957	6.978	12626
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.928	6.622	12230

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20796	0.05
1	2	B	20796	0.05
2	1	A	21275	0.03
2	2	C	21275	0.03
3	1	A	20870	0.04
3	2	D	20870	0.04
4	1	B	20746	0.05
4	2	C	20746	0.05
5	1	B	20891	0.05
5	2	D	20891	0.05
6	1	C	20808	0.05
6	2	D	20808	0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.437	453	-
R_work	0.418	8445	-
obs	-	-	72.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3648	0.9067	0.1949	1.8678	0.7291	2.0505	0.0143	-0.1576	0.1532	0.1105	-0.1316	0.0589	-0.334	-0.0896	0.1172	0.4609	-0.1984	-0.1371	0.1261	0.0362	0.3988	-29.819	90.783	39.401
2	4.4058	0.3995	1.088	2.6083	-0.3721	3.8519	-0.0224	0.4094	0.5729	-0.0442	-0.0978	0.2163	-0.8304	-0.2422	0.1201	0.4393	-0.0726	-0.1052	0.3274	0.0519	0.4281	-37.208	91.149	11.068
3	1.7107	1.9878	0.8224	3.1118	2.0903	2.6368	-0.1967	0.215	0.3708	-0.4113	0.0736	0.224	-0.7762	0.0963	0.123	0.5517	-0.2339	-0.1745	0.2328	0.1099	0.4438	-23.239	99.38	30.22
4	1.6527	0.3341	-1.0501	1.1366	0.309	2.4246	-0.0382	0.3037	-0.0761	0.0869	-0.0293	-0.1238	-0.0814	0.0786	0.0675	0.0347	-0.1111	-0.0091	0.5532	-0.1069	0.4049	-29.866	60.56	-13.598
5	2.1415	0.4242	0.3121	3.1206	-1.5322	5.9475	0.0579	0.1405	-0.4432	0.146	-0.2428	-0.578	0.4207	0.7628	0.185	0.1783	-0.1018	-0.0759	0.4057	0.0171	0.527	-19.398	61.933	13.737
6	3.7352	-1.2121	-2.3071	3.2565	2.637	3.1616	-0.0009	-0.0017	-0.1768	0.0036	0.1169	-0.5049	-0.1784	0.5119	-0.1161	0.1011	-0.1433	-0.0432	0.6217	0.0169	0.4405	-17.96	64.179	-8.954
7	2.9057	0.5714	0.5509	1.5748	-0.0625	1.8013	-0.1163	0.2635	0.1151	-0.0872	-0.0153	0.1572	-0.1965	-0.3219	0.1316	0.08	-0.0428	-0.0643	0.6182	-0.1356	0.4099	-63.796	71.399	-7.025
8	3.4342	1.2864	0.1938	3.6355	1.296	4.1079	0.0483	-0.0758	0.4724	0.3954	-0.1816	0.4297	-0.5743	-0.7189	0.1332	0.3103	-0.0068	-0.0073	0.4994	-0.1095	0.4468	-60.369	77.672	21.304
9	4.3529	0.3272	1.5691	0.731	-0.4102	2.0118	-0.182	-0.4179	0.4165	0.1521	0.067	0.2575	-0.2603	-0.6741	0.1149	0.1341	-0.0405	-0.016	0.7582	-0.2024	0.4646	-74.499	69.984	2.371
10	1.8296	0.5076	-0.5426	1.4268	-0.9451	2.916	0.0778	-0.0831	-0.1886	0.2403	-0.1598	-0.0077	0.1785	-0.0838	0.0821	0.4938	-0.2721	-0.0741	0.1521	0.0629	0.4179	-37.24	56.066	46.412
11	2.966	-0.0609	-0.9148	2.0622	0.9513	6.1691	-0.0313	0.2572	-0.6966	0.2108	-0.1474	-0.0835	0.8463	-0.115	0.1788	0.3229	-0.2012	-0.0078	0.2833	-0.0853	0.5187	-43.944	47.891	19.12
12	2.0383	-0.2635	0.4775	4.6077	-2.8704	3.3734	0.0062	0.0402	-0.55	0.0274	0.0352	0.1001	0.5271	-0.4565	-0.0415	0.4884	-0.3204	0.0173	0.2994	-0.0504	0.4909	-46.444	47.523	41.546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	152 - 287
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	288 - 345
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	153 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	287 - 340
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	149 - 287
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	288 - 345
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 148
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	149 - 286
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	287 - 340

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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