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万見
- PDB-4z5c: HipB-O3 21mer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z5c
タイトルHipB-O3 21mer complex
要素
  • Antitoxin HipB
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*A)-3')
キーワードTranscription/DNA / HTH motif / Transcription repressor / HipA sequestering / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin HipB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Min, J. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Molecular mechanism on hipBA gene regulation.
著者: Min, J. / Wang, A. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HipB
B: Antitoxin HipB
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6834
ポリマ－28,6834
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.027, 109.027, 58.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-110-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Antitoxin HipB


分子量: 8060.239 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-74 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: hipB, b1508, JW1501 / Variant: MG1655 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS-T1 / 参照: UniProt: P23873
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3') / Operator 3 of hipBA operon / top strand


分子量: 6462.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*A)-3') / Operator 3 of hipBA operon / bottom strand


分子量: 6099.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.02 M MgCl2, 0.05 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.0, 5% 2-propanol, 0.001 M spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月4日
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14130 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 0.979 / Net I/av σ(I): 22.737 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 90409
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.544.30.6787030.79999.3
2.54-2.595.40.6697080.797100
2.59-2.646.10.6076940.829100
2.64-2.696.30.5827010.84100
2.69-2.756.50.5437060.856100
2.75-2.826.50.4337090.86899.9
2.82-2.896.60.3346880.898100
2.89-2.966.50.3026990.89699.7
2.96-3.056.70.2247140.977100
3.05-3.156.60.166960.95399.6
3.15-3.266.70.0947140.96599.9
3.26-3.396.70.0856881.03199.6
3.39-3.556.70.0737181.02599.3
3.55-3.736.70.0666981.06199.3
3.73-3.976.60.0617131.0899
3.97-4.276.80.0527061.10599
4.27-4.76.70.057091.26898.9
4.7-5.386.70.0487161.00797.8
5.38-6.786.70.0467081.03597.8
6.78-506.40.047421.12795.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4Z52

4z52
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→49.91 Å / FOM work R set: 0.8423 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 1237 10 %
Rwork0.1921 11136 -
obs0.1959 12373 86.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.83 Å2 / Biso mean: 30.25 Å2 / Biso min: 12.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1128 833 0 95 2056
Biso mean---33.56 -
残基数----183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.112977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.527832
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.60010.2519580.227555361139
2.6001-2.71840.27061140.25431122123680
2.7184-2.86170.29041440.26421262140690
2.8617-3.0410.3241420.23821305144793
3.041-3.27570.2581550.20241350150595
3.2757-3.60530.21611530.17591361151497
3.6053-4.12670.20911600.16661387154797
4.1267-5.19840.17581540.15761382153696
5.1984-49.92020.18981570.16941414157195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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