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万見
- PDB-4z58: HipB-O3 20mer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z58
タイトルHipB-O3 20mer complex
要素
  • Antitoxin HipB
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')
キーワードTranscription/DNA / HTH motif / Transcription repressor / HipA sequestering / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin HipB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Min, J. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Molecular mechanism on hipBA gene regulation.
著者: Min, J. / Wang, A. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HipB
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1692
ポリマ－14,1692
非ポリマー00
水1,71195
1
A: Antitoxin HipB
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')

A: Antitoxin HipB
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3384
ポリマ－28,3384
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation13_455y-1/4,x+1/4,-z+1/41
Buried area7050 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.941, 126.941, 126.941
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Antitoxin HipB


分子量: 8060.239 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-74 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: hipB, b1508, JW1501 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS-T1 / 参照: UniProt: P23873
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3') / Operator 3 of hiBA operon


分子量: 6108.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月6日
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 12717 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.012 / Net I/av σ(I): 47.01 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 283883
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5420.90.8496150.7311100
2.54-2.5921.30.7846080.7631100
2.59-2.6421.50.7426220.7661100
2.64-2.6921.80.6596070.8041100
2.69-2.7521.90.5766220.8461100
2.75-2.8222.20.4456260.8891100
2.82-2.8922.40.3826180.9011100
2.89-2.9622.80.316210.9231100
2.96-3.0523.10.2616260.9711100
3.05-3.1523.20.2086281.0361100
3.15-3.2623.10.136161.11100
3.26-3.3923.20.1096331.1821100
3.39-3.5523.10.0836401.1721100
3.55-3.7323.10.0696281.1881100
3.73-3.9723.10.0586291.2111100
3.97-4.2722.90.0466481.1581100
4.27-4.722.70.0416481.2871100
4.7-5.3822.50.046581.055199.8
5.38-6.7822.10.0396760.9991100
6.78-5019.90.0317481.1181100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4Z52

4z52
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→44.88 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8876 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 17.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 1156 10.01 %
Rwork0.1921 10396 -
obs0.1937 11552 91.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.83 Å2 / Biso mean: 23.1269 Å2 / Biso min: 6.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→44.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数565 405 0 95 1065
Biso mean--0 28.12 -
残基数----91
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8221470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.865412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.61090.2591250.23451120124581
2.6109-2.74850.28621300.23371177130785
2.7485-2.92070.24331360.23041229136589
2.9207-3.14610.24231440.21881292143691
3.1461-3.46260.17641450.17861305145092
3.4626-3.96340.18141500.16611347149795
3.9634-4.99240.17621550.16431395155096
4.9924-44.88760.20661710.19091531170298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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