PDB-4z4u: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 37.5mM fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z4u

タイトル

Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 37.5mM fucose

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / fucose / norovirus / protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus GII.10 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid.
著者: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z4u.cif.gz	261.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z4u.ent.gz	209.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z4u_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z4u_full_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示
XML形式データ	4z4u_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	4z4u_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z4rC 4z4sC 4z4tC 4z4vC 4z4wC 4z4yC 4z4zC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bsy-d 4wze-d 3q38-d 4z4v-d 4ops-d 4z4s-d 5lfe-d 3q6q-d 4wzl-d 4z4t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

69.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.317, 78.774, 68.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.520, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LYS	LYS	chain A	A	A	225 - 538	2 - 315
2	SER	SER	chain B	B	B	224 - 538	1 - 315

#1: タンパク質

Capsid protein

分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Norovirus GII.10 (ウイルス) / プラスミド: pMBP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5

#2: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#3: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.984463 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984463 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.885→43.15 Å / Num. obs: 54715 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.07839 / Net I/σ(I): 11.56
反射シェル	解像度: 1.885→1.953 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.6084 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Rejects: 0 / % possible all: 95.03

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.15 Å	43.19 Å
Translation	7.15 Å	43.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.89→43.1 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1985	2736	5 %
R_work	0.1571	51957	-
obs	0.1592	54693	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.04 Å² / B_iso mean: 28.3045 Å² / B_iso min: 10.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.89→43.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4735	0	58	540	5333
B_iso mean	-	-	31.15	35.81	-
残基数	-	-	-	-	620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	6788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.681	1751

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2794	X-RAY DIFFRACTION	5.999	TORSIONAL
1	2	B	2794	X-RAY DIFFRACTION	5.999	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8853-1.9178	0.3157	125	0.2599	2371	2496	91
1.9178-1.9527	0.3078	136	0.2332	2591	2727	99
1.9527-1.9903	0.3106	135	0.2288	2568	2703	99
1.9903-2.0309	0.2478	137	0.2055	2593	2730	100
2.0309-2.075	0.2188	137	0.1938	2609	2746	99
2.075-2.1233	0.2132	137	0.182	2609	2746	99
2.1233-2.1764	0.2447	137	0.1791	2602	2739	99
2.1764-2.2352	0.237	136	0.1773	2579	2715	99
2.2352-2.301	0.1977	137	0.1682	2599	2736	100
2.301-2.3753	0.2216	139	0.1577	2641	2780	100
2.3753-2.4602	0.2179	138	0.1596	2617	2755	100
2.4602-2.5587	0.1945	136	0.1597	2596	2732	99
2.5587-2.6751	0.2094	138	0.1601	2616	2754	99
2.6751-2.8161	0.2216	138	0.1611	2620	2758	100
2.8161-2.9925	0.2107	138	0.1619	2619	2757	99
2.9925-3.2235	0.2108	137	0.1598	2606	2743	99
3.2235-3.5477	0.1829	137	0.1446	2605	2742	99
3.5477-4.0608	0.1762	139	0.1361	2633	2772	99
4.0608-5.1148	0.1363	138	0.1104	2622	2760	99
5.1148-43.2058	0.1493	141	0.141	2661	2802	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6686	-0.1134	-0.2518	1.789	0.7059	2.3448	-0.0011	0.0959	0.0231	-0.18	0.0121	-0.026	-0.0798	0.0308	-0.0069	0.1518	-0.0146	-0.0054	0.1524	0.0054	0.1345	11.0006	4.9783	6.7401
2	1.0771	0.2945	0.1583	1.6822	-0.8835	3.4203	0.0094	-0.0783	0.101	0.1586	0.0424	0.023	-0.3151	-0.1257	-0.0468	0.1889	0.0245	-0.0051	0.1244	-0.0118	0.156	3.5123	14.185	23.3511
3	0.5577	-0.0972	-0.1113	1.3403	-0.331	1.385	-0.0705	0.1555	0.0686	-0.2415	0.1143	0.157	-0.0894	-0.1305	-0.0333	0.159	-0.0214	-0.0306	0.1817	0.0122	0.1369	0.9252	6.8438	6.4965
4	2.4483	0.7377	-0.2162	1.1144	-0.0879	2.9662	-0.0524	0.2163	-0.1922	-0.2593	0.0888	-0.1492	0.1464	0.2901	-0.0429	0.2464	0.0026	0.0401	0.2139	-0.0307	0.1475	15.8427	-2.436	-6.061
5	2.1231	0.7688	0.0299	1.8454	-0.0797	0.815	0.0456	-0.0098	-0.1773	0.018	-0.004	-0.196	0.1044	0.0601	-0.0247	0.1332	0.0128	-0.0153	0.1147	0.0016	0.1333	18.2462	-8.6844	22.4891
6	2.9053	-0.9489	0.6982	1.4939	-0.4136	1.3718	0.0019	-0.1128	-0.2292	0.0735	0.0314	0.072	0.0912	-0.0525	-0.0485	0.1477	-0.0298	-0.0045	0.1025	0.0233	0.132	8.1572	-12.0549	28.07
7	2.1452	0.0132	-0.2108	1.355	0.3822	0.9202	0.021	0.1063	-0.016	-0.1283	0.0736	-0.5021	-0.1186	0.233	-0.0933	0.1481	-0.0199	0.0161	0.2103	-0.0181	0.3025	33.9674	0.6286	22.6095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 294 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 295 through 390 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 391 through 455 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 456 through 538 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 224 through 318 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 319 through 426 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 427 through 538 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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