PDB-4z4t: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 75mM fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z4t

タイトル

Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 75mM fucose

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / fucose / norovirus / protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid.
著者: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z4t.cif.gz	264.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z4t.ent.gz	211.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z4t_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z4t_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	4z4t_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	4z4t_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z4rC 4z4sC 4z4uC 4z4vC 4z4wC 4z4yC 4z4zC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bsy-d 6gw1-d 3q6q-d 3q39-d 4wze-d 4z4z-d 3q6r-d 5hza-d 3q38-d 4z4s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.749, 78.850, 68.642
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.430, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LYS	LYS	chain A	A	A	225 - 538	2 - 315
2	SER	SER	chain B	B	B	224 - 538	1 - 315

#1: タンパク質

Capsid protein / GII.10 norovirus capsid protruding domain

分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Norwalk virus (ノロウイルス) / プラスミド: pMBP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5

#2: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#3: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

#4: 化合物

ChemComp-NO3 / NITRATE ION

分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.984463 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984463 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.798→43.42 Å / Num. obs: 63508 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.04431 / Net I/σ(I): 18.25
反射シェル	解像度: 1.798→1.863 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.1871 / Mean I/σ(I) obs: 5.97 / Rejects: 0 / % possible all: 96.05

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.12 Å	43.42 Å
Translation	7.12 Å	43.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.8→43.419 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1737	3176	5 %
R_work	0.1478	60307	-
obs	0.1491	63483	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.08 Å² / B_iso mean: 21.4483 Å² / B_iso min: 6.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→43.419 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4743	0	72	696	5511
B_iso mean	-	-	24.47	31.15	-
残基数	-	-	-	-	623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4971
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.141	6812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	778
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	893
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.473	1740

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2766	X-RAY DIFFRACTION	8.253	TORSIONAL
1	2	B	2766	X-RAY DIFFRACTION	8.253	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7984-1.8252	0.2186	128	0.1853	2432	2560	92
1.8252-1.8538	0.1989	136	0.1668	2589	2725	99
1.8538-1.8842	0.1933	138	0.1646	2609	2747	100
1.8842-1.9166	0.2089	140	0.166	2661	2801	100
1.9166-1.9515	0.2183	137	0.1525	2605	2742	100
1.9515-1.989	0.1649	140	0.1506	2653	2793	100
1.989-2.0296	0.1818	139	0.1469	2649	2788	99
2.0296-2.0738	0.2062	138	0.1569	2619	2757	100
2.0738-2.122	0.184	139	0.1532	2641	2780	99
2.122-2.1751	0.2001	138	0.1534	2622	2760	99
2.1751-2.2339	0.2001	138	0.1542	2627	2765	99
2.2339-2.2996	0.1735	136	0.1508	2583	2719	98
2.2996-2.3738	0.1821	138	0.1498	2609	2747	99
2.3738-2.4587	0.1762	138	0.1493	2619	2757	99
2.4587-2.5571	0.1834	138	0.1479	2628	2766	98
2.5571-2.6734	0.2045	137	0.1535	2604	2741	99
2.6734-2.8144	0.1921	139	0.1563	2651	2790	100
2.8144-2.9907	0.1632	142	0.1568	2682	2824	100
2.9907-3.2215	0.1639	138	0.1494	2619	2757	100
3.2215-3.5456	0.188	139	0.1456	2651	2790	100
3.5456-4.0583	0.1528	140	0.1378	2660	2800	99
4.0583-5.1117	0.1332	139	0.1172	2639	2778	98
5.1117-43.4314	0.1405	141	0.1469	2655	2796	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7095	-0.1798	-0.1807	1.4247	0.39	1.87	-0.0082	0.051	0.0488	-0.1044	0.016	-0.0097	-0.1474	0.0487	-0.0069	0.0991	-0.0197	-0.0124	0.0862	0.0092	0.0806	9.2026	8.8328	10.7617
2	1.2682	0.0671	0.0354	1.568	-0.4083	2.2018	-0.015	-0.119	0.1015	0.1957	0.0679	-0.0135	-0.2991	-0.0532	-0.0141	0.1108	0.0132	0.001	0.0723	-0.0092	0.0804	2.7341	11.7401	25.974
3	0.5919	0.0566	-0.2492	1.1141	-0.2378	1.1182	-0.0469	0.175	0.0711	-0.2153	0.0976	0.1411	-0.0641	-0.1574	-0.039	0.1253	-0.0115	-0.029	0.1372	0.0118	0.0932	0.8994	6.4322	6.5846
4	2.0782	0.218	-0.2703	0.6548	-0.0943	2.3835	-0.0837	0.2375	-0.1584	-0.3475	0.0887	-0.1229	0.1084	0.2639	-0.0004	0.2522	-0.0266	0.0494	0.1821	-0.0237	0.1158	15.7973	-2.5884	-6.1445
5	1.8334	0.4916	-0.1353	1.3776	-0.0517	0.6868	0.0057	0.0693	-0.0644	0.0131	0.0133	-0.2398	0.044	0.0998	-0.0153	0.0758	0.0082	-0.0127	0.0907	-0.0012	0.111	22.3601	-6.0223	22.0509
6	1.3782	-0.1618	0.3058	1.2715	-0.0876	0.7781	0.0263	-0.1061	-0.2106	0.0905	0.0262	-0.0156	0.124	-0.0403	-0.0406	0.1127	-0.0129	-0.0136	0.0907	0.0171	0.1	10.9182	-11.077	28.4164
7	2.3602	-0.0994	0.2167	0.935	0.347	2.1997	0.0377	0.1775	0.0066	-0.1095	0.0352	-0.4392	-0.1165	0.271	-0.0426	0.1158	-0.0172	0.0384	0.1641	-0.0171	0.2668	36.6426	0.9168	19.6713

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 327 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 328 through 390 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 391 through 455 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 456 through 538 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 225 through 295 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 296 through 455 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 456 through 538 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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