PDB-4z4s: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 150mM fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z4s

タイトル

Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 150mM fucose

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / fucose / norovirus / protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus GII.10 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid.
著者: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z4s.cif.gz	268.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z4s.ent.gz	214.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z4s_validation.pdf.gz	463.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z4s_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	4z4s_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	4z4s_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z4rC 4z4tC 4z4uC 4z4vC 4z4wC 4z4yC 4z4zC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bsy-d 3q38-d 4z4u-d 4z4v-d 4z4t-d 3q6q-d 3q39-d 4wze-d 3ry8-d 4oox-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

70.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.090, 78.681, 68.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.610, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LYS	LYS	chain A	A	A	225 - 538	2 - 315
2	SER	SER	chain B	B	B	224 - 538	1 - 315

#1: タンパク質

Capsid protein

分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: Protruding domain, UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Norovirus GII.10 (ウイルス) / プラスミド: pMBP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5

#2: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#3: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

#4: 化合物

ChemComp-NO3 / NITRATE ION

分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.984463 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984463 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→43.08 Å / Num. obs: 63903 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.06395 / Net I/σ(I): 13.76
反射シェル	解像度: 1.799→1.863 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.2973 / Mean I/σ(I) obs: 4.06 / Rejects: 0 / % possible all: 97.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.11 Å	43.08 Å
Translation	7.11 Å	43.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.8→43.08 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1821	3193	5 %
R_work	0.1449	60688	-
obs	0.1468	63881	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.22 Å² / B_iso mean: 18.6541 Å² / B_iso min: 5.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→43.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4772	0	80	737	5589
B_iso mean	-	-	17.12	29.45	-
残基数	-	-	-	-	626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	5065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.447	6945
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	788
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	916
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.995	1782

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2822	X-RAY DIFFRACTION	6.947	TORSIONAL
1	2	B	2822	X-RAY DIFFRACTION	6.947	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.799-1.8259	0.252	133	0.1996	2523	2656	95
1.8259-1.8544	0.2509	138	0.1767	2617	2755	99
1.8544-1.8848	0.2047	137	0.1696	2609	2746	99
1.8848-1.9173	0.2288	139	0.1599	2644	2783	99
1.9173-1.9521	0.221	140	0.1596	2645	2785	99
1.9521-1.9897	0.2083	136	0.1616	2597	2733	99
1.9897-2.0303	0.1939	141	0.1525	2667	2808	99
2.0303-2.0745	0.2272	138	0.1577	2627	2765	99
2.0745-2.1227	0.1974	140	0.1438	2655	2795	100
2.1227-2.1758	0.2098	138	0.1436	2634	2772	100
2.1758-2.2346	0.1817	141	0.1451	2667	2808	100
2.2346-2.3004	0.1877	139	0.1426	2647	2786	100
2.3004-2.3746	0.1943	140	0.1394	2653	2793	100
2.3746-2.4595	0.1857	139	0.1438	2646	2785	100
2.4595-2.5579	0.1656	140	0.1439	2649	2789	100
2.5579-2.6743	0.2129	138	0.1429	2626	2764	100
2.6743-2.8153	0.1556	140	0.1484	2662	2802	99
2.8153-2.9917	0.1775	139	0.1528	2651	2790	99
2.9917-3.2226	0.1773	139	0.145	2640	2779	99
3.2226-3.5467	0.166	141	0.1434	2664	2805	99
3.5467-4.0596	0.1647	140	0.1332	2655	2795	99
4.0596-5.1134	0.1519	139	0.1158	2655	2794	98
5.1134-43.094	0.1503	138	0.1439	2655	2793	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5218	-0.2634	-0.2762	1.299	0.4759	1.7705	0.0078	0.0324	0.0393	-0.0315	-0.0043	0.0022	-0.0898	0.055	-0.009	0.0788	-0.0059	-0.0145	0.075	0.0128	0.0852	8.9143	8.888	10.7693
2	2.8384	0.0345	-0.0835	2.2744	0.0153	2.8639	-0.0007	-0.4647	0.1113	0.4603	0.0368	-0.2461	-0.2668	0.2178	-0.0502	0.1664	-0.0016	-0.041	0.1209	-0.008	0.1204	9.635	9.0701	34.9347
3	0.5466	0.0335	-0.1258	0.6879	-0.2128	1.2468	-0.0051	0.0691	0.0706	-0.0499	0.0349	0.0527	-0.1009	-0.0452	-0.0262	0.0687	-0.0007	-0.0056	0.0754	0.0046	0.0842	3.4106	7.7841	11.8718
4	3.3599	1.4416	-0.2825	3.0292	0.2161	2.3222	-0.0661	0.1262	-0.2907	-0.323	0.0278	-0.2427	0.1972	0.2337	0.0366	0.1668	0.0088	0.0123	0.1552	-0.0059	0.0802	14.4912	-4.5681	-7.3248
5	1.5274	0.3173	-0.2994	0.5261	-1.5238	4.7189	-0.0543	0.256	-0.1833	-0.3015	0.0268	-0.1358	0.2428	0.3301	0.0184	0.2459	-0.0231	0.0514	0.1928	-0.0346	0.1112	17.0544	-3.6597	-12.9629
6	1.7185	0.5504	-0.0936	0.9106	-0.0594	0.6668	0.0155	0.0721	-0.006	0.0352	-0.005	-0.0568	0.0461	0.1026	-0.0108	0.071	0.011	-0.0093	0.0797	0.0085	0.0741	22.3296	-6.2747	21.7224
7	1.7794	-0.3176	0.2224	1.0271	-0.0638	0.8614	0.0175	-0.0889	-0.238	0.054	0.0185	0.0847	0.1403	-0.0604	-0.0278	0.107	-0.0197	-0.0064	0.0659	0.0188	0.1061	7.584	-13.6989	27.511
8	1.2698	0.4876	0.2545	0.7369	-0.168	1.2079	0.0257	-0.0632	-0.0015	0.1353	-0.0024	-0.2431	-0.0102	0.1672	-0.0132	0.0795	-0.012	-0.0323	0.0919	0.0023	0.1072	27.0674	-1.1063	31.3525
9	2.6396	-0.0342	-0.0666	1.1781	0.4396	1.9192	0.0111	0.1432	0.1243	-0.048	0.0185	-0.1724	-0.0986	0.1693	-0.0194	0.0728	-0.004	0.002	0.1212	0.013	0.1344	36.6479	0.6849	19.6584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 332 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 333 through 354 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 355 through 472 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 473 through 521 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 522 through 538 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 224 through 295 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 296 through 426 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 427 through 455 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 456 through 538 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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