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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z4b | ||||||||||||||||||||
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タイトル | 2-Pyridyl Hoechst - a New Generation DNA-Binding Radioprotector | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Hoechst | 機能・相同性 | Chem-4L1 / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Wee, J.-Y. / Dobson, R.C.J. / White, J.M. | ![]() ![]() タイトル: 2-Pyridyl Hoechst - a New Generation DNA-Binding Radioprotector 著者: Wee, J.-Y. / Dobson, R.C.J. / White, J.M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 729 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 753.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-4L1 / | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: The hanging drops contained the following constituents (final drop concentrations): DNA 0.63 mM, Ligand 1 0.63 mM, MgCl2 2.1 mM, spermine 1.05 mM, MPD 4.2%. MgCl2 and spermine were made in 30 ...詳細: The hanging drops contained the following constituents (final drop concentrations): DNA 0.63 mM, Ligand 1 0.63 mM, MgCl2 2.1 mM, spermine 1.05 mM, MPD 4.2%. MgCl2 and spermine were made in 30 mM sodium cacodylate buffer at pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9567 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.965→40.8 Å / Num. obs: 8900 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.965→2.01 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 90.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Unpublished model 解像度: 1.9652→34.485 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9652→34.485 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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