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- PDB-4z4a: Avirulence protein 4 (Avr4) from Pseudocercospora fuligena -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z4a
タイトルAvirulence protein 4 (Avr4) from Pseudocercospora fuligena
要素Carbohydrate-binding module family 14 protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Effector protein / Avirulence protein / CBM-14
機能・相同性Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / chitin binding / extracellular region / Carbohydrate-binding module family 14 protein
機能・相同性情報
生物種Pseudocercospora fuligena (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hurlburt, N.K. / Kohler, A.C. / Fisher, A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of CaliforniaRI-091 米国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of an Avr4 Effector Ortholog Offers Insight into Chitin Binding and Recognition by the Cf-4 Receptor.
著者: Kohler, A.C. / Chen, L.H. / Hurlburt, N. / Salvucci, A. / Schwessinger, B. / Fisher, A.J. / Stergiopoulos, I.
履歴
登録2015年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Source and taxonomy
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32016年9月14日Group: Database references
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate-binding module family 14 protein
B: Carbohydrate-binding module family 14 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,77318
ポリマ－26,7802
非ポリマー99316
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.100, 57.100, 126.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-313-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate-binding module family 14 protein


分子量: 13389.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudocercospora fuligena (菌類) / プラスミド: pPic9 / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: M3AZE0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ammonium sulfate (1.6-2.0M), 0.1M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 26958 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→32.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.713 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20993 1362 5.1 %RANDOM
Rwork0.18285 ---
obs0.18422 25549 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1136 0 64 149 1349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.9851684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8593.0132675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9065151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.726.1942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66415181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6962.032598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6922.028597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5613.031745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5593.035746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4912.456640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4912.456640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5443.416924
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.47318.8931494
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.47118.9261495
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 94 -
Rwork0.26 1868 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99040.6192-0.18460.84060.35350.55030.0243-0.07480.09210.162-0.0470.12370.09380.06070.02270.1519-0.08870.02990.079-0.01680.1056-13.067615.11350.5068
21.01360.62020.31020.68480.37411.0179-0.04260.0483-0.02120.08580.02310.04690.14830.20520.01950.0872-0.00530.01220.09250.00040.0663-4.60768.6331-12.6168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2B32 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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