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- PDB-4z40: Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase as isolated -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z40
タイトルActive site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase as isolated
要素
  • Benzoyl-CoA reductase, putative
  • Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / aromatics / Benzoyl-CoA / anaerobic
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S binding domain / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal ...4Fe-4S binding domain / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain superfamily / : / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domains 2 & 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / : / Benzoyl-CoA reductase, putative / Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Weinert, T. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Huwiler, S.G. / Boll, M. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of enzymatic benzene ring reduction.
著者: Weinert, T. / Huwiler, S.G. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Hellwig, P. / Stark, H.J. / Biskup, T. / Weber, S. / Cotelesage, J.J. / George, G.N. / Ermler, U. / Boll, M.
履歴
登録2015年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22015年7月8日Group: Database references
改定 1.32015年7月29日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoyl-CoA reductase, putative
B: Benzoyl-CoA reductase, putative
C: Benzoyl-CoA reductase, putative
D: Benzoyl-CoA reductase, putative
E: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
F: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
G: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
H: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,00148
ポリマ－376,1188
非ポリマー9,88340
水2,504139
1
A: Benzoyl-CoA reductase, putative
D: Benzoyl-CoA reductase, putative
E: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
F: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,00024
ポリマ－188,0594
非ポリマー4,94220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Benzoyl-CoA reductase, putative
C: Benzoyl-CoA reductase, putative
G: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
H: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,00024
ポリマ－188,0594
非ポリマー4,94220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.190, 116.820, 143.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 1:652 )
211chain 'B' and (resseq 1:652 )
311chain 'C' and (resseq 1:652 )
411chain 'D' and (resseq 1:652 )

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Benzoyl-CoA reductase, putative


分子量: 73895.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
遺伝子: bamB-1, Gmet_2087 / 発現宿主: Geobacter metallireducens (バクテリア) / 株 (発現宿主): GS-15 / 参照: UniProt: Q39TV8
#2: タンパク質
Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein


分子量: 20133.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
遺伝子: bamC-1, Gmet_2086 / 発現宿主: Geobacter metallireducens (バクテリア) / 株 (発現宿主): GS-15 / 参照: UniProt: Q39TV9

-
非ポリマー , 7種, 179分子

#3: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#6: 化合物
ChemComp-W / TUNGSTEN ION


分子量: 183.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 8% PEG 4000, 0.2 M LiCl, 2 mM DTT, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.214 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.214 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.502 Å / Num. all: 161382 / Num. obs: 159502 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.66 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 4.63 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 1AOR

1aor


解像度: 2.35→49.502 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 1593 1 %
Rwork0.2123 --
obs0.2125 158727 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25818 0 336 139 26293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95836449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.30110163
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383891
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044688
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B5180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
13C5180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
14D5180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.42590.43251430.416214234X-RAY DIFFRACTION99
2.4259-2.51260.41470.380314276X-RAY DIFFRACTION99
2.5126-2.61310.37951400.350614209X-RAY DIFFRACTION98
2.6131-2.73210.36491450.327114288X-RAY DIFFRACTION99
2.7321-2.87610.30111490.29514349X-RAY DIFFRACTION99
2.8761-3.05630.31721450.271214316X-RAY DIFFRACTION99
3.0563-3.29220.30421450.260514269X-RAY DIFFRACTION99
3.2922-3.62340.2451420.229514289X-RAY DIFFRACTION99
3.6234-4.14750.23391460.194414229X-RAY DIFFRACTION98
4.1475-5.22450.17411440.163314330X-RAY DIFFRACTION98
5.2245-49.51260.17641470.150814345X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50950.1760.24460.2430.13130.46591.1423-0.09891.395-0.3481-0.2843-0.4072-1.2633-0.3759-0.14971.65830.30051.07220.65930.09491.8083-8.511857.86637.2375
20.05320.2271-0.15780.6684-0.49290.37740.69380.98651.1665-1.162-0.28310.0155-0.8602-0.378-0.29462.12220.72160.67011.60850.59861.4861-4.541452.47388.553
30.326-0.1534-0.23970.2668-0.07420.35290.81811.39261.0919-1.1971-0.2909-0.0152-1.5588-1.1808-0.3732.52171.27020.83651.66770.95171.8-16.310361.975313.2567
40.47290.00390.25080.3142-0.18440.15860.80550.45580.7662-0.4334-0.18030.6117-0.8165-1.10330.18881.58911.08170.60141.620.51941.6257-30.535857.285227.3106
52.094-0.4923-0.58411.84680.85151.790.04740.1602-0.0281-0.41120.0526-0.5958-0.24970.0803-0.09340.51350.04320.24880.51360.03060.9347-29.377756.614569.4907
60.7248-0.8263-0.39444.3380.50260.86870.0585-0.5641-0.1151.154-0.194-1.03550.21630.17280.15450.85760.0596-0.14031.02310.10951.1549-28.859547.3341100.7932
70.7152-0.2381-0.10561.78230.67321.165-0.0381-0.2161-0.21710.03130.1377-0.89410.12540.4068-0.07050.43230.03580.02220.68560.04621.1378-19.739554.154289.2895
82.24450.1303-0.71231.8296-0.24362.2963-0.34970.6142-0.72780.0211-0.10890.30370.6285-0.38110.37140.6334-0.1650.26050.8247-0.31981.0586-89.466223.542784.1844
92.48460.6639-1.08160.7519-1.38684.53490.0392-0.2999-0.03050.3612-0.07320.1745-0.48430.28430.01550.589-0.05370.11570.6888-0.11790.726-79.470942.3295101.916
102.73-0.4551-1.11161.8425-0.49082.6626-0.1280.1307-0.30250.46510.04710.5763-0.0593-0.32920.07660.5447-0.09340.20850.7053-0.11780.8594-96.311438.6582102.0636
111.23560.97260.65671.57090.08340.7671-0.14790.3821-0.51830.4348-0.13130.81220.5431-1.10870.21140.7121-0.25020.35881.2882-0.29311.4856-112.575830.584998.2363
122.2410.4351-0.70431.6884-0.13461.9150.1266-0.4799-0.1461-0.1521-0.1042-0.2529-0.00580.4145-0.00930.6192-0.01210.28120.61780.00350.778847.413623.806515.5536
131.6509-0.3924-0.35821.27780.76344.15020.32690.22550.3815-0.3676-0.0696-0.0145-0.8977-0.1595-0.29370.910.06050.38920.57150.04041.015837.392742.09090.0956
142.28640.4887-0.54820.8609-0.26071.29620.2097-0.30670.0821-0.215-0.0984-0.3693-0.16610.4816-0.0930.8312-0.03840.39510.6603-0.02810.939360.023834.67211.04
152.0341-1.0453-0.40151.85920.4481.15240.3741-0.61250.48120.143-0.1738-0.0925-0.57130.3682-0.2320.8841-0.26430.42571.0373-0.21720.939437.078239.644935.6841
163.26950.6845-1.05411.9628-0.14931.34160.5131-0.46180.3030.0609-0.16370.0907-0.62020.2425-0.32480.7164-0.08020.30660.6383-0.07910.787925.326131.011631.0524
171.88742.6464-0.03626.2567-1.76841.16850.7178-0.39350.20660.6104-0.50430.1727-0.35770.0105-0.20930.8223-0.25370.24971.2422-0.11070.90334.472428.169342.2645
182.7024-0.5485-0.98281.17930.12071.5590.4203-0.84690.86520.28570.1401-0.1528-0.85131.0298-0.52191.2229-0.45350.46271.0336-0.38351.17536.937946.593637.402
192.2842-1.4753-1.78663.3504-2.68757.75720.5549-0.1508-0.10870.51790.21510.4564-1.28850.1702-0.691.2281-0.13130.11521.5613-0.03631.14965.784336.451357.0487
201.49520.1192-1.86330.6851-0.35012.38060.19990.0295-0.02990.130.1104-0.11130.055-0.1892-0.21361.29870.11230.21311.43960.0071.12995.683222.335561.1812
213.34010.3346-1.07220.7921-0.36851.82910.7216-0.28090.7051-0.303-0.0376-0.4635-0.65820.3628-0.57220.66680.00230.30030.5044-0.04630.73928.948335.384335.2749
222.301-0.8354-0.00743.81992.16495.50860.2454-0.66310.33660.1121-0.1214-0.37460.15290.9951-0.10320.9303-0.08740.121.5414-0.08611.101712.782926.215654.4924
232.61050.7299-0.50152.3941-0.23942.0754-0.2280.3456-0.4886-0.3773-0.0329-0.33360.2693-0.11430.26530.4550.00390.16450.4737-0.03730.9015-43.247632.455268.6788
243.8650.0379-0.84541.8663-0.29522.72640.00350.5701-0.2849-0.2919-0.1249-0.20560.1835-0.26320.12530.48640.00140.15670.5948-0.0610.6912-51.331137.590467.3219
258.1813-0.6272-0.47715.23441.01784.09130.7418-0.1501-0.2014-0.3436-0.11820.3472-0.4226-0.0259-0.59180.8557-0.05780.14651.323-0.32320.996-61.121420.567459.1283
260.70631.40190.30098.7709-4.11046.4038-0.1180.2081-0.4211-0.075-0.17490.51010.0703-0.07370.25750.7689-0.07640.16871.4635-0.22310.9336-52.471334.829346.9958
272.0135-0.4813-2.93772.54231.45944.51950.25590.8525-0.0549-0.5399-0.24410.1914-0.3433-0.4873-0.03172.3271-0.82140.25391.7004-0.27440.8177-48.160237.144836.0928
283.6509-0.3276-0.62892.6048-0.00521.6802-0.13660.5011-0.4615-0.303-0.0317-0.15310.1632-0.48980.15840.4574-0.10860.11390.8013-0.14640.616-70.068337.651270.6187
293.3282-1.0098-0.79992.07530.49462.71710.10870.93790.0192-0.4083-0.1722-0.0032-0.111-0.63770.02390.5559-0.04950.13650.9472-0.15070.6953-73.254142.232764.0792
304.25280.41630.70083.14710.15214.3062-0.23821.173-0.7413-1.3582-0.0069-0.81240.65670.65450.17711.3147-0.08090.47591.1845-0.24770.9477-44.057433.102744.2972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 233 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 234 through 317 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 318 through 531 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 532 through 652 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 233 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 234 through 278 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 279 through 652 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 233 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 234 through 354 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 355 through 564 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 565 through 652 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 257 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 258 through 349 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 350 through 652 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 6 through 43 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 44 through 104 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 105 through 114 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 115 through 140 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 141 through 163 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 164 through 174 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 7 through 140 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 141 through 176 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 7 through 43 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 44 through 140 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 141 through 150 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 151 through 163 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 164 through 175 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 6 through 94 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 95 through 150 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 151 through 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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