PDB-4z3x: Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z3x

タイトル

Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in complex with 1-Monoenoyl-CoA

要素

Benzoyl-CoA reductase, putative
Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aromatics / reductase / Benzoyl-CoA / anaerobic

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Weinert, T. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Huwiler, S.G. / Boll, M. / Ermler, U.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of enzymatic benzene ring reduction.
著者: Weinert, T. / Huwiler, S.G. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Hellwig, P. / Stark, H.J. / Biskup, T. / Weber, S. / Cotelesage, J.J. / George, G.N. / Ermler, U. / Boll, M.

履歴

登録	2015年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月8日	Group: Database references
改定 1.3	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	4z3wC 4z3yC 4z3zC 4z40C 1aorS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z3z-2 4z40-2 4z3z-1 6rj1-d 5cxk-d 4z40-1 3gwc-d 1bhg-d 4pkc-1 4pkf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
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AMPA受容体 (AMPA Receptor)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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光化学系I (Photosystem I)
類似性 (2)
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カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (2)
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シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Benzoyl-CoA reductase, putative

B: Benzoyl-CoA reductase, putative

C: Benzoyl-CoA reductase, putative

D: Benzoyl-CoA reductase, putative

E: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

F: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

G: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

H: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

ヘテロ分子

390 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Benzoyl-CoA reductase, putative

B: Benzoyl-CoA reductase, putative

E: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

F: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Benzoyl-CoA reductase, putative

D: Benzoyl-CoA reductase, putative

G: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

H: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.767, 116.256, 143.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 1:653 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 1:653 )

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Benzoyl-CoA reductase, putative 分子量: 73895.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア) 遺伝子: bamB-1, Gmet_2087 発現宿主: Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア) 参照: UniProt: Q39TV8
#2: タンパク質	Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein 分子量: 20133.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア) 遺伝子: bamC-1, Gmet_2086 発現宿主: Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア) 参照: UniProt: Q39TV9

-
非ポリマー , 9種, 1195分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン分子量: 395.352 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₆PS₂
#5: 化合物	ChemComp-W / TUNGSTEN ION 分子量: 183.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 化合物	ChemComp-4KX / 1,5 Dienoyl-CoA / Cyclohex-1,5-diene-1-carbonyl-CoA / 1,5-シクロヘキサジエニルカルボニルCoA 分子量: 873.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₂N₇O₁₇P₃S
#10: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8% PEG 4000, 0.2 M LiCl, 2 mM DTT, 0.2 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.25 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→88.071 Å / Num. all: 330481 / Num. obs: 306743 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.6 % / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 5.46
反射シェル	解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 1.384 / Mean I/σ(I) obs: 0.47 / % possible all: 66.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AOR

1aor

解像度: 1.85→88.071 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2327	4087	1.33 %
R_work	0.1856	-	-
obs	0.1862	306311	92.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→88.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25821	0	599	1151	27571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	27288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.676	36937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.99	10422
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	3925
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	4791

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	5171	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5171	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8498-1.8716	0.5308	59	0.5273	4050	X-RAY DIFFRACTION	36
1.8716-1.8944	0.4415	122	0.4685	7060	X-RAY DIFFRACTION	63
1.8944-1.9184	0.4621	101	0.4406	8136	X-RAY DIFFRACTION	73
1.9184-1.9436	0.4743	121	0.3937	8769	X-RAY DIFFRACTION	78
1.9436-1.9702	0.3606	123	0.367	9516	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9702-1.9984	0.3591	135	0.3494	9981	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9984-2.0282	0.3431	146	0.3395	10643	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0282-2.0599	0.3233	137	0.317	11051	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0599-2.0937	0.3335	140	0.2962	11073	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0937-2.1298	0.3448	154	0.2804	11166	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1298-2.1685	0.3096	159	0.2642	11139	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1685-2.2102	0.3142	190	0.2505	11035	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2102-2.2553	0.3266	131	0.236	11207	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2553-2.3044	0.26	155	0.2268	11093	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3044-2.358	0.2587	161	0.2161	11127	X-RAY DIFFRACTION	99
2.358-2.417	0.2973	142	0.2087	11187	X-RAY DIFFRACTION	99
2.417-2.4823	0.2798	156	0.2078	11132	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4823-2.5554	0.247	141	0.1957	11143	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5554-2.6379	0.2817	146	0.1919	11170	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6379-2.7321	0.2322	147	0.193	11115	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7321-2.8415	0.2396	144	0.1952	11093	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8415-2.9709	0.2657	145	0.1999	11169	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9709-3.1275	0.2339	143	0.1941	11110	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1275-3.3235	0.2314	158	0.1864	11031	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3235-3.5801	0.2283	140	0.1722	10946	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5801-3.9404	0.1956	145	0.1478	10979	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9404-4.5105	0.1577	149	0.126	11061	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5105-5.6826	0.1742	143	0.1203	10927	X-RAY DIFFRACTION	96
5.6826-88.1706	0.1665	154	0.1312	11115	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.33	-0.2003	-0.7389	0.9658	0.1873	0.8831	-0.0735	-0.2473	-0.3394	-0.1119	-0.1399	-0.2133	0.208	0.1975	-0.0667	0.4185	0.0389	0.0985	0.2854	0.1146	0.4061	55.7776	16.6893	17.5325
2	1.3998	0.0917	-0.8015	0.9187	0.0085	1.1909	0.1266	0.0418	0.0993	-0.2724	-0.0463	-0.0339	-0.1991	-0.0628	-0.1178	0.4133	0.0196	0.062	0.1691	0.0279	0.2308	41.564	31.1873	9.2426
3	0.6792	0.1976	-0.5381	0.6623	0.0604	0.4783	0.0307	0.5039	0.1696	-1.1197	0.0869	-0.5117	-0.1085	-0.2663	-0.0257	0.9918	0.033	0.0737	0.3417	0.0205	0.0397	42.9726	25.8204	-13.9364
4	1.0501	0.0585	-0.6686	0.6705	-0.4925	0.7619	0.1802	-0.2112	0.1313	-0.2347	-0.1332	-0.3587	-0.2559	0.2543	-0.2649	0.5358	-0.0487	0.1801	0.3062	-0.0079	0.4584	63.8373	40.0994	7.1997
5	1.111	-0.1423	-0.4925	1.1575	-0.6541	1.5447	-0.0284	-0.1656	-0.175	-0.3576	-0.2012	-0.5103	0.0354	0.4109	-0.1359	0.4973	0.0382	0.2435	0.3613	0.0865	0.6578	75.5495	25.0922	2.7385
6	0.8681	-0.0032	0.0255	0.2633	-0.0842	0.6083	0.7302	-0.1002	1.079	-0.3936	-0.2238	-0.2347	-0.7394	-0.3856	0.1035	0.7899	0.1841	0.4676	0.2616	0.0301	0.9565	-8.5761	56.8096	37.6276
7	0.3621	-0.1062	0.3086	0.0302	-0.1202	0.2513	0.4597	0.8157	0.4962	-0.7026	-0.1342	0.0288	-0.2217	-0.1959	0.0417	1.23	0.4055	0.2581	1.0919	0.4248	0.8132	-6.7049	51.3592	5.8674
8	0.002	0.0464	0.0869	0.0273	-0.0127	0.0115	0.6135	0.6579	1.0089	-0.4552	-0.1174	-0.0346	-0.6783	-0.2139	0.3851	1.5708	0.597	0.7844	0.6012	0.8428	1.5221	-5.28	69.0068	14.6348
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精密化 TLSグループ

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10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 232 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 233 through 297 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 298 through 442 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 443 through 481 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 482 through 604 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 605 through 653 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 77 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 78 through 232 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 233 through 297 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 298 through 442 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 443 through 652 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 6 through 57 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 58 through 114 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 115 through 127 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 128 through 148 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 149 through 163 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 164 through 174 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 7 through 54 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 55 through 84 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 85 through 114 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 115 through 140 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 141 through 150 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 151 through 163 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 164 through 176 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 7 through 74 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 75 through 114 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 115 through 127 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 128 through 140 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 141 through 150 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 151 through 163 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 164 through 175 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 6 through 33 )
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 65 through 104 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 105 through 114 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 115 through 127 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 128 through 151 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 152 through 163 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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