PDB-4z3i: Crystal structure of the lectin domain of PapG from E. coli BI47 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z3i

タイトル

Crystal structure of the lectin domain of PapG from E. coli BI47 in spacegroup P21212

要素

PapG, lectin domain

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / UPEC / urinary tract infection / fimbrial adhesin / adhesin / type I pili / PapG / carbohydrate binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.739 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Navarra, G. / Zihlmann, P. / Stangier, K. / Preston, R.C. / Rabbani, S. / Maier, T. / Ernst, B.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Carbohydrate-Lectin Interactions: An Unexpected Contribution to Affinity.
著者: Navarra, G. / Zihlmann, P. / Jakob, R.P. / Stangier, K. / Preston, R.C. / Rabbani, S. / Smiesko, M. / Wagner, B. / Maier, T. / Ernst, B.

履歴

登録	2015年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年7月17日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_site.occupancy / _citation.country ..._atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z3i.cif.gz	133.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z3i.ent.gz	105 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z3eC 4z3fC 4z3gC 4z3hC 4z3jC 18jsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z3g-1 4z3j-2 4z3h-d 4z3j-3 4z3g-2 3l6i-1 4z3j-1 1sj7-2 1j8r-d 1sj7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PapG, lectin domain

22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
MONOMERIC

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.992, 83.981, 45.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- HOH
2	1	A-402- HOH

#1: タンパク質	PapG, lectin domain 分子量: 22755.660 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 20-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: G801_04654, G801_04690 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ADA494 / 参照: UniProt: T7DCJ2, UniProt: A0A182DW20*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10 % PEG10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.739→46.006 Å / Num. all: 40944 / Num. obs: 21919 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.739→1.8 Å / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1938	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 18JS

18js

解像度: 1.739→46.006 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	2059	5.03 %
R_work	0.1579	-	-
obs	0.1598	40944	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.739→46.006 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1613	0	0	254	1867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1670
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.293	2275
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.879	595
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	293

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7388-1.7792	0.3266	98	0.2996	1920	X-RAY DIFFRACTION	72
1.7792-1.8237	0.2709	139	0.2633	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8237-1.873	0.2942	138	0.2334	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.873-1.9281	0.2168	140	0.206	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9281-1.9904	0.2445	136	0.2003	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9904-2.0615	0.2119	136	0.1567	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0615-2.144	0.1903	139	0.153	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.144-2.2416	0.2026	139	0.1572	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2416-2.3598	0.1963	141	0.1529	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3598-2.5076	0.2124	142	0.1535	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5076-2.7012	0.2117	142	0.155	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7012-2.973	0.214	138	0.1512	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.973-3.4031	0.1614	142	0.1459	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4031-4.2871	0.1907	140	0.124	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2871-46.0223	0.1562	149	0.1552	2642	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8971	-0.2087	-0.7868	1.1103	1.0131	3.6921	-0.038	-0.0502	-0.0557	0.0117	0.0011	-0.0359	0.0362	0.2066	-0.0217	0.0875	0.0024	0.0003	0.1051	0.0341	0.149	12.7697	7.8824	13.572
2	2.7248	0.8822	-3.7941	1.6139	-1.091	8.147	0.0601	0.0095	-0.0055	0.1376	-0.042	0.0863	-0.1134	-0.1608	0.0068	0.1503	0.0187	0.0097	0.1449	-0.0126	0.1518	0.3738	19.2281	29.0419
3	2.776	-0.5206	-0.6317	1.1647	0.8144	3.4195	0.1204	0.0618	0.2093	-0.1133	-0.0946	0.089	-0.3777	-0.15	-0.0406	0.1673	0.0201	0.0024	0.1379	0.0173	0.1524	3.533	19.1132	13.0559
4	4.8203	-1.9871	-3.9711	1.7589	1.6802	5.4824	0.1104	0.1284	0.2679	-0.1534	0.0114	-0.17	-0.1543	0.067	-0.1053	0.1611	-0.0042	-0.0085	0.1215	0.0231	0.1711	13.0341	12.7859	5.1267
5	1.2909	-0.0525	-0.7144	0.6829	0.9517	2.6197	-0.1026	-0.0053	-0.0648	-0.0007	0.0683	-0.0701	0.2292	0.47	0.0147	0.1865	0.0492	0.0185	0.2491	0.0588	0.2214	19.2434	2.239	9.9173
6	3.1334	-1.7274	-4.5796	1.5696	2.0029	7.2679	0.2191	-0.0328	0.1226	0.0612	0.0445	0.0126	-0.3704	0.1221	-0.2262	0.21	-0.0147	0.0073	0.182	-0.0234	0.1805	2.4575	23.5418	31.8998
7	0.4661	-0.2755	-0.5431	1.2032	1.1757	1.9411	-0.0402	-0.0212	0.0233	0.1404	-0.0059	0.0183	0.084	0.0779	0.0312	0.1335	-0	0.0025	0.1337	0.0141	0.1375	7.5099	10.7665	18.6027

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 67 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 68 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 111 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 112 through 133 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 134 through 146 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 147 through 196 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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