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- PDB-4z3g: Crystal structure of the lectin domain of PapG from E. coli BI47 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z3g
タイトルCrystal structure of the lectin domain of PapG from E. coli BI47 in complex with 4-methoxyphenyl beta-D-galabiose in space group P212121
要素PapG, lectin domain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / UPEC / urinary tract infection / fimbrial adhesin / adhesin / type I pili / PapG / carbohydrate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial adhesin receptor binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain superfamily / PapG carbohydrate binding domain / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-methoxyphenol / PapG, lectin domain / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Navarra, G. / Zihlmann, P. / Stangier, K. / Preston, R.C. / Rabbani, S. / Maier, T. / Ernst, B.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Carbohydrate-Lectin Interactions: An Unexpected Contribution to Affinity.
著者: Navarra, G. / Zihlmann, P. / Jakob, R.P. / Stangier, K. / Preston, R.C. / Rabbani, S. / Smiesko, M. / Wagner, B. / Maier, T. / Ernst, B.
履歴
登録2015年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PapG, lectin domain
B: PapG, lectin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8358
ポリマ－45,5112
非ポリマー1,3236
水10,287571
1
A: PapG, lectin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4174
ポリマ－22,7561
非ポリマー6623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PapG, lectin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4174
ポリマ－22,7561
非ポリマー6623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.270, 72.610, 94.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PapG, lectin domain


分子量: 22755.660 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 20-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 4-5674999 / 遺伝子: G801_04654, G801_04690 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ADA494 / 参照: UniProt: T7DCJ2, UniProt: A0A182DW20*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-4KS / 4-methoxyphenol / 4-メトキシフェノ-ル


分子量: 124.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H8O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 % / 解説: plate like
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10 % PEG 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97618 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97618 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→57.66 Å / Num. obs: 69025 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 22.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1j8s

1j8s


解像度: 1.45→57.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9625 / SU R Cruickshank DPI: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.069 / SU Rfree Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.065
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1887 3494 5.06 %RANDOM
Rwork0.1688 ---
obs0.1698 69025 99.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5877 Å20 Å20 Å2
2---1.6832 Å20 Å2
3---1.0955 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.189 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→57.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6385 0 86 571 7042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086669HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0311994HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1428SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes80HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes976HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6669HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion439SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7431SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2726 229 4.94 %
Rwork0.2537 4407 -
all0.2547 4636 -
obs--99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1742-0.21090.17550.2924-0.17120.8818-0.003-0.00650.05250.0096-0.0214-0.0617-0.03780.07470.0245-0.064-0.0021-0.0038-0.0620.0036-0.02043.4039-9.0695-7.4955
20.2020.40070.72150.61090.75821.7855-0.0517-0.00930.0806-0.0206-0.0810.1142-0.0324-0.08990.1327-0.0804-0.00290.0021-0.0658-0.0114-0.0088-4.737927.16135.8897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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