PDB-4z3f: Crystal structure of the lectin domain of PapG from E. coli BI47 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z3f

タイトル

Crystal structure of the lectin domain of PapG from E. coli BI47 in complex with SSEA4 in space group P21

要素

PapG, lectin domain

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / UPEC / urinary tract infection / fimbrial adhesin / adhesin / type I pili / PapG / carbohydrate binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Navarra, G. / Zihlmann, P. / Stangier, K. / Preston, R.C. / Rabbani, S. / Maier, T. / Ernst, B.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Carbohydrate-Lectin Interactions: An Unexpected Contribution to Affinity.
著者: Navarra, G. / Zihlmann, P. / Jakob, R.P. / Stangier, K. / Preston, R.C. / Rabbani, S. / Smiesko, M. / Wagner, B. / Maier, T. / Ernst, B.

履歴

登録	2015年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z3f.cif.gz	103.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z3f.ent.gz	75.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z3f_validation.pdf.gz	843.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z3f_full_validation.pdf.gz	846.1 KB	表示
XML形式データ	4z3f_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	4z3f_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z3eC 4z3gC 4z3hC 4z3iC 4z3jC 1j8sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o8g-d 6w92-d 4q3g-2 1up1-d 4q3g-1 6jle-d 4q3i-2 5mik-d 5nj0-d 6ho9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PapG, lectin domain

ヘテロ分子

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.110, 53.380, 48.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

PapG, lectin domain

分子量: 22755.660 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 20-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: G801_04654, G801_04690 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ADA494 / 参照: UniProt: T7DCJ2, UniProt: A0A182DW20*PLUS

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1161.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-3DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3-4-2-5/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 % / 解説: plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.15 M Zn acetate, 0.0 5M ZnCl2, 0.1MTris pH 7.5, 13% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→44.86 Å / Num. obs: 21418 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 1.408 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1j8s

1j8s

解像度: 1.8→44.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9231 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9238 / SU R Cruickshank DPI: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU R_free Blow DPI: 0.122 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.12

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2252	1101	5.14 %	RANDOM
R_work	0.2005	-	-	-
obs	0.2018	21418	99.57 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.8878 Å²	0 Å²	-6.1621 Å²
2-	-	5.8937 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0058 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.247 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→44.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1620	0	81	192	1893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	1754	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	2392	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		597	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		40	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		246	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1754	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.7
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.67
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		235	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1967	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.89 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	150	5.42 %
R_work	0.2493	2618	-
all	0.2512	2768	-
obs	-	-	99.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 45.372 Å / Origin y: 9.6547 Å / Origin z: 12.3977 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0495 Å²	-0.0024 Å²	0.0417 Å²	-	-0.0653 Å²	0.0026 Å²	-	-	-0.0156 Å²
L	0.3082 °²	-0.1165 °²	-0.1781 °²	-	0.5858 °²	0.3035 °²	-	-	1.044 °²
S	-0.0112 Å °	0.0058 Å °	-0.0001 Å °	0.0184 Å °	0.0165 Å °	-0.0103 Å °	0.0083 Å °	0.0397 Å °	-0.0053 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|-1 - A|204 }

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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