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- PDB-4z38: Crystal structure of enoyl reductase domain of MlnA from the macr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z38
タイトルCrystal structure of enoyl reductase domain of MlnA from the macrolactin biosynthesis cluster from Bacillus amyloliquefaciens
要素MlnA
キーワードTRANSFERASE / polyketide / pks / enoyl reductase / trans-AT PKS / AT-less / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PfaD family protein / : / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, inserted helical domain / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Martin, S.F. / Herbst, D.A. / Maier, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structural organization of trans-AT polyketide synthases: ketoacyl synthase and trans-acting enoyl reductase
著者: Martin, S.F. / Jakob, R.P. / Herbst, D.A. / Maier, T.
履歴
登録2015年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MlnA
B: MlnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0584
ポリマ－106,1452
非ポリマー9132
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area36920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.170, 104.670, 216.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MlnA


分子量: 53072.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum (strain DSM 23117 / BGSC 10A6 / FZB42) (バクテリア)
株: DSM 23117 / BGSC 10A6 / FZB42 / 遺伝子: mlnA, RBAM_014330 / プラスミド: pNIC28a-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pRIL / 参照: UniProt: A7Z470
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15 % PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→108.05 Å / Num. obs: 23587 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 95.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z6J

2z6j


解像度: 2.8→108.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.396
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 1213 5.14 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.2469 23587 99.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 120.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3817 Å20 Å20 Å2
2---30.5483 Å20 Å2
3---25.1666 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.849 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→108.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13968 0 62 113 14143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00814205HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg125681HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3169SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2108HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14205HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion924SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15053SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3396 145 5.14 %
Rwork0.3038 2677 -
all0.3058 2822 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

T12: 0.152 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7191-1.4373-1.55930.56160.28272.48970.00950.27990.2273-0.0647-0.0895-0.2140.54420.54420.0799-0.2304-0.09790.304-0.1372-0.304-22.6118-15.559915.3598
24.6695-0.1441-1.43991.1531.49635.96990.19970.37960.5442-0.17780.1448-0.0213-0.4586-0.5442-0.3445-0.3040.0594-0.26810.152-0.2514-48.03720.849434.9605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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