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- PDB-4z2a: Crystal structure of unglycosylated apo human furin @1.89A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z2a
タイトルCrystal structure of unglycosylated apo human furin @1.89A
要素Furin
キーワードHYDROLASE / unglycosylated / apo / serine proteinase
機能・相同性
機能・相同性情報


furin / nerve growth factor production / dibasic protein processing / plasma lipoprotein particle remodeling / NGF processing / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / regulation of cholesterol transport / signal peptide processing / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process ...furin / nerve growth factor production / dibasic protein processing / plasma lipoprotein particle remodeling / NGF processing / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / regulation of cholesterol transport / signal peptide processing / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / peptide biosynthetic process / secretion by cell / nerve growth factor binding / Pre-NOTCH Processing in Golgi / Synthesis and processing of ENV and VPU / cytokine precursor processing / Formation of the cornified envelope / Signaling by PDGF / trans-Golgi network transport vesicle / Signaling by NODAL / heparan sulfate binding / blastocyst formation / Elastic fibre formation / peptide hormone processing / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / zymogen activation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / Activation of Matrix Metalloproteinases / Maturation of hRSV A proteins / regulation of protein catabolic process / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Collagen degradation / Uptake and function of anthrax toxins / collagen catabolic process / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / extracellular matrix disassembly / regulation of signal transduction / endopeptidase activator activity / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / viral life cycle / extracellular matrix organization / serine-type peptidase activity / peptide binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein maturation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / trans-Golgi network / serine-type endopeptidase inhibitor activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / protein processing / Golgi lumen / peptidase activity / heparin binding / protease binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / viral translation / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / endosome membrane / viral protein processing / membrane raft / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / serine-type endopeptidase activity / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S8, pro-domain / Peptidase S8, pro-domain superfamily / Peptidase S8 pro-domain / Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. ...Peptidase S8, pro-domain / Peptidase S8, pro-domain superfamily / Peptidase S8 pro-domain / Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Galactose-binding domain-like / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Furin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Gampe, R.T. / Pearce, K. / Reid, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: BacMam production and crystal structure of nonglycosylated apo human furin at 1.89A resolution
著者: Pearce, K.H. / Overton, L.K. / Grampe, R.T. / Barret, G.B. / Taylor, J.D. / McKee, D.D. / Campobassom, N. / Nolte, R.T. / Reid, R.A.
履歴
登録2015年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Furin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9188
ポリマ－50,5061
非ポリマー4127
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.983, 66.597, 88.443
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Furin / Dibasic-processing enzyme / Paired basic amino acid residue-cleaving enzyme / PACE


分子量: 50505.551 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 110-74 / 変異: N387D, N440D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FURIN, FUR, PACE, PCSK3
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P09958, furin
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Well 13% PEG 8K, 0.110M K-dihydrogen phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5, 350 uL protein with 350uL well drops, MRC sitting drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 37707 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 11.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.006 / Net I/av σ(I): 25.769 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 135597
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.89-1.963.10.14836781.07998.8
1.96-2.043.60.11737400.88499.9
2.04-2.133.60.10337701.02899.8
2.13-2.243.60.08837661.047100
2.24-2.383.60.07937561.09999.9
2.38-2.573.70.06537730.949100
2.57-2.823.70.05537791.00299.9
2.82-3.233.70.0437790.957100
3.23-4.073.70.03138001.05299.9
4.07-503.70.02738660.97799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P8J

1p8j


解像度: 1.89→29.581 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1834 1173 3.11 %
Rwork0.1479 36491 -
obs0.149 37664 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.78 Å2 / Biso mean: 16.9953 Å2 / Biso min: 3.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→29.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3524 0 18 408 3950
Biso mean--24.58 23.24 -
残基数----465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.26
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.89-1.97610.20971290.17364486461599
1.9761-2.08020.22651350.149845614696100
2.0802-2.21050.21461310.138945574688100
2.2105-2.38110.2111380.1674528466699
2.3811-2.62060.18481540.147545614715100
2.6206-2.99950.18711540.14845674721100
2.9995-3.77780.19211560.143445684724100
3.7778-29.58450.1361760.13846634839100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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