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- PDB-4z1s: Crystal structure of the first bromodomain of human BRD4 with ben... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z1s
タイトルCrystal structure of the first bromodomain of human BRD4 with benzotriazolo-diazepine scaffold
要素Bromodomain-containing protein 4BRD4
キーワードSIGNALING PROTEIN / bromodomain (ブロモドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / 染色体 / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Setser, J.W. / Poy, F. / Tang, Y. / Bellon, S.F.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Benzotriazolo[4,3-d][1,4]diazepines as Orally Active Inhibitors of BET Bromodomains.
著者: Taylor, A.M. / Vaswani, R.G. / Gehling, V.S. / Hewitt, M.C. / Leblanc, Y. / Audia, J.E. / Bellon, S. / Cummings, R.T. / Cote, A. / Harmange, J.C. / Jayaram, H. / Joshi, S. / Lora, J.M. / ...著者: Taylor, A.M. / Vaswani, R.G. / Gehling, V.S. / Hewitt, M.C. / Leblanc, Y. / Audia, J.E. / Bellon, S. / Cummings, R.T. / Cote, A. / Harmange, J.C. / Jayaram, H. / Joshi, S. / Lora, J.M. / Mertz, J.A. / Neiss, A. / Pardo, E. / Nasveschuk, C.G. / Poy, F. / Sandy, P. / Setser, J.W. / Sims, R.J. / Tang, Y. / Albrecht, B.K.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5704
ポリマ－29,7362
非ポリマー8342
水5,549308
1
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2852
ポリマ－14,8681
非ポリマー4171
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2852
ポリマ－14,8681
非ポリマー4171
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.376, 39.508, 57.358
Angle α, β, γ (deg.)82.600, 75.430, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / BRD4 / Protein HUNK1


分子量: 14868.111 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 42-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-559 / 5-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-1,4-dimethyl-5,6-dihydro-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,5]benzodiazepin-8-yl]pyridin-2-amine


分子量: 416.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21ClN6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→50 Å / Num. obs: 105981 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.06→1.1 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 9046 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 77.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Internal model of BRD4-BD1

解像度: 1.06→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.551 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2196 5291 5 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.1871 100690 91.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.13 Å2 / Biso mean: 14.553 Å2 / Biso min: 7.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å2-0.28 Å2-0.89 Å2
2---1.26 Å20.46 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.06→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2085 0 60 308 2453
Biso mean--12.35 22.76 -
残基数----251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.022267
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3472.0053099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0683.0064983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4865260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33325.769104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75515397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.177156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3910.771031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3780.7691030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6281.1631294
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.92434423
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.485544
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.20354614
LS精密化 シェル解像度: 1.06→1.088 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 331 -
Rwork0.26 6097 -
all-6428 -
obs--74.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7559-0.0021-0.2070.2872-0.11340.62970.0408-0.0367-0.0150.0055-0.02080.0148-0.0322-0.0002-0.02010.0186-0.00050.01650.0658-0.00790.0203-32.0511-50.155147.252
20.70650.0964-0.12410.24610.00460.53690.03440.03660.0275-0.0056-0.0211-0.0156-0.0226-0.0092-0.01340.02110.01020.02070.0701-0.00020.0227-36.1317-30.631172.4728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2B41 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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