PDB-4z0z: Inactive aurone synthase (polyphenol oxidase) from natural source...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z0z

タイトル

Inactive aurone synthase (polyphenol oxidase) from natural source, sulfohistidine ~ 90 %

要素

(Aurone synthase) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Polyphenol oxidase / Type III copper protein / Sulfohistidine / Inactivation

機能・相同性

機能・相同性情報

pigment biosynthetic process / catechol oxidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Coreopsis grandiflora (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Aurone synthase is a catechol oxidase with hydroxylase activity and provides insights into the mechanism of plant polyphenol oxidases.
著者: Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A.

履歴

登録	2015年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z0z.cif.gz	830.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z0z.ent.gz	696.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4z0z_validation.pdf.gz	475 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z0z_full_validation.pdf.gz	480.2 KB	表示
XML形式データ	4z0z_validation.xml.gz	71 KB	表示
CIF形式データ	4z0z_validation.cif.gz	109 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4z0ySC 4z11C 4z12C 4z13C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z0y-2 4z0y-3 4z0y-1 4z10-3 4z10-1 4z10-2 3bef-d 6uqw-d 1cbw-d 1t8l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aurone synthase

E: Aurone synthase

B: Aurone synthase

F: Aurone synthase

C: Aurone synthase

G: Aurone synthase

D: Aurone synthase

H: Aurone synthase

ヘテロ分子

167 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Aurone synthase

H: Aurone synthase

ヘテロ分子

A: Aurone synthase

E: Aurone synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.5 kDa, 4 ポリマー
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2

A: Aurone synthase

E: Aurone synthase

ヘテロ分子

D: Aurone synthase

H: Aurone synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.5 kDa, 4 ポリマー
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3

B: Aurone synthase

F: Aurone synthase

C: Aurone synthase

G: Aurone synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.5 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.530, 183.520, 78.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aurone synthase 分子量: 40169.785 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 86-435 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sulfonation at His252 (254) / 由来: (天然) Coreopsis grandiflora (植物) / 組織: petals / 参照: UniProt: A0A075DN54
#2: タンパク質・ペプチド	Aurone synthase 分子量: 1528.596 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 523-537 / 由来タイプ: 天然詳細: C-terminal fragment. Cleaved from activated protein but attached via disulphide bond. 由来: (天然) Coreopsis grandiflora (植物) / 組織: petals / 参照: UniProt: A0A075DN54
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2043 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 23-25 % PEG-4000, 500 mM sodium chloride, 100 mM sodium formiate, 50 mM sodium citrate, pH 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.1 Å / Num. obs: 187071 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 3.46 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.54 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z0Y

4z0y

解像度: 1.6→48.1 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	9354	5 %
R_work	0.1646	-	-
obs	0.1664	187064	98.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11399	0	4	2043	13446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	16046
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.284	4239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1633
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2132

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2906	316	0.2697	6016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6182-1.6372	0.2944	315	0.2668	5980	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6372-1.6572	0.2845	315	0.2465	5986	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6572-1.6782	0.2746	312	0.2437	5927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6782-1.7002	0.2656	316	0.2373	6012	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7002-1.7235	0.2996	312	0.2381	5923	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7235-1.7482	0.2747	312	0.2294	5930	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7482-1.7743	0.2572	318	0.2096	6031	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7743-1.802	0.2478	312	0.2065	5927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.802-1.8315	0.2443	314	0.1935	5965	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.8631	0.223	313	0.1869	5962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8631-1.897	0.2161	315	0.1745	5965	X-RAY DIFFRACTION	99
1.897-1.9335	0.2138	311	0.1685	5922	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9335-1.9729	0.2153	314	0.1678	5955	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9729-2.0158	0.1925	307	0.1619	5831	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0158-2.0627	0.2068	308	0.1616	5868	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0627-2.1143	0.19	295	0.1582	5606	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1143-2.1715	0.2032	299	0.152	5671	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1715-2.2354	0.2059	316	0.1536	6012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2354-2.3075	0.1945	314	0.1481	5960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.39	0.1847	313	0.1495	5952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.4857	0.2114	316	0.1492	5999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4857-2.5988	0.1736	313	0.1446	5944	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5988-2.7358	0.1845	314	0.1482	5972	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7358-2.9072	0.1909	314	0.1481	5967	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9072-3.1316	0.1855	313	0.1475	5940	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1316-3.4467	0.1785	312	0.1476	5931	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4467-3.9453	0.1432	303	0.1409	5763	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9453-4.9698	0.1732	307	0.1468	5820	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9698-48.1216	0.2084	315	0.1808	5973	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0237	0.0293	0.0034	0.0573	-0.0171	0.0167	0.0519	-0.1961	0.0207	0.1706	-0.0529	-0.0291	0.0453	-0.0645	-0.0001	0.1507	-0.0218	0.0201	0.1818	-0.0146	0.1298	-22.8879	-29.2589	-8.6479
2	0.115	0.0141	0.1397	0.153	0.1781	0.3095	-0.0549	-0.131	-0.0574	0.1859	0.1489	-0.053	0.0105	0.0115	0.0398	0.1565	0.0093	-0.0182	0.1542	-0.005	0.1229	-8.0195	-30.2494	-9.1943
3	0.0519	0.0474	0.0462	0.0385	0.0519	0.0484	0.1594	0.002	-0.053	-0.1589	-0.2025	0.2152	0.0442	-0.1448	0.0022	0.2801	0.0465	-0.0257	0.2379	-0.0349	0.2939	-29.9292	-24.8513	-26.7459
4	0.8521	-0.5566	0.2073	0.547	-0.284	0.1686	0.0623	0.0862	-0.1353	-0.5456	0.0034	-0.0019	-0.1712	-0	0.097	0.2898	-0.0378	0.0577	0.1742	-0.0284	0.1596	-12.8106	-35.7297	-40.5936
5	0.2001	0.1439	-0.0153	0.738	0.4067	0.383	0.0132	-0.0265	-0.0096	-0.0507	-0.0172	0.0125	-0.0082	-0.0367	0.0123	0.1262	-0.0093	0.0144	0.1247	-0.0008	0.1073	-16.8421	-31.9391	-19.3933
6	0.2949	0.0898	-0.0583	0.8447	-0.4747	0.3113	-0.0279	0.0417	-0.0654	-0.5114	0.1522	-0.1192	-0.0171	0.0016	0.2457	0.1517	-0.0203	0.068	0.1368	-0.0421	0.1596	-8.089	-37.641	-35.0033
7	0.0447	-0.0463	-0.0479	0.0885	-0.0097	0.1192	0.0561	0.0478	-0.0912	-0.2311	0.0444	-0.5673	-0.0095	0.1678	0.0109	0.1643	-0.0008	0.0283	0.2307	-0.0759	0.3517	2.9226	-41.6497	-26.5498
8	0.1816	0.177	0.1441	0.5388	0.1848	0.2777	-0.0307	-0.0583	-0.2048	0.1079	0.0916	-0.0392	0.1179	0.0595	0.148	0.1841	-0.0127	-0.0049	0.1634	-0.0249	0.2165	-13.9316	-54.4473	-22.4876
9	0.002	0.005	0.0042	0.0643	-0.0094	0.0026	0.0049	-0.1452	-0.1761	0.2837	0.0844	-0.1064	0.097	-0.0527	-0	0.2046	-0.0168	-0.024	0.1857	-0.0103	0.2172	-13.7863	-49.6793	-17.5992
10	0.5044	-0.0063	0.0253	0.8996	0.4572	0.3489	0.0063	0.0349	-0.1075	-0.0195	0.0298	-0.0578	0.0252	-0.024	0.2113	0.1282	-0.013	0.0016	0.119	-0.01	0.1266	-17.1087	-41.3501	-22.6671
11	0.2401	0.0644	0.1317	0.2281	-0.1471	0.2108	0.0321	-0.0325	-0.0542	-0.0666	-0.0238	0.137	-0.0123	-0.1591	0.0011	0.1495	-0.0022	-0.0035	0.1445	-0.0177	0.1408	-26.4743	-35.1196	-29.2182
12	0.0103	0.0017	-0.0096	0.0227	-0.0118	0.016	0.1375	-0.2746	-0.3098	-0.1693	-0.1422	0.2082	0.1236	0.0395	-0.0001	0.3814	-0.0243	-0.0602	0.2742	-0.0149	0.4244	-7.4961	-67.6564	-26.1663
13	0.0128	0.015	0.0259	0.2771	-0.2443	0.2013	-0.0133	0.0595	0.0843	-0.0603	0.012	-0.0518	-0.0109	-0.0127	0	0.1534	0.0039	0.0102	0.1373	-0.0029	0.1501	-3.4389	-1.0864	-13.8761
14	0.6113	-0.4082	-0.2165	0.4131	-0.0875	0.4821	0.0779	0.0546	0.1339	0.3474	0.1028	-0.2841	-0.0786	0.035	0.3277	0.2883	-0.057	-0.1104	0.2321	0.0024	0.147	9.1647	-2.329	9.6814
15	0.4459	0.0475	-0.255	0.0895	-0.1174	0.2452	0.1135	-0.3344	0.0417	0.1788	-0.0006	-0.0721	-0.088	-0.1121	0.3346	0.2841	-0.0233	-0.0424	0.2001	-0.0141	0.0918	-4.8615	-0.1648	17.9023
16	0.4045	0.1133	-0.0171	0.598	-0.2157	0.3995	-0.0005	-0.0043	0.0309	0.0747	-0.0162	-0.1345	-0.07	-0.0011	-0.0079	0.1263	0.0041	-0.0202	0.1093	0.0023	0.1083	0.516	-3.5088	-2.2446
17	0.0947	0.0678	0.0727	0.5269	-0.1812	0.1525	0.1382	-0.2457	-0.0375	0.3208	-0.1902	0.0164	0.0914	-0.0925	-0.048	0.2583	-0.0327	-0.0212	0.2208	0.0005	0.1086	-10.4775	-12.5134	15.0748
18	0.1275	0.0012	-0.1243	0.0611	0.0441	0.1311	0.0671	-0.1059	-0.0036	0.2259	-0.1242	0.067	0.0816	-0.16	-0.0001	0.2117	-0.0398	0.0077	0.207	-0.0094	0.1244	-15.9398	-15.3112	6.6193
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21	0.1491	0.1839	-0.0821	0.2165	-0.1276	0.0632	-0.0054	-0.0146	-0.031	0.0363	-0.0262	-0.0375	0.0112	-0.0657	-0.002	0.1335	-0.0051	-0.0037	0.1465	0.0019	0.0947	-8.8604	-15.1867	-3.7062
22	0.1514	0.0303	-0.1402	0.2578	0.0125	0.2562	0.0491	-0.0479	-0.0006	0.1507	-0.0655	-0.2852	-0.0274	0.114	-0.0041	0.1679	0.0082	-0.0361	0.1495	0.0181	0.1904	8.6573	-12.5734	0.7917
23	0.0721	0.0097	-0.0921	0.0005	-0.0222	0.1238	0.0378	-0.0174	0.0224	0.0759	-0.0027	-0.2946	-0.1693	0.2093	-0	0.1742	0.0043	-0.0087	0.1898	-0.0332	0.2563	13.136	-3.0125	-1.8826
24	0.0617	-0.0341	-0.0467	0.0164	0.0244	0.0372	-0.0449	-0.1025	-0.1697	0.2372	-0.0058	-0.1082	0.2528	0.0255	-0.009	0.2629	-0.0073	-0.0759	0.1879	0.0265	0.1781	8.7986	-9.1474	13.0715
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48	0.5128	-0.06	0.0435	0.139	-0.1242	0.2665	0.0335	0.289	-0.0756	-0.1413	-0.043	-0.0316	0.0204	0.0817	0.0471	0.1741	-0.0158	0.0135	0.2323	0.0022	0.1249	-14.0856	2.7496	-49.4435
49	0.0082	-0.0053	0.0124	0.0272	-0.0123	0.0126	-0.0907	-0.0332	0.0277	0.0922	0.1074	-0.0927	-0.145	0.1879	-0	0.2317	-0.0171	-0.0006	0.2205	0.0135	0.2394	-30.155	33.546	-38.482

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:15)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 16:37)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 38:49)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 50:66)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 67:136)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 137:170)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 171:186)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 187:238)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 239:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 258:323)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 324:347)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain E and resid 440:449)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 1:41)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 42:58)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 59:70)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 71:153)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 154:167)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 168:196)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 197:214)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 215:235)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 236:280)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 281:323)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 324:339)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 340:347)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain F and resid 441:449)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 1:21)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 22:38)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 39:50)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 51:136)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 137:173)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 174:210)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 211:219)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 220:245)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 246:279)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 280:320)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 321:347)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain G and resid 440:448)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 1:25)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 26:58)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 59:81)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid 82:152)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 153:172)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 173:196)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 197:214)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 215:235)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 236:290)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 291:302)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 303:347)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain H and resid 439:447)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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