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- PDB-4z0z: Inactive aurone synthase (polyphenol oxidase) from natural source... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z0z | ||||||
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Title | Inactive aurone synthase (polyphenol oxidase) from natural source, sulfohistidine ~ 90 % | ||||||
![]() | (Aurone synthase) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Polyphenol oxidase / Type III copper protein / Sulfohistidine / Inactivation | ||||||
Function / homology | ![]() catechol oxidase activity / pigment biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Aurone synthase is a catechol oxidase with hydroxylase activity and provides insights into the mechanism of plant polyphenol oxidases. Authors: Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 696.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 475 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 480.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 71 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 109 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4z0ySC ![]() 4z11C ![]() 4z12C ![]() 4z13C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40169.785 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 86-435 / Source method: isolated from a natural source / Details: Sulfonation at His252 (254) / Source: (natural) ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1528.596 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 523-537 / Source method: isolated from a natural source Details: C-terminal fragment. Cleaved from activated protein but attached via disulphide bond. Source: (natural) ![]() #3: Chemical | ChemComp-CU / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 23-25 % PEG-4000, 500 mM sodium chloride, 100 mM sodium formiate, 50 mM sodium citrate, pH 6.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: May 15, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9173 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→48.1 Å / Num. obs: 187071 / % possible obs: 98.73 % / Redundancy: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 3.54 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.87 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4Z0Y Resolution: 1.6→48.1 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→48.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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