PDB-4z0u: RNase HI/SSB-Ct complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z0u

タイトル

RNase HI/SSB-Ct complex

要素

Ribonuclease H
SSB-Ct Peptide

キーワード

Hydrolase/Peptide / Ribonuclease / peptide complex / Hydrolase-Peptide complex

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded DNA-binding protein complex / nucleoid / replisome / RNA catabolic process / recombinational repair / ribonuclease H / positive regulation of catalytic activity / SOS response / mismatch repair / enzyme activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O139:H28 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Petzold, C. / Keck, J.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Interaction with Single-stranded DNA-binding Protein Stimulates Escherichia coli Ribonuclease HI Enzymatic Activity.
著者: Petzold, C. / Marceau, A.H. / Miller, K.H. / Marqusee, S. / Keck, J.L.

履歴

登録	2015年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z0u.cif.gz	78 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z0u.ent.gz	59 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z0u_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z0u_full_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示
XML形式データ	4z0u_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	4z0u_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wsf-3 1wsg-4 1wsf-2 1wsh-4 1jl1-d 1wsg-2 1wse-2 1wsg-1 2z1i-1 1wsj-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease H

B: Ribonuclease H

D: SSB-Ct Peptide

E: SSB-Ct Peptide

37.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ribonuclease H

D: SSB-Ct Peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Ribonuclease H

E: SSB-Ct Peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.498, 64.855, 79.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

#1: タンパク質	Ribonuclease H / RNase H 分子量: 17622.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 遺伝子: rnhA, EcE24377A_0219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZHV1, ribonuclease H
#2: タンパク質・ペプチド	SSB-Ct Peptide 分子量: 1300.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGE0*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: sodium citrate, HEPES, glycerol, 1,4 dioxane

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 21970 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 1.34 / Net I/av σ(I): 27.436 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 88106

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	3.9	0.575	1086	0.836	0.334	0.667	0.926	99.6
2.03-2.07	4	0.496	1075	0.87	0.285	0.574	0.992	99.9
2.07-2.11	4	0.447	1089	0.88	0.254	0.515	1.062	100
2.11-2.15	4.1	0.346	1067	0.933	0.196	0.399	0.942	100
2.15-2.2	4.1	0.313	1068	0.935	0.178	0.361	1.021	100
2.2-2.25	4.1	0.263	1097	0.949	0.15	0.303	1.06	100
2.25-2.31	4.1	0.244	1078	0.955	0.139	0.281	1.084	100
2.31-2.37	4.1	0.217	1082	0.962	0.124	0.25	1.088	100
2.37-2.44	4.1	0.18	1092	0.969	0.102	0.208	1.157	100
2.44-2.52	4.1	0.16	1084	0.975	0.091	0.184	1.236	100
2.52-2.61	4.1	0.139	1094	0.982	0.078	0.16	1.517	100
2.61-2.71	4.1	0.116	1090	0.985	0.065	0.133	1.558	100
2.71-2.84	4.1	0.101	1086	0.99	0.057	0.117	1.478	99.9
2.84-2.99	4.1	0.071	1100	0.996	0.04	0.081	1.357	100
2.99-3.17	4.1	0.054	1095	0.996	0.03	0.063	1.343	100
3.17-3.42	4	0.052	1115	0.997	0.029	0.06	1.956	100
3.42-3.76	3.9	0.048	1098	0.996	0.027	0.055	2.449	100
3.76-4.31	4	0.033	1127	0.998	0.018	0.038	1.768	100
4.31-5.43	3.9	0.027	1142	0.999	0.016	0.032	1.44	99.9
5.43-50	3.6	0.025	1205	0.999	0.015	0.029	1.377	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.62 Å	38.68 Å
Translation	6.62 Å	38.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.44 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24089	1095	5 %	RANDOM
R_work	0.2111	-	-	-
obs	0.21262	20856	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.569 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2546	0	0	83	2629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.071	1.931	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.696	3	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.471	5	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.358	23.971	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.374	15	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.475	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.887	3.98	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.887	3.979	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.07	5.953	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.069	5.954	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.112	4.421	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.112	4.421	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.541	6.481	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.423	32.341	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.218	32.271	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.047 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	61	-
R_work	0.301	1504	-
obs	-	-	96.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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