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万見
- PDB-4z0m: EchA5 Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z0m
タイトルEchA5 Mycobacterium tuberculosis
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / Enoyl-CoA hydratase / beta oxidation / Enoyl hydrase / isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2460 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix Hairpins / Alpha-Beta Complex ...Helix Hairpins - #2460 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix Hairpins / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable enoyl-CoA hydratase EchA5 (Enoyl hydrase) (Unsaturated acyl-CoA hydratase) (Crotonase)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Chaudhary, S. / Gokhale, R.S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science and TechnologySB/S2/RJN-14/2013 インド
CSIR Network ProjectsGenCODE BSC0123 インド
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Unsaturated Lipid Assimilation by Mycobacteria Requires Auxiliary cis-trans Enoyl CoA Isomerase
著者: Srivastava, S. / Chaudhary, S. / Thukral, L. / Shi, C. / Gupta, R.D. / Gupta, R. / Priyadarshan, K. / Vats, A. / Haque, A.S. / Sankaranarayanan, R. / Natarajan, V.T. / Sharma, R. / Aldrich, C.C. / Gokhale, R.S.
履歴
登録2015年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / reflns_shell
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
C: Enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9073
ポリマ－84,9073
非ポリマー00
水9,872548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.708, 136.708, 125.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase / Enoyl-CoA hydratase EchA5 / Probable enoyl-CoA hydratase EchA5


分子量: 28302.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain A of EchA5 protein from Mycobacterium tuberculosis
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: echA5, Rv0675 / プラスミド: pET21C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: I6Y4E8, enoyl-CoA hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate trihydrate, 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→39.53 Å / Num. obs: 96574 / % possible obs: 99.27 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.966→2.017 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMdata processing
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QKA

3qka


解像度: 1.97→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.798 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19455 4792 5 %RANDOM
Rwork0.1679 ---
obs0.16925 91064 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.974 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0.25 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3---1.65 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5073 0 0 548 5621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0195164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1041.9667010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.116311416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1825707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28522.216185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37315772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9791551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0632.9992835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.062.9972834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0224.4733537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0224.4753538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7183.3692329
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7183.3712330
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6654.8583473
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.07725.5496207
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.9324.9195971
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.966→2.017 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 317 -
Rwork0.263 6499 -
obs--96.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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