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万見
- PDB-4z0h: X-ray structure of cytoplasmic glyceraldehyde-3-phosphate dehydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z0h
タイトルX-ray structure of cytoplasmic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GapC1) complexed with NAD
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytoplasm / glycolysis / Rossmann fold / NAD complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fruit development / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / seed development / salicylic acid binding / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / response to sucrose / apoplast / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / plant-type vacuole / mitochondrial envelope ...fruit development / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / seed development / salicylic acid binding / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / response to sucrose / apoplast / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / plant-type vacuole / mitochondrial envelope / response to redox state / chloroplast / gluconeogenesis / glycolytic process / response to hydrogen peroxide / NAD binding / NADP binding / response to heat / response to oxidative stress / copper ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fermani, S. / Zaffagnini, M. / Orru, R. / Falini, G. / Trost, P.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
University of BolognaFARB2012Francia イタリア
引用ジャーナル: Antioxid. Redox Signal. / 年: 2016
タイトル: Tuning Cysteine Reactivity and Sulfenic Acid Stability by Protein Microenvironment in Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenases of Arabidopsis thaliana.
著者: Zaffagnini, M. / Fermani, S. / Calvaresi, M. / Orru, R. / Iommarini, L. / Sparla, F. / Falini, G. / Bottoni, A. / Trost, P.
履歴
登録2015年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,03511
ポリマ－73,0352
非ポリマー1,9999
水3,297183
1
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic
ヘテロ分子

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,06922
ポリマ－146,0714
非ポリマー3,99918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_556x,x-y,-z+7/61
Buried area22930 Å2
ΔGint-364 kcal/mol
Surface area44030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.849, 76.849, 406.626
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11O-404-

SO4

21O-533-

HOH

31O-582-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic / NAD-dependent glyceraldehydephosphate dehydrogenase C subunit 1


分子量: 36517.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GAPC1, GAPC, GAPDH, At3g04120, T6K12.26 / プラスミド: pET28a(+) / 詳細 (発現宿主): Novagen / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P25858, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 % / 解説: rombohedral
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 3.0-3.5 M ammonium sulphate, 0.1 M Na-Hepes. / PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→101.66 Å / Num. obs: 38786 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.18→2.3 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K2B

3k2b


解像度: 2.3→67.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 10.592 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2777 1653 5 %RANDOM
Rwork0.2493 ---
obs0.2508 31304 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.59 Å2 / Biso mean: 47.534 Å2 / Biso min: 13.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.46 Å21.73 Å20 Å2
2--3.46 Å20 Å2
3----5.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→67.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5127 0 123 183 5433
Biso mean--44.61 42.76 -
残基数----667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0225347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.941.9847259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8735665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.57324.381210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.59115918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1051526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0881.53303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91425342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.432044
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7874.51917
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 115 -
Rwork0.374 2240 -
all-2355 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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