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- PDB-4yzi: Crystal structure of blue-shifted channelrhodopsin mutant (T198G/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yzi
タイトルCrystal structure of blue-shifted channelrhodopsin mutant (T198G/G202A)
要素Sensory opsin A,Archaeal-type opsin 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / channelrhodopsin / microbial rhodopsin
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / RETINAL / Sensory opsin A / Archaeal-type opsin 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kato, H.E. / Kamiya, M. / Ishitani, R. / Hayashi, S. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Atomistic design of microbial opsin-based blue-shifted optogenetics tools.
著者: Kato, H.E. / Kamiya, M. / Sugo, S. / Ito, J. / Taniguchi, R. / Orito, A. / Hirata, K. / Inutsuka, A. / Yamanaka, A. / Maturana, A.D. / Ishitani, R. / Sudo, Y. / Hayashi, S. / Nureki, O.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory opsin A,Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3188
ポリマ－34,5561
非ポリマー1,7627
水34219
1
A: Sensory opsin A,Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子

A: Sensory opsin A,Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,63616
ポリマ－69,1122
非ポリマー3,52414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area10790 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area23670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.640, 142.420, 92.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sensory opsin A,Archaeal-type opsin 2 / Chlamyopsin 4 light-gated ion channel / Retinal binding protein / Sensory opsin B


分子量: 34556.051 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 39-245,UNP RESIDUES 207-303 / 変異: T198G, G202A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Sensory opsin A (39-245) and Archaeal-type opsin 2 (207-303)
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CSOA, CSOB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8L435, UniProt: Q8RUT8
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 / 詳細: PEG 500DME, HEPES-NaOH pH 7.0, Li2SO4, ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13967 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 11.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→37.143 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 693 4.97 %
Rwork0.2229 --
obs0.2238 13941 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.143 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2259 0 78 19 2356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7263243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.111820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.6930.36551430.30022581X-RAY DIFFRACTION100
2.693-2.96390.27911400.25752613X-RAY DIFFRACTION100
2.9639-3.39250.24351330.23012632X-RAY DIFFRACTION100
3.3925-4.27320.21141370.20012663X-RAY DIFFRACTION100
4.2732-37.14690.2311400.21572759X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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