PDB-4yyq: Ficin A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yyq

タイトル

Ficin A

要素

Ficin isoform A

キーワード

HYDROLASE / Cystein protease

機能・相同性

機能・相同性情報

ficain / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Ficus carica (イチジク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.594 Å

データ登録者

Azarkan, M. / Baeyens-Volant, D. / Loris, R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of four variants of the protease Ficin from the common fig
著者: Baldacci-Cresp, F. / Rodriguez Buitrago, J.A. / M'Rabet, N. / Loris, R. / Baucher, M. / Baeyens-Volant, D. / Azarkan, M.

履歴

登録	2015年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yyq.cif.gz	185.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yyq.ent.gz	148.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yyq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yyq_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yyq_full_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示
XML形式データ	4yyq_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	4yyq_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/4yyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/4yyq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yyrC 4yysC 4yyvC 8r76C 8r78C 1ppnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fud-1 2r9m-2 2g7y-2 4mzo-6 2f1g-1 4mzo-3 6ash-d 1vsn-d 5qc8-2 4w5c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Ficin isoform A

B: Ficin isoform A

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ficin isoform A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ficin isoform A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.654, 52.836, 96.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ficin isoform A 分子量: 23599.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ficus carica (イチジク) / 参照: UniProt: A0A182DW06*PLUS, ficain
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.4 M (NH4)3PO4, 0.1 M TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.594→36.301 Å / Num. all: 63065 / Num. obs: 63065 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 5064 / % possible all: 74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PPN

1ppn

解像度: 1.594→36.301 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 16.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1811	3227	5.12 %
R_work	0.1591	-	-
obs	0.1602	63050	91.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.711 Å² / k_sol: 0.375 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.2782 Å²	0 Å²	-3.8031 Å²
2-	-	2.5471 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.7312 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.594→36.301 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3273	0	0	434	3707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.225	4705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.784	1238
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5943-1.6513	0.2022	197	0.1844	4082	X-RAY DIFFRACTION	62
1.6513-1.7174	0.1873	284	0.1657	5119	X-RAY DIFFRACTION	80
1.7174-1.7956	0.1749	347	0.1531	5745	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7956-1.8902	0.1765	330	0.1499	6033	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8902-2.0086	0.1803	346	0.1552	6282	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0086-2.1637	0.1844	331	0.1516	6430	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1637-2.3814	0.1821	368	0.154	6434	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3814-2.7259	0.1916	334	0.1649	6490	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7259-3.4339	0.1915	350	0.1658	6520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4339-36.3099	0.1577	340	0.1448	6688	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9936	-0.1672	0.3998	0.636	-0.3554	1.1053	-0.0268	-0.2037	0.0711	0.0326	0.029	-0.0187	0.0003	-0.071	-0.0009	0.1178	0.0126	0.0072	0.1057	-0.0208	0.058	65.047	15.1723	24.255
2	1.8638	-0.1868	0.8215	0.4939	-0.3693	0.8052	-0.1731	-0.4676	0.1959	0.0101	0.1056	0.0587	-0.1362	-0.2708	0.0184	0.0869	0.065	-0.0018	0.1831	-0.0617	0.1652	38.8113	28.2554	12.9496

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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